Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,067,745 | 0 | A | G | 50.0% | 35.2 / 20.7 | 48 | L511P (CTG→CCG) | yihQ | putative sulpholipid alpha‑glucosidase; alpha‑glucosyl fluoride glucosidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/5); new base G (0/23); total (18/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGGGCGAAATGGGCGATGGTTTCTGCGTCGCCGTCAAACTGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCACATCATGGTGGAGTATTTC > NC_000913/4067597‑4067891 | aCGGGCGAAATGGGCGATGGTTTCTGCGTCGCCGTCAAACTGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAgg > 1:495351/1‑151 (MQ=255) aTGGGCGATGGTTTCTGCGTCGCCGTCAAACTGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTaa < 2:76714/151‑1 (MQ=255) aTGGTTTCTGCGTCGCCGTCAAACTGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCa > 1:589694/1‑150 (MQ=255) cGCCGTAAAACTGCCTGTTGTCGCCAGGAGGGTTCCCTTGGGGGGTGCGCATCATCGGCGTGAGGGCGCTGAAACCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTTTTT‑GCTGCGCTTCATCCCAAACGGGGT‑GG‑TGAAACCGCCAATGTCGCTgtgg < 2:382584/149‑1 (MQ=255) gCCGTCAAACTGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGc > 1:574237/1‑151 (MQ=255) agTCAAACTGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGc > 1:579789/2‑149 (MQ=255) gTCAAACTGCCGGTTGCCGCAAGGACGTTTACCTTCGTGGGGGCCCTTCATCGGGGTGAGGGCGCTAAAACCGCCCCGGCGCAGCACCGGCTTTTT‑GCTGCGTTTCATCCAAAACGGGGT‑GT‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAg < 2:217978/150‑1 (MQ=255) aaCTGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGG‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGc > 1:482244/1‑148 (MQ=255) tGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTc > 1:410516/1‑151 (MQ=255) ttGCCGCCGGGACGGTTCCCTTGGGGGGTGCGCTTCTTCGGGGGGAAGGCGCTGAACTCGCACCGGCGCGGAAGCATTCTTTT‑GGTGCGTTTCATCCAAAACGGGGT‑GG‑TGAAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTc < 1:737688/150‑1 (MQ=255) ggcggtttACCTCCGTGGGTGCTCTTATTCGGCGTGAAGGCGCGAAACTCGCACCACCGCAGCAGCAGCTTTTT‑CCTGCGTTTCTCCTCAAAGAGGGT‑GG‑TTTACCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCg < 2:592617/145‑1 (MQ=255) ggACGGTTTCCTTGGTGGGTGCGCATCAGCGGCGTGAAGGCGCTAAAACCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTTTTT‑GCTGCGCTTCATCAAAAAGAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCg < 2:301059/151‑1 (MQ=255) ggACGGTTCCCTTCGGGGGGGCGAATCATGGGGGTGAGGGCGGTAAAATCGCCCCGGCGCAGCAGAAGCTTTTT‑GCTGCTCTTCATCCAAAAGGGGGG‑GG‑TTTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGc < 2:12214/146‑1 (MQ=255) ggTTCCCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTAAAATCGCCCCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGTTTCATCTCAAACGGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACa < 2:624112/150‑1 (MQ=255) ccTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTAAAATCGCCCCAGCGCAGCAGCACCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACGGGGG‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGcgcc < 2:621913/150‑1 (MQ=255) tCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGccgccg > 1:169618/1‑151 (MQ=255) gggTGCGCATCACCGGCGGGAGGGCGCTAAAACCGCCCCAGCGCAGCGGCGGCTTTTT‑GCTGCGCTCCATCTAAAACGGGGT‑GG‑TTAACCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCgccgcc < 1:727872/146‑1 (MQ=255) tcatcGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCCTTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGc > 1:348914/1‑151 (MQ=255) catcGGGGTGAAGGCGCTGAAACCGCCCCAGCGAAGCAGCAGCTTTTT‑GCTGCGCTTCATCTAAAACGGGGT‑GG‑TGAAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAAc < 2:334264/144‑1 (MQ=255) cGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAgg > 2:663927/1‑151 (MQ=255) ggCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGc > 1:766712/1‑151 (MQ=255) tGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCAtc > 2:488930/1‑151 (MQ=255) agggCGCGAAAATCGCACCGGCGCAGCGGC‑GCTTTTTGGCGGCGCTTCATCACAAAGGGGGT‑GG‑TGAAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCAt < 1:655611/146‑1 (MQ=255) aggccatGAAATAGCACCAGCGCAGTAACAGCCCTTT‑GCTGCGCTTCATCTAAAACAGAGT‑AG‑TCAAACCCCGAATGACGCTGCGGTGCAGGCCATGGCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGCGACAACCGACCCCAGGCCAtcgt > 1:677237/7‑150 (MQ=255) ggCGCTAAAACCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACGGGGG‑GG‑TGAAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCAtcgtc < 2:387238/150‑1 (MQ=255) gccgcTAAAACCGCACCGGGGCGGCAGCTGCTTTTT‑GCGGGGTTTACTCACAAACGGGGT‑GG‑TGAAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCAtcgtc < 1:513676/148‑1 (MQ=255) aaaCCGCACCGGCGCAGCGGAATCTTTTG‑GCTGCGATTCATCACAAACGGGGT‑TG‑TGAACCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTca < 1:542097/151‑2 (MQ=255) aaTCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTcc > 1:297435/1‑150 (MQ=255) cACCAGCGCAGCACCAGCTTTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GT‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCg < 2:227844/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCAGCAGCAGCTTTTG‑CCTGCGCTTCATCTAAAAGGGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCg < 2:128664/148‑1 (MQ=255) gcgcAGCGCCAGCTCTTT‑GCTGCTCTTCATCACAAACGGGGG‑GG‑TTTACCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACg < 1:390677/148‑1 (MQ=255) cagcagcTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTcg > 1:5319/1‑151 (MQ=255) catctctTT‑GCTGCGTTTCATCAAAAAGGGGGT‑GG‑TGTACCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTg < 1:732404/141‑1 (MQ=255) cagcTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTcgccc > 2:581173/1‑151 (MQ=255) cagcTCTTG‑GCTGCTCTGAATC‑AAAACCGGGTGGG‑TGAAGCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTgg < 1:391530/145‑1 (MQ=255) agcTCTTT‑GCGGCGTTTCTTCTAAAAAGGGGT‑GT‑TTTACCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGt < 1:244254/145‑1 (MQ=255) accttttt‑GCGGCGTTTCATCAAAAAAGGGGT‑GG‑TGAAGCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTgg < 2:754833/139‑1 (MQ=255) ttttt‑GCTGCGTTTCATCTCAAACGGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTc < 2:64749/141‑1 (MQ=255) tctTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCgcccgccc > 1:187701/1‑151 (MQ=255) gctgcGCTTCTTCTAAAACGGGGT‑GG‑TATAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCAcat < 2:595257/150‑1 (MQ=255) gtgtttCATCTCAATC‑GGGT‑GGTTGTACCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCAcatcat < 1:764589/146‑1 (MQ=255) ttCACCTAAAACGGGGG‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCAcatcat < 2:58249/146‑1 (MQ=255) atccaaaaCGGGGT‑GT‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCACATCATGGTGGa < 1:453899/144‑1 (MQ=255) cAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCACATCATGGTGGAGTAttt > 2:439950/1‑151 (MQ=255) cAAACAGGGA‑GC‑GGCAACCGCCAATGGCGCTGTGGGGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCACCTCATGGTGGAGTAttt > 1:526473/1‑151 (MQ=255) aaaCGGGGT‑GG‑TTTACCCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCACATCATGGTGGAg < 1:291143/145‑1 (MQ=255) aaaCGGGGT‑GG‑TGAAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCACATCATGGTGGAGTATTTc < 2:692661/151‑1 (MQ=255) aaaCAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCACATCATGGTGGAGt < 2:287900/146‑1 (MQ=255) | ACGGGCGAAATGGGCGATGGTTTCTGCGTCGCCGTCAAACTGCCAGTTGTCGCCAGGACGGTTACCTTCGTGGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTT‑GCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGT‑GG‑TGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAGCGACAGCGCCGCCGGGACAACCGACGCCAGGCCATCGTCGAGACTCCAGTCGACGTTCTGGTCGCCCGCCCACATCATGGTGGAGTATTTC > NC_000913/4067597‑4067891 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |