Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,326,450 | 0 | T | G | 52.6% | 66.3 / 90.1 | 57 | G114G (GGT→GGG) | atoB | acetyl‑CoA acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/23); new base G (30/0); total (34/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.21e-10 |
CCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGA > NC_000913/2326301‑2326596 | ccGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGt < 2:780403/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGAATCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTa < 1:570182/151‑1 (MQ=255) cgTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGaaa < 1:834067/151‑1 (MQ=255) gTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGaaaa < 1:582778/151‑1 (MQ=255) gTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGttt < 1:769921/150‑1 (MQ=255) gTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTa < 2:668280/151‑1 (MQ=255) tAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAg < 1:463840/150‑1 (MQ=255) tAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAg < 2:993030/150‑1 (MQ=255) aaaaGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAATAAGGGGTTAGgcc > 2:443475/1‑151 (MQ=255) aaaaGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAAAATGAGTTTAGccc > 1:956760/1‑151 (MQ=255) aaGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGccccc < 1:443317/151‑1 (MQ=255) aaGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGGTGGGAAATATGAGGTTAGccccc > 1:479079/1‑151 (MQ=255) aaGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAAAAAGAGGTTAAgcccc > 1:782271/1‑151 (MQ=255) aGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCt < 1:47868/151‑1 (MQ=255) cGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAATATGGGTTTAGccccc > 1:91515/1‑148 (MQ=255) gggCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCtact < 2:717020/151‑1 (MQ=255) tGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAAAATGAGTTTTGcccccccctt > 1:98319/1‑143 (MQ=255) aaaCGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAAAATGAGTTTAGCCCCCCACCTACTCGATGc > 1:814276/1‑151 (MQ=255) aaCGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGGTGGGAAATATGAGGTTAGCCCCCTACTTACTCGGTg > 1:844447/1‑149 (MQ=255) cGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCaa > 2:514153/1‑150 (MQ=255) gtgtGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAg < 2:695477/151‑1 (MQ=255) gtgCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGc < 2:821892/150‑1 (MQ=255) ggATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAAAATGAGGTTAGCCCCCTACTTAATCGATGCAAAAACa > 1:264031/1‑147 (MQ=255) aTTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGctct < 1:1027835/151‑1 (MQ=255) ttCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGGTGGAAAATATTAGTTTTGTCCCCCACTTAATCGATGCAAAAAGACGCCCTg > 1:114226/1‑151 (MQ=255) ggTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCCCTGGGTAt > 2:1044673/1‑151 (MQ=255) gTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAATATGAGTTTAGACCCCCACTTACTCGATGCAAAAACACGCCCTgggt > 2:739240/1‑146 (MQ=255) cAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAATAAGAGTTTAGCCCCCCACTTACTCGATGGAAAAGCACGCTCTGGTTATCGt > 2:664466/1‑151 (MQ=255) aaTAAAGTATGTGGTTCGGGACTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGTCGGTGGGGGATGAAAAAGTGGGGTTTCGCCCCC‑ACTTTCTTAGTGCAAAAGccccggcctgtttt > 1:565986/1‑134 (MQ=255) aaGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAATATGAGTCTTGCCCCCTACTTACTCGAAGCGAAAACACGCTCTGGTTTTCGTCtt > 1:671669/1‑149 (MQ=255) aaGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAAAATGAGGTTAGCCCCCCACTTTTTCCATTCAAAAGCACGCTCTTGTTTTTGTCtttg > 2:647278/1‑149 (MQ=255) aTGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGgaga < 1:494280/150‑1 (MQ=255) aTGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGAc < 2:681803/151‑1 (MQ=255) aTGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGGTGGGAAATATGAGGTTAGCCCCCCCCTTTCTCGATGCAAAAAAACGCCCTTGTTATTGTCt > 1:550598/1‑144 (MQ=255) gtgGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACg < 2:895418/150‑1 (MQ=255) ggTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGAc < 1:85199/151‑1 (MQ=255) ggTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAATATGAGTTTTGCCCCCCACTTACTCGATGCCAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGgtt > 2:7332/1‑151 (MQ=255) ggTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGAAGGAAAAAATGGGGTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAACACGCCCTGGTTATTGTCTTGGGGACGGACAGGtt > 2:121052/1‑150 (MQ=255) cTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGGTGGAAAAAATGAGGTTAGCCCCCCACTTACTCCATGCAAAAGCACGCTCTCGGTATCGTCTTTGAGACGGACAGGGTTAt > 1:400295/1‑150 (MQ=255) tAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTAt < 2:872743/148‑1 (MQ=255) aaaGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGt < 1:739013/151‑1 (MQ=255) tgtgGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAATATGAGTTTAACCCCCCACTTACCCGATGCAAAAGAACGCCCTGGGTATCGTCTTGGGGACGGGCAGGTTTTTGACGTaa > 1:360877/1‑149 (MQ=255) gtgGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGGTGGGAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTAATCGATGCAAAAACACGCCCTGGGTATCGTCTTGGAGACGGACAGGGTTATGAAGTAATcc > 1:40484/1‑151 (MQ=255) gtgGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCCACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTTGAGACGGACAGGGTTTTGACGTAATcc > 2:826003/1‑151 (MQ=255) tgGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGGAAATATGAGTTTAGCCCCCTATTTACTCGATGCAAAAAAACGCTCTGGGTATCGTCTTCGGGACGGACAGGTTTAATAGGTAAttc > 2:447973/1‑148 (MQ=255) tgGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCCACTTACTCGATGCAAAAGCACGCCCTGGGTATCGTCTTGGAGACGGACAGGGTTATGACGGAATcc > 1:97651/1‑150 (MQ=255) ccgccCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAAAATGAGTTTAGCCCCCCACTTACTCCGTGCAAAAACACGCTCTGGGTTTCGTCTTTGGGACGGACCGGGTTATGACGTAAACCTGCGCGATgg > 1:826525/1‑151 (MQ=255) cccAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGTTGGGAAAAATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTTTCGTCTTGGGGACGGGCAGGGTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGcc > 2:98257/1‑150 (MQ=255) gCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGAtgt < 1:959216/151‑1 (MQ=255) cATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGTAAATATGAGGTTAGACCCCCACTTACTCGATGCAAAAAAACGCCCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGGCCAGTTTATGACGAAATCCTGCGCGATGGGCTGAtgt > 1:733268/1‑149 (MQ=255) cATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGGATGGAAAAAATGAGTTTAGGCCCCTACTTAGTCGGTGCCAAAGCACGCCCTGGTTATCGGCTTGGGGGCGGACAAGTTTATGACGTAAACCTCCGCGATGGCCTg > 2:77467/1‑145 (MQ=255) tgGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTAc > 1:12483/1‑151 (MQ=255) tgGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTAc > 1:401716/1‑151 (MQ=255) ggCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTAcc > 1:415722/1‑151 (MQ=255) ggCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTAc < 1:468630/150‑1 (MQ=255) gCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTAccg > 1:289916/1‑151 (MQ=255) gg‑ggggTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTAccgc < 2:671881/150‑1 (MQ=255) ggggTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGa < 1:779360/151‑1 (MQ=255) | CCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGG‑GGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGA > NC_000913/2326301‑2326596 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |