| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,911 | 0 | G | A | 45.1% | 68.4 / 37.9 | 71 | intergenic (‑122/+199) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/6); new base A (0/32); total (33/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAT > NC_000913/2001766‑2002061 | ttCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGaaaa > 2:22245/1‑150 (MQ=255) tCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGaaaaa < 1:784261/150‑1 (MQ=255) cAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGaaaaaa > 2:751832/1‑150 (MQ=255) cGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑ccc > 1:514286/1‑151 (MQ=255) tGAATTCACGATAAACAGCCCTGCG‑TAAATGGGGTAACGGCCTTGATTTTCGGTTTCTGAAGGGTTTTTATTGGGCCGTTTGGGGGGGGAATGGGGGGGTTTTTT‑GGGGG‑TT‑CAGGGAAAAT‑TCAGGGAGGAAAAAA‑ACCCGCCGgggggg > 1:277429/1‑149 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGGGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCgg > 2:243482/1‑151 (MQ=255) atccaagaaaaaCGGCCTTGGTTTATATGAGTTATGGG‑CATGTTTTTCCTTTTCTGGGGGTTTTTTAAGGGGACATTTAGGGGGTAAAAGGGGGGTTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCggg < 2:520980/142‑1 (MQ=255) tCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCgggg > 1:452382/1‑150 (MQ=255) 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aGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCt > 2:392351/1‑151 (MQ=255) ccTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGa > 2:1021574/1‑150 (MQ=255) gTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 2:784888/1‑151 (MQ=255) ttATATGATTTAGCGG‑CATGATTATCCTTTTCGGCAGGGTTTTAAAGCGGACGATTAGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTG‑GGGGG‑TTACGGGTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAt < 2:927216/149‑1 (MQ=255) tatGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcgc > 2:990174/1‑151 (MQ=255) tatGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAATgcgc > 1:1064992/1‑151 (MQ=255) ggAGTTATGGG‑CATGGTTAAGCGTTTGTGTAGGGTTTTTAGTGTGGCGATTGGTGGGTGACATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGGGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCtt > 1:1104682/2‑151 (MQ=255) ttACCGG‑AATGATTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAACCGGACGATTAGTGGGTGAAATGGGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgc < 2:190966/143‑1 (MQ=255) tATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt > 1:163276/1‑151 (MQ=255) tATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt > 1:949269/1‑151 (MQ=255) aTCGG‑CATGTTTCTCCTTTTCTGCGGGTTTTTAAAGGGGACGATTAGGGGGTAAAAGGGGGTGTTTTTG‑GGGGT‑TTACAGGAAAATC‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt < 1:938439/150‑1 (MQ=255) g‑CATGTTTATCGTTTTCTGCGGGTTTTTAAATCGGACGTTTGGGGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTG‑GGGGG‑TTAAAGGAAAATT‑CCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGtt < 1:590752/147‑1 (MQ=255) cATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCgg > 2:919645/1‑151 (MQ=255) taTTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTATTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGAAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCgca > 2:1254811/2‑147 (MQ=255) tttcccttttCTGCAGGGTTTTAAAGCGGAAGTTGAGTGGGTGAAAGGAGGGGTT‑TTT‑GGGGG‑TTAAAAGTTAATTACCAGCAAAAAAAACA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc < 1:1236636/143‑1 (MQ=255) 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tttCGGCGGGGTTTTAAAGCGGACGATTAGGGGGTGAAATGGGGGGTTATTG‑GGGGG‑TTACAGGTAAATC‑CCGGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggcg < 2:441856/147‑1 (MQ=255) ttgtGCGGGGTTTTTAGGCGGAGGATTGGTGGGTGAAGTGGGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGTTAATTC‑CCGGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaaa < 2:358957/147‑1 (MQ=255) ggttttttAATCGGCCGATTAGGGGGTAAAATGAGGGTTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGAAAATC‑CCGGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 2:339609/148‑1 (MQ=255) ggtttttaAATGGGACGATT‑GGGGGTTAAAAGGGGGGTTTTTT‑GGGGGTTTACAGGAAAATC‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGc < 1:1135818/143‑1 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 2:1169603/1‑151 (MQ=255) 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ggACGTTTAGGGGGTAAAATGGGGGGTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGAAATTC‑CCAGCAAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaa < 1:57637/151‑1 (MQ=37) ggACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa > 1:603156/1‑150 (MQ=255) cGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaaa > 2:882191/1‑150 (MQ=255) gATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg > 2:323112/1‑151 (MQ=255) tAGGGGGTAAATGGAGGGGTTTTTT‑GGGGG‑TAAAGGGTAAATT‑CAAGAAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaaa < 1:679491/146‑1 (MQ=25) gTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCa > 1:648719/1‑150 (MQ=255) tGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCaa > 2:668319/1‑150 (MQ=255) gggTAAAATGAGGGTTTATTG‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAt < 2:452431/151‑1 (MQ=38) aaaggggggTTTTTTGGGGGG‑TAACAGG‑AAATT‑CCAGGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCa < 1:151991/144‑1 (MQ=25) aaTGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt > 1:296214/1‑150 (MQ=255) 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gggTTATTG‑GGGGG‑TTACAGGAAAATC‑CCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTg < 2:1076590/150‑1 (MQ=255) gtttATGT‑GGGGT‑TAAGAGTAAAATG‑CCAGCAAAAAAAACA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCa < 1:159606/149‑1 (MQ=21) gggt‑TTACAGGTAAATC‑CCGGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 1:220797/147‑1 (MQ=37) ggg‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCaa > 1:148665/1‑147 (MQ=255) ggg‑TTACAGGTAAATC‑CCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCaa < 2:148677/147‑1 (MQ=255) ttACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGt > 1:387697/1‑149 (MQ=255) aattt‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 2:277457/147‑1 (MQ=255) aaaTC‑CCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 2:215599/150‑1 (MQ=255) tt‑CCAGCCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag < 2:1023799/150‑1 (MQ=255) ccAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgc > 1:905187/1‑151 (MQ=255) 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TTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGG‑CATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAT > NC_000913/2001766‑2002061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |