Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 29,468 | 0 | T | A | 41.8% | 83.4 / 26.7 | 56 | intergenic (+273/‑183) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/8); new base A (0/23); total (24/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATAT > NC_000913/29319‑29614 | aCATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGt < 1:558501/150‑1 (MQ=255) tctGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAAcatg‑cat < 1:166725/148‑1 (MQ=255) tctGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAAcatg‑cat < 1:322756/148‑1 (MQ=255) ttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCcac < 2:122085/150‑1 (MQ=255) ttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCcac > 2:218169/1‑150 (MQ=255) gttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAaataa < 2:218202/150‑1 (MQ=255) ttttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAaataat > 1:532852/1‑150 (MQ=255) ttttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAaataat > 2:450642/1‑150 (MQ=255) tAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAAtata > 2:855878/1‑150 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATaaa < 2:351395/151‑1 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATaa > 2:574285/1‑150 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATaaa > 1:188347/1‑150 (MQ=255) gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATaaaaa > 2:811176/1‑150 (MQ=255) tttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCg < 1:593041/150‑1 (MQ=255) tttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGc > 2:881276/1‑151 (MQ=255) cgACCATTTCGCCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAAGATG‑AATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATccc > 1:524013/2‑147 (MQ=255) cttttGCTCCTTTTTTTTCTGCTTTTTTTTTTTTAATCAATTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAAAACAGTTAAGATAATTTTTTTGTCGATAAATC‑CTTAAAAAAAAGG‑CGGGACCAAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTa < 1:451519/148‑1 (MQ=255) aTTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTa > 2:904640/1‑149 (MQ=255) ttttttCTCCTCTTTTTTTTTTCATGAATTTTTCTTGCGGCGCAGGCTTTTCCAAAAACAGTTTAGATAATTTTTTTTTCGTTAAATG‑CCTGAAAAACATG‑CAGGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 1:403682/150‑1 (MQ=255) tttttCTCCTTTTTTTTTTTTCATGCATTCTTCTGGCTGCGCAAGCTTTTCCAAGAATGGGTTAGATGTTTTTTTTGCCCCTAAATG‑CTTGAAAAACATG‑CATGAGCCACAAAAAAATAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg < 2:852842/150‑1 (MQ=255) gCTTGTTTTTATTTCATCCATTTTTTTTCCTGCGAGTGCTTTTCCAAGAACATGTTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGAAAAACATG‑CAGGAGCAAAAAAATAAAATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat < 2:117511/150‑1 (MQ=255) cTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCatat > 2:31468/1‑151 (MQ=255) gTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 1:308981/1‑151 (MQ=255) ttttttttCCATGCAATCTTTTTCCCCCCCACGTTTTTTCCAAAAAAGTTTAGTCTTTTTTTTTTTCGCTTAACG‑CCTGAAAAACATG‑CATGAGCCACAAAAAAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgcgc < 1:33549/141‑1 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 1:104864/1‑150 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 2:878254/1‑150 (MQ=255) tttttATTTCATGAAATCTTCTTGCGGCGAAAGCTTTTCCAAGAACGGTTTAGTTGTTTTTTTTTTCGTTTAATG‑CTTGAAAAACATG‑CATGGGCAAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat < 2:130461/145‑1 (MQ=255) ttttCTTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:357346/1‑150 (MQ=255) ttCATGCATTTTTCTTGCTGCGAAAGCTTTTTCAAAAACAGTTTAGATGATCTTTTTGTCGTTTAATC‑CCTGAAAAAAATG‑CAGGACCCAAAAAAAAATATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATg < 1:839051/150‑1 (MQ=255) ttCATGATATTTTTTTCCTGCGAAAGTTTTTCCAAAAACATGTAAAATTATTTTTTTTTCTCTTAATC‑CCTGAAAACCATG‑CAGGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGaa < 1:466071/148‑1 (MQ=255) tCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgcc > 2:835170/1‑151 (MQ=255) aTGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccgc > 2:755138/1‑151 (MQ=255) taaaaTTTTCTTGCTGCGAAAGCTTTTCCAAAAACAGTTAAAATATTTTTTTTTCCGCTAATTC‑CCTAAAAAAAATG‑AATGAGCAACAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgc < 1:558900/144‑1 (MQ=255) tcttctGCCTGCGCAAGCTTTTCCAAAAACAGGTAAGATAATCTTTTTGTCGC‑TAATGCCCGGAAAAACATC‑CACGGCCCACAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt < 1:34105/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGa > 1:925836/1‑150 (MQ=255) cgcAGGCTTTTTCAAAAAAAGGTTAAATGTTTTTTTTTTCTTTTAATC‑CTTGAAAAACATG‑AATGAGCCAAAAAAAAAAATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAtt < 1:360374/149‑1 (MQ=255) cgcAAGCTTTTTCCAAAACAGTTTAGATGTTTTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGAAAAACATG‑CATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAtt < 2:390391/149‑1 (MQ=255) gcAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgt > 1:908758/1‑151 (MQ=255) aggttttttCAAAAACGGTTTAAATTATTTTTTTGTCGTTTAATT‑CCTGAAAAACAGG‑CATGACCCAAAAAAAAATATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgtcg < 1:751303/146‑1 (MQ=255) tttccaaaaaCAGGTTAGATATTTTTTTTGTCGTTTAATC‑CCTGAAAAACATG‑CATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGt < 2:477821/140‑1 (MQ=255) tttCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc > 2:633674/1‑151 (MQ=255) caagaagaGTTTAGATGATTTTTTTGTCGTTTAATC‑CCTGAAAAACATG‑AATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAg < 2:645279/145‑1 (MQ=255) aaaagaGGTTAGATTTTTTTTTTTTCTTTAAATG‑CCTAAAAAACAGG‑CATGCCCCAAAAAAAAATATAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAt < 1:670427/145‑1 (MQ=255) aaaaaaGGTTAGATGTTTTTTTTTTCTTTTAATG‑CCTGAAAAACTGA‑CATGGGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGa < 2:38844/144‑1 (MQ=255) aGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAtt > 2:367007/1‑151 (MQ=255) ttAGATGATTTTTTTGTCGTTAAATG‑CCTGAAAAACATG‑CATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTg < 2:309035/150‑1 (MQ=255) tAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAt > 2:926649/1‑151 (MQ=255) aaatgttttttttGTCGCTTAGTG‑CATGAAAAACTGG‑CAGGAGCCAAAAAATAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAt < 2:321500/142‑1 (MQ=255) gatgatCTTTTTGTCTTTTAATG‑CCTGAAAAACATG‑CATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAt < 2:166638/149‑1 (MQ=255) tCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc > 2:502429/1‑151 (MQ=255) ttttttTCTCTAAATG‑CCTGAAAAACTTA‑CATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtca < 1:121812/150‑1 (MQ=255) ttttttTCGCTAAATG‑CCTG‑AAAACCTGACATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtca < 1:73782/150‑1 (MQ=255) tttttGTCGTTAAATC‑CCTGAAAAACATG‑CATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtca < 2:313760/150‑1 (MQ=255) tttttGCCGCTTAACG‑CTAATAAAAACGG‑CATGAGCCAAAAAAAAAAATAAAAAACACCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATTTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc < 2:891158/149‑1 (MQ=255) gTCGTTTAATG‑CCTGAAAAACATG‑CGTGGGCCAAAAAAAAAAAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCAtt < 2:188383/150‑1 (MQ=255) tG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAat > 1:969088/1‑151 (MQ=255) ccTGTAAAACATG‑CATGAGCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAatat < 1:913075/151‑1 (MQ=255) ctatAAAACATT‑CATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 1:385667/146‑1 (MQ=255) | ACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATG‑CATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATAT > NC_000913/29319‑29614 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |