Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 43.5% | 120.1 / 17.6 | 69 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/2); new base C (0/30); total (37/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTC > NC_000913/4378657‑4378950 | tCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accgcc > 2:357526/1‑151 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAAGCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accgcca < 2:76324/151‑1 (MQ=255) cAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accgccaccgc > 2:1109596/1‑151 (MQ=255) aTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accgcctccgc < 1:383717/149‑1 (MQ=255) aTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accgccaccgcc > 1:70434/1‑150 (MQ=255) gTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATAccc > 2:228093/1‑151 (MQ=255) cGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCgg > 2:629220/1‑151 (MQ=255) ccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCt > 2:73137/1‑151 (MQ=255) caAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCtt > 1:481372/1‑151 (MQ=255) aaGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCttt > 2:122590/1‑151 (MQ=255) aaGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCttt > 2:1116147/1‑151 (MQ=255) aaGCACGCAATTAATTTTTTTGCGGCCCAAACCAAACAAAAACACCTTTTGTTGGGTGAGGGGTTTTTTTTGGGCGATGCCCGCATACCCCAAGAAAAAGAAATAAGTTTTCCCC‑TAAAAAA‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCtt < 1:19060/150‑1 (MQ=255) cgcaaatAAATTTTTTGCTGACCAACCCTAACTAAAACAGCTTTTGCTGTGGGAGGGGCTTTTTTTGGGCGATGTCCGCATGGCCCCAGTTAAAGTAATAGGTTTTCCCC‑TAAAAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCtt < 2:413078/139‑1 (MQ=255) ccAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGct > 2:142588/1‑151 (MQ=255) aatttttttGCTGCCCGACCCTACCTAAAACACTTTTTGTTGTGTGACGGGTTTTTTTTTGGCGATGCCCGAATACCCCCAGGTAAATTAATAAGTTTTCCCC‑TAATAAA‑TT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct < 2:679005/143‑1 (MQ=255) aatttttttGCTGACCGACCCTAACAAAAAAAAGTTTTGTTGGGGGCCGGGCTGTTTTTGGGCGATGCCCGAATGCCCCCAGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCC‑TGAAAAA‑TT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCta < 2:743220/144‑1 (MQ=255) aaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtata > 2:883772/1‑150 (MQ=255) aaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtata > 1:228050/1‑150 (MQ=255) ttttGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCgg > 2:1083139/1‑151 (MQ=255) gCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGt > 1:183390/1‑150 (MQ=255) aCCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtg > 1:52398/1‑151 (MQ=255) ccaaaccaaccTAAAACACCTTTTGTTGTGGGCGGGTTTGTTTTTTGGCGATGTCCGCATACCCCAGGGAAAAGTAAAAAGTTTTCCCC‑TGATAAA‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtgt < 2:445298/148‑1 (MQ=255) ccaaaCCTAACAAAAACAATTTTGGCTGTGGGCGGGGCTTTTTTTGGGGGATTCCCGCATACCCCAAGAAAAAGTAATAGGTTTCCCCC‑TAAAAAA‑TT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAt < 2:524073/145‑1 (MQ=255) aacaaaaaCACCTTTTGTTGTGTGAGGGGTTTTTTTTTGGCGATGCCCGCATACCCCCAGAAAAAAAAATAGGGTTTCCCT‑TAAAAAA‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCg < 1:510097/141‑1 (MQ=255) aaCTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 1:104437/1‑150 (MQ=255) aaCTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 1:616825/1‑150 (MQ=255) aaCTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 2:822311/1‑150 (MQ=255) aCTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcac > 2:887472/1‑151 (MQ=255) tCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca > 2:1124904/1‑150 (MQ=255) aaaCACGGTTTGCTGTGGGCGGGCCTGTTTTTTGGCGATGCCCGCATGCCCCCAGTAAAAGTAATAAGTTTTCCCC‑TGATAAA‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat < 2:146956/150‑1 (MQ=255) aaaCACCTTTTGCTGGGTGAGGGGCTTTTTTTTGGCGTTGCCCGCAACCCCCCAGAAAAAGAAATAGGTTTTCCCT‑TAAAAAA‑TT‑CCCGCAACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat < 1:72915/150‑1 (MQ=255) aaaCAACGTTTGTTGTGTGACGGGTTTTTTTTTGGCGTTGCCCCCATACCCCGAGAAAAAGTAATAATTTTTCCCC‑TAAAAAA‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat < 1:324842/150‑1 (MQ=255) aaaCAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat > 1:953008/1‑150 (MQ=255) gcGTTTGCGGTGTGGGGGGTTTTTTTTGGGGGATGCCCGCATGCCCCCGGAAAAAGAAATAATTTTTCCCT‑TAATAAA‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCg < 1:357492/148‑1 (MQ=255) tttGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGCCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAt > 2:705251/1‑151 (MQ=255) tGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAttt > 2:1182917/1‑151 (MQ=255) tgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgg > 1:585699/1‑151 (MQ=255) gACGGGCTACTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAggg > 2:1575/1‑151 (MQ=255) gggTTGTTTTTGGGCGATGCCCGCATACCCCAAGGAAAAGAAAAAAGTTTTCCCC‑TAAAAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgggg < 2:1241212/149‑1 (MQ=255) gggTTGTTTTTGGGCGATCCCCCAATCCCCCAAGGAAAAG‑AAAAAGGTTTCCCCTTAATAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgca < 1:122583/151‑1 (MQ=255) tgctTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcagca > 1:160765/1‑150 (MQ=255) tgctTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGAAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcagc > 2:761155/1‑149 (MQ=255) tttttGGCGATGCCCGCATACCCCCAGGAAAAGAAATAGGTTTTCCCT‑TAAAAAA‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAt < 2:848971/150‑1 (MQ=255) ttttgGGCGATGCCCGCATACCCCCAGGAAAAGTAATAAGGTTTCCCT‑TAAAAAA‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCaa < 2:627493/148‑1 (MQ=255) ttGGCGTTGTCCGCATACCCCAAGGAAAAGAAAAAGGTTTTACCC‑TAATAAA‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtgtg < 2:925930/150‑1 (MQ=255) gCGATGCCCGAAGACCCCAAGGAAAAGAAAAAGGTTTTACCC‑TAAAAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGc < 2:1181474/151‑1 (MQ=255) gTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAag > 1:704702/1‑149 (MQ=255) gTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAag > 2:537545/1‑149 (MQ=255) ccGCATCCCCCCAGAAAAAGAAAAAAGTTTTCCCC‑TAAAAAA‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCaa < 2:70439/146‑1 (MQ=255) ccGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGc > 2:594319/1‑151 (MQ=255) ccGCATACCCCAAGGAAAAGTAATAGGTTTTCCCC‑TAAAAAA‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGc < 2:638472/151‑1 (MQ=255) ccGAATACCCCGAGAAAAAGAAAAAAGGTTTCCCC‑TAATAAT‑TT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGc < 2:104443/151‑1 (MQ=255) ccGAATACCCCCAGGAAAAGAAATAGGTTTTCCCC‑TAAAAAT‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAgg < 2:14604/150‑1 (MQ=255) cccatcccccaagaaaaaGAAATAAGGTTTCCCC‑TGATAAA‑TC‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCg < 1:629163/136‑1 (MQ=255) cGCATACCCCCA‑GAAAAATAAAAAGGTTTTCCCTTAAAAAA‑TT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAagag < 2:132212/148‑1 (MQ=255) cATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCgg > 1:564210/1‑150 (MQ=255) aaaccccaAGGAAAAGAAATAAGTTTTCCCT‑TAAAAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCgg < 2:841353/145‑1 (MQ=255) cccAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaatta > 2:362558/1‑150 (MQ=255) 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ttttCCCC‑TAAAAAA‑TT‑CCCCCCGCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgt < 1:491927/147‑1 (MQ=255) ttACCC‑AGAAAAA‑TTAACCTCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtcg < 2:1192829/149‑1 (MQ=255) ccgtGATAAA‑TC‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGttt < 2:183409/145‑1 (MQ=255) ccagagtAAA‑TT‑CCCCCCTCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGa < 1:791345/145‑1 (MQ=255) cc‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGa > 2:213646/1‑150 (MQ=255) aaaaa‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACa < 2:490222/147‑1 (MQ=255) tAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACAt > 2:512765/1‑149 (MQ=255) aaa‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAgg > 2:124380/1‑151 (MQ=255) aa‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAggg > 2:250492/1‑151 (MQ=255) a‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAggg > 1:24646/1‑150 (MQ=255) t‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTc > 2:532384/1‑150 (MQ=255) | TCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTC > NC_000913/4378657‑4378950 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |