Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,764,785 | 0 | T | A | 49.1% | 50.0 / 38.7 | 55 | intergenic (‑399/+149) | sufA/ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/3); new base A (0/27); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAA > NC_000913/1764635‑1764926 | tttAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCAt > 1:462748/1‑151 (MQ=255) aaGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATaa > 1:845176/1‑150 (MQ=255) ctttCAGAAATAAAAAACCCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGT‑TTTCTCCCCCACCCGGCGCTTATCCCCGGCCCTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GAAAAAAATAATCTAATAAAGCTACCCCGCCGTTTTAaca < 1:335187/146‑1 (MQ=255) gTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAAcaca > 1:458964/1‑149 (MQ=255) tCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACt > 2:55032/1‑151 (MQ=255) aGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGc > 2:303789/1‑151 (MQ=255) aaTAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGAt > 2:439676/1‑151 (MQ=255) aaaaaaaacCCCTTAATTCTGTGCGCCACAGG‑TTAAGGGTTTTCTCCCCCACCCGGCGTTTATCCCCGGCACTCTCAGTGGTTTTGCTTTTGAG‑GGGGA‑GAAAAAAATAATCTCAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGAtt < 1:486109/146‑1 (MQ=255) aaGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGAtt > 2:939653/1‑149 (MQ=255) aGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGt > 2:968120/1‑151 (MQ=255) aaccccTTAAGTCTGCGCGACACAGGCTTAAGGT‑TTTCTCCCCCACCGGGCTTTTATCCCCGCCACTCTCAGTGGTTTAGCTTTTGAG‑GGGGG‑AAAAAAAATAATTTCAAAAACATAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtatt < 1:251561/148‑1 (MQ=255) ccTTAAGTCTGCGCAACA‑GGGGTTAAGGGTTTTCTCCCCCACCCGGCCCTTATCCCCGCCACTCCGGGTGGTTTAGCTCTTGAG‑GGGGA‑AAAAAAAATAATCAAAAAAACCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAttt < 1:926092/151‑1 (MQ=255) cTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACa > 1:452834/1‑150 (MQ=255) tgtgCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAat > 2:604054/1‑151 (MQ=255) gtgCGACACAGGTTTAAGGT‑TTTCTCCCCCACCGGGCGCTTATCCCCGCCACTCTAGGTGGTTTAGCTTTTGAA‑GGGGG‑AATAAAAATAATCTCAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACa < 1:231880/148‑1 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTCCCCCACCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGTTTACCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAAAATAATCTAAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACaa < 2:935879/149‑1 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAat > 1:659340/1‑150 (MQ=255) gACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATc > 1:431171/1‑149 (MQ=255) acacGGGTTTAGGGT‑TTTCTCCCCCACCCGGCGTTTATCCCCGGCCCTCTCGGTGGTTTAGCTTTTGAA‑GGGGC‑AATAAAAATAATCTAAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa < 1:678334/141‑1 (MQ=255) acacAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAgg > 2:377505/1‑151 (MQ=255) acaGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCg > 1:222112/1‑151 (MQ=255) gtcTTAAGGG‑TTTCTCCCCCACCCGGCGCTTACCCCCGCCACTCTCAGTGGTTTAGCTCTTGAG‑GGGGC‑GATAAAAATATCCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGt < 2:53133/148‑1 (MQ=255) ggCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGt > 1:161722/1‑150 (MQ=255) gttgagggg‑TTTCCCCCCCACCCGGCGCTTATCCCCGGCACTGTAGGGGGTTTAGTTGTTGAG‑GGGGC‑AATAAAAATAATTAAAAAAAGCAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGc < 1:375952/140‑1 (MQ=255) ggttAAGGGTTTTCCCCCCCACCCGGCGCTTATCCCCGGCACTCTCAGTGGTTTAGCTTTTGAA‑GGGGC‑AATAAAAATAATCTCAAAAATCAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAgg < 1:132267/144‑1 (MQ=255) gCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGt > 1:805251/1‑149 (MQ=255) tAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGAt > 2:315381/1‑150 (MQ=255) aaGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATa > 1:36994/1‑150 (MQ=255) agggtttccccccccACCCGGCTTTTACCCCCGCCACTCTCAGTGGTTTAGCT‑TTGAAGGGGGC‑AAAAAAAATAATCTAAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAg < 1:609236/136‑1 (MQ=255) ggttttCTACCCCACCGGGCGTTTATCCCCGCCCCTCTCAGTGGTTTAGCTTTGAAA‑GGGGA‑AAAAAAAATAATCTAAAAAAGCAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATaa < 1:899207/146‑1 (MQ=255) cccccATCCGGCGCTTATCCCCGCCCCTCTCGGTGGCTTAGCTTTTGAA‑GGGGA‑AAGAAAAATAATCAAAAAAAGCAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGAt < 1:680418/138‑1 (MQ=255) cccccACCCGGCGTTATTCCCCGCCACTCTCAGGGGCTTAGTTTTTGAG‑GGGGA‑AATAAAAATAATCAAAAAAAACAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTa < 1:498162/149‑1 (MQ=255) ccAACCGGCGCTTTGCCCAGACACGCGAAGTGGTTTACCTCTGGGA‑GGGGA‑TAAAGAAATAAACTAAAAATGCTACGCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTaagaa < 1:554783/151‑1 (MQ=255) ccGGCGCTTATCCCCGGCACTCTCAGTGGTTTAGCTTTTGAG‑GGGGC‑GATAAAAATAATCTAAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTc < 2:240706/151‑1 (MQ=255) ccGGCCCTTATCCCCGCCACTCTCAGTGTTTTAGCTCTTAAA‑GGGGC‑AAAAAAAATAATCTAATAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGt < 2:97591/150‑1 (MQ=255) cGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTc > 1:319473/1‑150 (MQ=255) aTCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCt > 2:675785/1‑151 (MQ=255) tctcCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTg > 2:69830/1‑151 (MQ=255) ccccGGCACTCTGAGTGGCTTCGCTCTTGAA‑GGGGC‑AATAAGAATAATCTAAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTg < 1:262136/148‑1 (MQ=255) ccGGCATTCTAAGTGGTTAAGTTTTTAAA‑GTGGT‑AAAAAGAATAATTAAAAAAAACTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGAc < 1:303776/151‑1 (MQ=255) cgcccctctAAGTGGTTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAAAATAATCTAAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACg < 2:659362/146‑1 (MQ=255) ggCCCTCGCGGTGGTTTAGCTTTAGAG‑GGGGC‑AAAAAAAATAATCTCAAAAAGCAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGAc < 1:324078/149‑1 (MQ=255) tctcAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGtt > 1:866338/1‑151 (MQ=255) ctcAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGtt > 1:107590/1‑150 (MQ=255) cAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAAt > 2:111245/1‑151 (MQ=255) ttAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTc > 1:510615/1‑151 (MQ=255) acctttGGA‑GGGGCAGAGAAAAATACTCTCAAAAGCCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGa < 2:969243/147‑1 (MQ=255) aa‑GGGGC‑TAAAAAAATAATCTAAAAAAACAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGGCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGAttt < 2:334485/146‑1 (MQ=255) ggggC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAAc > 2:781176/1‑151 (MQ=255) gggC‑AAAAAGAATAATCTAAAAAAGCAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACt < 2:363413/151‑1 (MQ=255) ggC‑GATAAAATTAATCTAAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACtt < 1:793880/151‑1 (MQ=255) ggagaaaaaaataatCTCAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACtt < 2:805282/142‑1 (MQ=255) aaaaataatCTAAAAAAGCAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCgg < 1:702480/146‑1 (MQ=255) aaaaataatCCCAAAAAGCAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCgg < 2:452847/146‑1 (MQ=255) aataatCTCAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCAtt < 2:918528/150‑1 (MQ=255) ataatCTCAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTaa < 2:462762/151‑1 (MQ=255) | TTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAA‑GGGGC‑GATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAA > NC_000913/1764635‑1764926 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |