Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 869,107 | 0 | A | G | 44.2% | 79.5 / 11.9 | 52 | I530V (ATT→GTT) | gsiA | glutathione ABC transporter ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/25); new base G (23/0); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAATCCAAAAGTGATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCGGTCGCTGAACCGTCCCGACAACGACCGCAGCGTG > NC_000913/868959‑869257 | gAATCCAAAAGTGATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGtt > 2:391204/1‑151 (MQ=255) aTCCAAAAGTGATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAg < 2:999630/151‑1 (MQ=255) aaaGTGATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGGTAGTCa > 2:604239/1‑149 (MQ=255) aaGTGATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGGGTAGTCAt > 1:754690/1‑149 (MQ=255) gTGATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGGGCGGGTTAGTCATCgt > 2:1019624/1‑150 (MQ=255) gATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCgtgt < 2:852220/150‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGGGGGGGAGCGGGTTAATTGTCgtgt > 1:502245/1‑150 (MQ=255) cATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGGGGGGGGGGTAGTGATCGTgg‑gg > 1:679156/1‑149 (MQ=255) gCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTg < 2:317307/150‑1 (MQ=255) ccGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGGGGGAGAGGGGGTTTGTCATCGTGT‑GGCgg > 2:576785/1‑147 (MQ=255) cgacgaAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGGGGGTGAGCGGGGTAGTCATCGTGT‑Gggggggg > 1:480779/1‑146 (MQ=255) gacgaAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑t < 1:656450/151‑1 (MQ=255) cgaAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TAt < 1:140765/151‑1 (MQ=255) cgaAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGTTTGTTATCGTGT‑Gggggggg > 1:1017163/1‑143 (MQ=255) gaAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGTGGGGGGGGTTGTCATCTTGT‑Ggggggggggtatt > 1:178821/1‑142 (MQ=255) aGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TAtct‑c < 1:798797/151‑1 (MQ=255) aGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TAtct‑c < 2:865173/151‑1 (MQ=255) ccGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGGGGGGTTGTTATCTTGT‑Ggggggggggtgt > 1:46546/1‑138 (MQ=255) cGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGTTAGTCATCGTTT‑GGCGGGGgt‑g‑tttttacgg > 2:1042671/1‑143 (MQ=255) tttCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGGGGGGGAGGGGGTTAGTCATCGGGT‑Gggggggggggttttcgg > 1:1021365/1‑135 (MQ=255) gcgcTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGTTAGTCATCGTGT‑GGCGGGGgt‑g‑tgtttccggggcaat > 1:292858/1‑136 (MQ=255) ggATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGaa < 2:807957/151‑1 (MQ=255) gATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGaaa < 1:793335/151‑1 (MQ=255) tGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGGGGGGGGTTGTTATTGTGTGGGGGGGGGG‑G‑TTTCT‑C‑GGGCAAAttttgtttgt > 1:571540/1‑143 (MQ=255) gTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTg < 1:182138/151‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCa < 1:225205/150‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCa < 2:369586/150‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGGGCGGGTTAGTCCTCGTGT‑GGCGGGGGT‑GTTTTTT‑C‑GGGGAAATTTTTTAAATTGTTcc > 1:301487/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGTTAGTCATCGTGT‑GGCGGGGGT‑T‑TATTTCC‑GGGGAAATTTTTTaa > 2:655957/1‑139 (MQ=255) cgGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGgcgc < 2:573748/151‑1 (MQ=255) ggCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGgcgcgc < 2:606975/151‑1 (MQ=255) gCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGGGAGCGGGTTAGTCATCGTGT‑GGGGGGGGTGG‑TTTCC‑C‑GGGAAATTTTTTGAAATGGGTCCCCgcgc > 2:318876/1‑145 (MQ=255) aaCTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGaaa < 1:611322/151‑1 (MQ=255) aaCTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGGGGGGGTTAGTCATCGTGT‑GGGGGGGGG‑G‑GATTT‑CTGGGCAAAATTTTGAAATTGGttcccgcccgcggg > 1:611736/1‑130 (MQ=255) ccAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGATACCCCGCAGCATc < 1:662757/146‑1 (MQ=255) gagTGATTTCGGCATTGCGTCTCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCtt < 1:731765/144‑1 (MQ=255) gCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATAcg < 1:655746/151‑1 (MQ=255) tGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGGTTGTTATCGTGT‑GGCGGGGGTGG‑TTTTC‑C‑GGGGGAATTTTTTAAATTGGTCCCCGGGGCCC‑GGTCTTGCAAAAAccccaccaac > 1:893628/1‑134 (MQ=255) tCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAAt < 2:1040394/150‑1 (MQ=255) tCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAAt < 2:935035/150‑1 (MQ=255) tGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGGTTAGTCATCGTGT‑GGCGGGGGT‑G‑TATTTCC‑GGGGAAATGTTTGAAA‑TGGGCCACCGCGCGC‑GGGCTT‑TGCAAAACCCCAGCAACCTTTTACGCGTAAAATAATggg‑gggcgg > 2:724256/1‑144 (MQ=255) gTTTATCTCCCACGATATGGCGGGGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGG‑GGCGATGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑TGCAGt < 1:1011842/147‑1 (MQ=255) ttATCTCCCACGATATGGCGGTGGGAGAGCGGGTTAGTCATCGTGT‑GGCGGGGGT‑G‑TATTTCC‑GGGGAAATGTTTAAAATTGG‑CCACCGCGCGC‑GGGCTT‑TGAAAAACCCCAGCATCCCTTTAAACGTAAAATACTggc‑ggggggttcg > 2:76508/1‑141 (MQ=255) cACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGGGTAGTCATCGTGTGGGGGGGGGG‑G‑TTTTC‑C‑GGGGAAATTTTTTAAA‑TGGTTCCCGGCGCGCGGGGCTT‑GGAAAACCCCCCCCACCCTTTTACCGGAAAATTATTGGG‑GGCGGTTCCgg > 1:29602/1‑143 (MQ=255) atatGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTTAAATTTGTCCACGGCGCGC‑GGGCTT‑CGAAAACCCCCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCGGGCGCTGAAcc > 1:351841/1‑148 (MQ=255) atatGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCGGTCGCTGAACCGTc < 2:551742/151‑1 (MQ=255) atatGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑CGGCCAATTTTTGAAAATGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCCCAGCATCCTTTTACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCGGGCGCTGAACCGTc > 2:609700/1‑151 (MQ=255) ggtAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTTCTGGC‑GGCAGTTCCGGTCGCTGAACCGTCCCGACAACg < 2:157565/150‑1 (MQ=255) ggtAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCGGTCGCTGAACCGTCCCGACAACg < 1:614811/150‑1 (MQ=255) agCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAAATGGTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCCGTCGCTGAACCGTACCGACAACCACCGc > 1:971380/1‑150 (MQ=255) ggATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCGGTCGCTGAACCGTCCCGACAACGACCGCAGCg < 2:292974/151‑1 (MQ=255) gATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑GATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGGCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGCGGGCGGTTCCGG‑CGCTGAACCCTCCCGACAACGaac > 1:319922/1‑142 (MQ=255) aTTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCGGTCGCTGAACCGTCCCGACAACGACCGCAGCgtg < 2:502426/151‑1 (MQ=255) | GAATCCAAAAGTGATCATTGCCGACGAAGCCGTTTCGGCGCTGGATGTTTCTATTCGCGGGCAGATTATCAACTTGTTGCTCGATCTCCAGCGTGATTTCGGCATTGCGTATCTGTTTATCTCCCACGATATGGCGGTGGTAGAGCGGATTAGTCATCGTGT‑GGCGGTGAT‑G‑TATCT‑C‑GGGCAAATTGTTGAAATTGGTCCACGGCGCGC‑GGTCTT‑CGAAAACCCGCAGCATCCTTATACGCGTAAATTACTGGC‑GGCAGTTCCGGTCGCTGAACCGTCCCGACAACGACCGCAGCGTG > NC_000913/868959‑869257 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |