Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,864,099 | 0 | C | A | 42.1% | 56.8 / 13.3 | 39 | R67R (CGC→CGA) | yidP | UTRA domain‑containing GntR family putative transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/6); new base A (0/16); total (16/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 |
GATTTCACGCTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACG > NC_000913/3863950‑3864247 | gATTTCACGCTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTgcgc > 2:205507/1‑150 (MQ=255) gCTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGt > 2:669850/1‑150 (MQ=255) aaaCAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTg < 1:489431/151‑1 (MQ=255) aaCAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGc < 1:745461/151‑1 (MQ=255) cttcCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCg > 2:749355/1‑151 (MQ=255) cccGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGcc > 1:144758/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGAc > 1:254459/1‑151 (MQ=255) aaaaaaaGCGGGCGGAAGATTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTGGCGGGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGAc < 2:221663/151‑1 (MQ=255) cTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCtgg > 1:652702/1‑151 (MQ=255) tgtGCGTTATGGGGAATGACCACCCGAAAGGCCATTGCCCGGCTGGTGGGGGGGGGGTGGGTGGCCCGCCGCCCCGGGGGTGGCACTTCCCGGGGGCGAAAAGATGTACTGCATCAACCCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGgtg < 1:453104/145‑1 (MQ=255) tcccgggggagACCACCCGAAAAGCCATTTCCCGGCTGGGTGGGTGGGGGCTGGTGCTCCGCCGCCCCGGTGGGGGCACTTCCCTGGTGCGAAAATATGTTCGGCATAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAg < 1:228436/127‑1 (MQ=255) tATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACgg > 1:54998/1‑149 (MQ=255) aTCGGGGATGACCATCCGAAAAGCCATTGCCCGGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCCGGGTAGGGGCACTTACCTGGTGCGAAAAGATGTACTGCATAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCa < 2:772819/150‑1 (MQ=255) ggATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGaa > 2:786432/1‑150 (MQ=255) ccagcggaaaaGCCATTGCCCGGCTGGTAGCGGGGGGGCGGGTGGCCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGAAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACg < 1:602764/141‑1 (MQ=255) ccGAAAAGCCATTGCCCGGCTGGTGGCGGGGGGGCTGGTGGCCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGAAAAGATGTACGGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCa < 2:47523/149‑1 (MQ=255) cATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAgg > 1:589087/1‑149 (MQ=255) gACCTGCTGGTGGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTCCCTGGTGCGAAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGa < 2:535420/151‑1 (MQ=255) cccTGCTGGGAGCGGGGGGGGTGGTGGCCCGCCGCCACGGTGGTGGCACTTCCCTGGTGCGAAAAGATGTCCTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGAt < 2:752278/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGAt > 1:652829/1‑151 (MQ=255) ccggttgtgggggTGGGGGGTGGGGTGCCGCCCCCCCGTTGTTGGCTCTTCCCGGGTGCGAAAAGATGTACGGCACAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCt < 1:688313/135‑1 (MQ=255) ggTAGGGTGGGGGGGGGGGGTCCGCCCCCACGGTGGTGGCACTTACCTGGGGCGAAAAGATGTACTGAACCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGAttttt < 1:300999/148‑1 (MQ=255) ggTAGCGGGGGGGCGGGTGGTCCCCCGCCACGGTGGGGGCATTTACCTGGTGCGAAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGAttttt < 1:683029/148‑1 (MQ=255) tAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAAt > 2:73172/1‑151 (MQ=255) gggggggggCTGGTGGCCCGCCGCCAGGGTAGGGGCACTTACCTGGTGTGAAAAGATGTAATGAAACAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGaaa < 1:161938/144‑1 (MQ=255) tGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGc > 1:663922/1‑151 (MQ=255) gggggggtggcCCGCCGCCACGGTGGTGGCATTTCCCTGGTGCGAAAAGATGTACTCCATAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTg < 1:499077/146‑1 (MQ=255) ggtgtcccgccgCCACGGTGGTGGCACTTGCGGGGTGCGAAAAGATGTCCTGCATAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGG‑AAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCt < 1:244000/144‑1 (MQ=255) tCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGc > 2:73072/1‑151 (MQ=255) cccccgccAGGGTATGGGCACTTCCCTGGTGCGCAACGATGTACGCCATCAACCCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGcc < 1:799469/148‑1 (MQ=255) cccccgccACGGTAGTGCCCCTTCCCTGGGGGGCAAAGTTGTACTGAATAAAGCCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTcc < 2:110240/144‑1 (MQ=255) ccccccccACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGAAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGcc < 2:429683/145‑1 (MQ=255) cgccACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTg > 1:539270/1‑151 (MQ=255) cgccACGGGGGTGGCAGTTACGGTGGGCGTAATAATATGCTGAATAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCATGCGCCTCCg < 1:506129/144‑1 (MQ=255) ccACGGTAGGGGCACTTCCCTGGTGCGAAAAGATGTACTGCATAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTgc < 2:233219/150‑1 (MQ=255) cACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGGTTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTgcc > 1:130968/1‑150 (MQ=255) cACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTgcc > 1:502634/1‑150 (MQ=255) gTGGCCCTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGtt < 2:652024/151‑1 (MQ=255) cACTTCCCTGGTGCGAAAAGATGTACTGCATAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACg < 2:798063/150‑1 (MQ=255) tGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAAt > 2:404784/1‑151 (MQ=255) gcgaAAAGATGTACTGCATAAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCaa < 2:521348/150‑1 (MQ=255) gcAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACg > 2:480433/1‑150 (MQ=255) cAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACg > 1:174193/1‑149 (MQ=255) | GATTTCACGCTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACG > NC_000913/3863950‑3864247 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |