Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,270,455 | 0 | G | T | 47.9% | 23.8 / 30.6 | 49 | intergenic (+853/+170) | yhaC/garK | pentapetide repeats‑related protein/glycerate kinase I |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/18); new base T (23/0); total (31/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.84e-01 |
GTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGC > NC_000913/3270305‑3270597 | gTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTg < 1:406008/151‑1 (MQ=255) gaGTACGGGCCGTACCTTATGATTCCCTATGTGTCCTTGCCCCGGGTGGAGTTTACCGTCCCACGGACTGTTGCCAGCCGCGCGGTGAGCTCTTTCCGCACCCTTTCACCCTTACCTGAGCCGGCTTGCGCGGGCTATCGGCGGTTTGgtc < 1:512177/150‑1 (MQ=255) cAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGCTTTct > 2:109117/1‑150 (MQ=255) gggCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGtt < 1:385386/151‑1 (MQ=255) ggCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTGcccacttt > 1:187618/1‑142 (MQ=255) cGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTtctctcctttgtc > 1:325777/1‑143 (MQ=255) cGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGccc > 2:53189/1‑149 (MQ=255) aaCCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGt < 2:719140/151‑1 (MQ=255) ccccTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGCGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGCTTGCTCTCTGTTTTCC‑TGGT‑C‑CT‑ggggt > 1:50093/1‑148 (MQ=255) ttGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCCCTCCGTTTCGC‑CTGT‑C‑CG‑GGGGTTccccccc > 1:401901/1‑151 (MQ=255) tGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GTGGGGTTTccccccc > 2:658884/1‑151 (MQ=255) ggCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTTCCC‑TGGT‑C‑CT‑GGGGTTcccccccc > 1:475495/1‑149 (MQ=255) ggCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCa < 2:577616/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGc < 1:40263/151‑1 (MQ=255) ccTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGc < 1:192270/151‑1 (MQ=255) cTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCCC‑CTGT‑CGGG‑GGGTTTccccccccg > 2:635671/1‑147 (MQ=255) ttGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCAC‑TGGG‑C‑GTGGGGTTTcccccccgg > 2:135861/1‑146 (MQ=255) gCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCCC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTtccccccccgcggt > 2:617709/1‑143 (MQ=255) gCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTa < 1:231925/151‑1 (MQ=255) ccGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTTTTGCAC‑TGGG‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCCCGC‑GTTAcc > 2:382054/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGATTGTCTCTGTTGCCC‑CGGT‑A‑GC‑GGGGTTccccccccccagttagc > 1:332216/1‑140 (MQ=255) cGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTTCAC‑TGGG‑C‑GT‑GGGGTTCCCCCCCCCGC‑GGTAccc > 2:164136/1‑149 (MQ=255) gTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCCTTTGGAC‑TCGG‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCACGC‑GGTAGCTCGc > 2:691488/1‑150 (MQ=255) tttACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTTTTCTTTGTTGGGC‑CTGA‑C‑GG‑GGGTTTCCCCCCCCGGC‑GCTTGCTGGGAcccc > 2:739895/1‑148 (MQ=255) tACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTTCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCGGG‑GTTTCCTCGCACCCCGccc > 2:570742/1‑151 (MQ=255) aCTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGa < 1:188609/151‑1 (MQ=255) gTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACtt < 2:741806/151‑1 (MQ=255) tACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCAC‑TTGT‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCAGGG‑GGTACCCGGCACCCCGCCCCA‑TGGAGGCCCGGCttt > 2:122038/1‑150 (MQ=255) tACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCCCTCTTGAAA‑TGGT‑C‑GT‑GGGGTTCCCCCCCCCGC‑GGTACCCGGCACCCCGCCCCA‑TTGAGGCCGGCCtt > 1:174299/1‑149 (MQ=255) tACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTTTTCTCTTTTTCCC‑TGGT‑C‑CT‑GGGGTTCTCCCCCCCAC‑GTTACCCGGGCCCCCGCCCTC‑TTGAGCCCGGGCATtc > 1:28598/1‑151 (MQ=255) ccAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TCGG‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCCGGC‑GTTACCTGGCCCCCCGCCCCA‑TGGAGGCCCGGCttt > 2:133499/1‑148 (MQ=255) ccGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGATTCCCCTCTCTTGCAC‑TCCT‑C‑GT‑GGGGTTCCCCCCCCCGC‑GCTACCCCGGCCCCCCCCCTC‑TGGAGCCCGGGCTTTcctcccc > 1:10275/1‑151 (MQ=255) gTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGccc < 2:240341/151‑1 (MQ=255) tctTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCAC‑TTGG‑C‑GG‑GGGGTTCCCCCCCCCGCGGTTCCCTGG‑ACCCCGCCCCT‑AGGAGCCCCGGCTTTTCTCCCCCCCCCCCCTCTcc > 2:532454/1‑151 (MQ=255) tctTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGGTTCCCCCCCCCGC‑GGTACCCTGCACCCTCCCCTA‑TGGAGCCCGGGCCTTCCTCCCCCCCCCCCCCCTcc > 2:255754/1‑151 (MQ=255) ttACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTTTTGCCC‑TGGG‑C‑CT‑GGGGTTTCCCCCCCGGC‑GTTTCCCGGCACCCTGCCCCA‑TGGCGCCCGGATTTTCCTCCCCTCCCCCCCCCTcccc > 2:614372/1‑151 (MQ=255) cGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGaa < 1:109116/151‑1 (MQ=255) ttCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCAC‑TTGG‑C‑GG‑GGGGTTTCCCCCCCGGC‑GCTTCCCGGGACCCCGCCCCATTGGGGCCCGGCCTTCCTTCCCCCCCCCCCTccccccccca > 1:778777/1‑141 (MQ=255) ttCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCCTTTTCAC‑TTGG‑C‑GT‑GGGGTTCCCCCCCAGGCGGTTACCGGCCACCC‑GCCCCA‑TTGGGCCCGGACCTTCCTCCCCCCCCCCCCTCccccccccag > 1:703862/1‑140 (MQ=255) cTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTTTTGCAC‑TTGTCC‑GG‑GGGTTTCCCCCCC‑CGC‑GTTTCCTGGCACCCCGCCCCA‑TTGGGCCCCGGCTTTCCTcccctccccccccctcccccccagcgg > 1:477478/1‑134 (MQ=255) ttACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTTCTCTCTTTTGCAC‑TTGG‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCGGC‑GGTAACTGGCACCCCCCCCTA‑TGGAGGCCCGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGGCCCCCCCCCAGAGggcggaggc > 1:97950/1‑143 (MQ=255) tACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGTTTTCCTTTGCAC‑TCGT‑C‑GG‑GGGGTTCCCCCCCCGGG‑GTTTCCCGGCCCCCTCCCCTA‑CGGAGGCCGGGCTTTCCTCCCCCCCCCCCCGCccccccccagca > 1:522426/1‑132 (MQ=255) aCCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTCTTGTCTCCCTTCCCCACGCC‑C‑GG‑GGGTTTCCCCCCCA‑GC‑GCTACCTTGGACCCCGCCCCC‑TGGAGCCCCGGCTTCCCTcccccccccccccccccccc > 1:490218/1‑131 (MQ=255) aTCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGa < 2:17747/151‑1 (MQ=255) tCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGa < 1:591102/150‑1 (MQ=255) cccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACt < 1:53189/151‑1 (MQ=255) ccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTGCCCCCCTTGTGC‑TGGT‑G‑GC‑GGGGGTCCCCCCCAGGC‑GTTACCCGGCGCCCCCCCCTA‑TGGAGCCCGGGACTTCCCCCCCCCCCCCCCTTTCCCCCCAAGAGGGCCACGAACAAGCTGCGCCt > 2:240767/1‑150 (MQ=255) caggCCACCGGCGGTTTGCTCCCTGTTTCCC‑TGGT‑C‑GT‑GCGTTTCCCCCCCAGGA‑GTTACCAGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCCGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCTCACGAAGAGGACGACTACGAAGCGGCGACTGTCTgg < 1:305666/145‑1 (MQ=255) cATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTc < 2:777350/150‑1 (MQ=255) cggcggTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcg < 2:699545/151‑1 (MQ=255) ggcggTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGGCTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgc < 1:606051/151‑1 (MQ=255) | GTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAC‑TGGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTA‑TGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGC > NC_000913/3270305‑3270597 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |