Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,781,645 | 0 | A | C | 50.0% | 51.2 / 13.1 | 48 | V361G (GTT→GGT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/7); new base C (0/24); total (17/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGC > NC_000913/2781499‑2781790 | atatAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAAccc < 2:724900/150‑1 (MQ=255) atatAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAAc < 1:93493/148‑1 (MQ=255) aaTTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGcc > 1:226420/1‑150 (MQ=255) aaTTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGcc > 2:948358/1‑150 (MQ=255) gttgtGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTAt > 1:894812/1‑151 (MQ=255) gtCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTAtt > 2:433538/1‑151 (MQ=255) ccccGCCGTTTTTATTATTTTGCTTTCCGCTGTTGATATTGGTGCTTGTGGCTATGCCATAATTATTAATTTTCTGTGTCCCACCATTAATTATGTTTTTTGTCGCTTTTCCTGAAACACCAATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTc < 1:21536/148‑1 (MQ=255) cccGCCGTTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATGGGTGCTTGTGGTTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTCCCCCCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGAAACACCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTc < 1:794184/148‑1 (MQ=255) gccgcTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATc > 2:442266/1‑150 (MQ=255) ccgtTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCTTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCTTTTCCTGAAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCa < 2:704371/150‑1 (MQ=255) ttttTATTTTTGGCTTTCCGTTTTTGATTTTGGCCCTTGTGGCTTTCCCTTAATTTTTAATTTTCTGTGCCCCCCAATTATTTTTGGTTTTTGTCGCTTTCCCTGCAACACCTACACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCtt < 1:607243/150‑1 (MQ=255) tttGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATTTTGGTGCCGGTGGCTATGCCATAATTATTAATTTTCTGTGTGCCCCAATTAATTATGGTTTTTGTCGCTTTCCCGGAAACATCCAAACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCttt < 2:324193/150‑1 (MQ=255) tttGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCttt > 1:524512/1‑150 (MQ=255) ttttttGCGTTCCGTTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTCCCACCATTAATTATGTTTTTTGTCGCTTTTCCTCCAACATCCAAACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGc < 2:702311/146‑1 (MQ=255) tatTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCAtt > 2:528890/1‑151 (MQ=255) ttttGCGTTCCGTTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATCCCATAATTATAAATTTTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTTTTTGTCGCGTTTCCTGCAACACCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTg < 2:89095/150‑1 (MQ=255) ttttGCGTTCCGCTTTTGATTTTGGTCCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTCCCCCCATTAATTTTGGTTTTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTg < 1:463662/150‑1 (MQ=255) cGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTTTTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTa < 2:132231/149‑1 (MQ=255) tttCCGTTGTTGATTTTGGTGTCTGGGTCTATGCCATATTTATTAATTTTCTGTGTGCCCCCTTAATTTATGTTTTTTGTCGCTTTTCCTGCACCATCAATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTaa < 1:304133/148‑1 (MQ=255) ccGCTTTTAATATGGGTGCCTGTGGTTAGGCAATAATTATAAATTTTTTGTGGCCCCCCATTAATTATGTTTTTTGTCGCGTTTCCTCCAACCCCAATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTg < 1:948081/151‑1 (MQ=255) tgTGCCCGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCttt > 1:929526/2‑150 (MQ=255) gTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTAt > 2:146846/1‑151 (MQ=255) ctttttgCTATTCCTTAATTTTTAATTTTCTATGCCCCCCATTTAATTATGTTTTTTGTCGCGTTTCCTGCACCATCCTTGACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCt < 1:674741/138‑1 (MQ=255) cttgtgGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTCCCACCATTAATTATGGTTTTTGTCGCTTTTCCTGCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATc < 2:744117/147‑1 (MQ=255) ggttATGCAATATTTATTAATATTCTGTGTCCCACCATTAATTATGTTTTTTGTCGCTTTTCCTGCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTta < 1:1021570/145‑1 (MQ=255) atatTTATTAATTTTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCTTTCCCTGCAACACCCAAAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTg < 2:986434/151‑1 (MQ=255) aTAATTATTAATTTTCTGTGCCCCACCATTAATTATGTTTTTTGTCGCTTTTCCTGCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTcg < 1:665123/149‑2 (MQ=255) aaTTTTCTGTGTCCCACCATTAATTATGTTTTTTGTCGCTTTTCCTGCAACACCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGaa < 1:483116/151‑1 (MQ=255) aaTATCCTGTGTCCCCCCTTTATTTTTGGTTTTTGTCGCTTTTCCTCCACCATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGttttc < 1:184999/147‑3 (MQ=255) atTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAAcc > 2:81257/1‑150 (MQ=255) atTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAAcc > 2:558240/1‑150 (MQ=255) atTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAAcc > 1:366722/1‑150 (MQ=255) caccaTTAATTATGGTTTTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGtt < 1:276698/148‑1 (MQ=255) ttaattaTGGTTTTTGTCGCTTTTCCTGCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGACGAACCATATGCGTTTATGt < 2:599654/148‑1 (MQ=255) taattgTGTTATTTGGCGCGTTTCCCGCAACACCCAACCCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTAt < 1:870914/145‑1 (MQ=255) aattaTGTTTTTTGTCTTTTTCCCTGCAACATCCTAACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTaaa < 1:913674/151‑1 (MQ=255) tgttttttGTCGCTTTTCCTGAAACACCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATg < 1:465565/143‑1 (MQ=255) tGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGacc > 1:264/1‑151 (MQ=255) tttGTCGCTTTTCCTGCAACACCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGacca < 2:524695/147‑1 (MQ=255) tGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGttt > 2:580295/1‑151 (MQ=255) tCGCTTTTCCTGCAACATCCAAAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGttt < 2:226507/149‑1 (MQ=255) cgttttccccgaaaCATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTc < 1:92671/138‑1 (MQ=255) ttCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCa > 1:214698/1‑150 (MQ=255) aaCACCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACAtt < 1:847025/150‑1 (MQ=255) cATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTc > 1:546769/1‑151 (MQ=255) cATCAATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTg < 1:433383/149‑1 (MQ=255) ccATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCt < 1:886693/149‑1 (MQ=255) ccATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGc > 1:985103/1‑151 (MQ=255) | ATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGC > NC_000913/2781499‑2781790 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |