| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 44.4% | 101.3 / 46.1 | 72 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/9); new base A (0/32); total (31/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTT > NC_000913/3665555‑3665844 | gatgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCaa < 2:305035/150‑1 (MQ=255)gatgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCaa > 2:541278/1‑150 (MQ=255) tgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCaaaa > 2:550844/1‑150 (MQ=255) gaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCaaaaa < 1:802737/150‑1 (MQ=255) aCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCa < 2:512069/151‑1 (MQ=255) cGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACCCTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCa < 2:185336/150‑1 (MQ=255) cGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc > 1:81554/1‑149 (MQ=255) cGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc > 2:890242/1‑149 (MQ=255) aGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGt > 2:52298/1‑151 (MQ=255) aaTGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCAc > 1:865078/1‑151 (MQ=255) gaagaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGc < 1:130967/151‑1 (MQ=255) agaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCa < 2:452816/151‑1 (MQ=255) tttATGTGCATGAATATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGAAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACTCTTATCTACACA‑ATTTTGGCTTGCACCCGCAAAACCCAGTTCACCGCCATTAAAATa < 1:436326/150‑1 (MQ=255) aaGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAcc > 1:78960/1‑150 (MQ=255) aaGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAcc > 1:475648/1‑150 (MQ=255) aaGATTTAATGCCCCCTCCTTGAGCAGCGGGAAAAATAATAAAAGCGTGTCCTTTGACACAAATAAAAATTTTTCAACCCCCTTATCTACTCA‑ATTTGGGTTTCCACCCAAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAc < 2:147503/149‑1 (MQ=255) ttAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 1:205781/1‑151 (MQ=255) ttAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 2:630426/1‑151 (MQ=255) tAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc > 2:612063/1‑151 (MQ=255) aaTGCCTCCTCCATGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGGGTCTATTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGTCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTaatc > 1:772241/1‑148 (MQ=255) aaTCCCCCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATACAAAATTTTCAACACTCTTTTCTACTCA‑ATTTTGTCTTCCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 1:306281/150‑1 (MQ=255) aTGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCAt > 1:606702/1‑151 (MQ=255) cctcctcttTGAGAAGCGGGAAAAATAAGAAAAGCGTGTCCCTTCACACAAATAAAAATTTTCCAACACTTTTATCTACTCA‑ATTTTGGTTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATg < 1:545869/149‑1 (MQ=255) cctcctcctTGAGCATGGGGAAAAATAATAAAAGCGTGTCCCTTGAAACAAAAAAAAAATTTCCAACACTCTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTCCATCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCAt < 2:547888/148‑1 (MQ=255) cctcctcctTGAGCATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAAAAAATTTCCAACACACTTATCTACTCG‑ATTTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATg < 2:157892/149‑1 (MQ=255) cctcctcctTGACCATGGGGAAAAAAAAAAAAAGCGTGTCCTTTGACACTAAAAAAAAATTTCCAACCCACTTTTCTATTCG‑AATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 1:558246/146‑1 (MQ=255) ccccctcctGGAGCATCGGGAAAAATAAGAAAGGCGTCTCCTTTGACACAAACAAAAAATTTACAACACCCTTATCTCCTCA‑ATTTTGGTTTGCACCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGt < 1:372956/148‑1 (MQ=255) ccccctTGACCATGGGAAAAAAAAATAAAAGCGTGCCCCTGGCCACAAAAAAAAAATTTCCAACACACTTATCTCCCAA‑ATTTTGTCTTGCACCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTga < 1:618810/147‑1 (MQ=255) aGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATAtt > 2:541211/1‑151 (MQ=255) aTCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTAt > 2:904185/1‑151 (MQ=255) cGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGt > 2:629789/1‑151 (MQ=255) gggAAAAAAAATAAAGGCGTGCCCCTTGACACAAAAAAAAAATTTCAAACACTCTTATCTCCTCA‑ATTTGGGTTTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatatat < 1:412349/144‑1 (MQ=255) aatGAACGCGTGCCCCTAGACACAAATACAAAATTTCAAACACACTTATTTCCTCA‑ATTTTGGCTTGCACCCGAAAAACCCAGTTCCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACg < 1:698576/151‑1 (MQ=255) aatGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCACCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACg > 2:400691/1‑151 (MQ=255) tGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGc > 1:211581/1‑150 (MQ=255) tGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGc > 2:836881/1‑150 (MQ=255) gAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCa > 1:754567/1‑150 (MQ=255) aaggCGTGTCCCTTGCCAAAAAAAAAAAATTTAAAACCCACTTATCTACTAG‑ATTTTGGTTTCCACCCAAAAAACCCAGTTAACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCaa < 1:541258/147‑1 (MQ=255) 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gtttCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTCCTCA‑ATTTTGGCTTGCACCCAAAAAAACCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAg < 2:668307/146‑1 (MQ=255) gtgtCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGAc > 2:728717/1‑151 (MQ=255) cccTTGACAAAAATAAAAAATTTCCAACACATTTATCTCCTCA‑ATTTTGGCTTGCATCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAAt < 2:636988/150‑1 (MQ=255) ccTTGACACAAAAAAAAAATTTTAAACACCTTTATCTACTCA‑ATTTTGTCTTGCACCCGAAAAAACCGGGTAACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTa < 1:81887/143‑1 (MQ=255) cacGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGt > 2:631614/1‑151 (MQ=255) 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cacTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTa > 2:377200/1‑150 (MQ=255) ttttCTACTCA‑ATTTTGCTTTCCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTaa < 1:447982/145‑1 (MQ=255) ttATATACTCA‑AATTTGGCTTGCATCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTa < 1:760388/147‑1 (MQ=255) tATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt > 2:538103/1‑151 (MQ=255) cTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTAc > 1:866798/1‑150 (MQ=255) 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ttgggtttccATCCACAAAAACAAGGCCGCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATa < 2:82271/135‑1 (MQ=255) ggCTTCCATCCGCAAAACCCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATAtt < 2:927972/149‑1 (MQ=255) ttGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACt < 2:81555/149‑1 (MQ=255) ccGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGtt < 2:779230/146‑1 (MQ=255) | GATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTT > NC_000913/3665555‑3665844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |