Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,536,212 | 0 | T | A | 43.6% | 50.8 / 16.5 | 39 | intergenic (+181/+402) | yjhR/nanS | pseudogene, helicase family; putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/20); new base A (17/0); total (19/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCAGTA > NC_000913/4536062‑4536360 | gtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAAt < 2:508762/151‑1 (MQ=255) cATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCTCTTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTATGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaagcaa < 1:518936/151‑1 (MQ=255) cATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaagcaa < 2:376549/151‑1 (MQ=255) cATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaagcaa < 1:297614/151‑1 (MQ=255) tttACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCaataat < 1:30998/150‑1 (MQ=255) cAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGGCTTTTTGAATGAAAAAAAAAAAAAACAaaaatataa > 2:520673/1‑149 (MQ=255) aTGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATaataa‑t < 1:51733/151‑1 (MQ=255) ttttAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATaataa‑t < 1:416227/148‑1 (MQ=255) ttAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCTTTTTTGAATGAAAAAAAAAACAAACAAAAATAtaataa > 2:521476/1‑147 (MQ=255) aaGGCGACTTTCCGTTTTAATGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGTGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCt < 1:535020/151‑1 (MQ=255) aGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAAAGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCt > 2:397325/1‑150 (MQ=255) ccGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGa < 1:196128/151‑1 (MQ=255) ttttATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCTTTTTTGGATGAAAAAAAAAGCAAGCAATAATATAAAAA‑AAGCCCAATttttttt > 2:342314/1‑146 (MQ=255) tttATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCTTTTTTGAAAGAAAGAAAAAGAAAGAAATAAAATAATAA‑AGGGCCAATTTCTTTGGAca > 2:264918/1‑150 (MQ=255) tGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTTTGAATGAAAAAAAAAACAAAAAATAATATAATAA‑AAGCCCAATTTTTTTGTAcaata > 2:292621/1‑145 (MQ=255) gCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTTTGAATGAAAAAAAAAACAAACAATAATATAAAAA‑AAGCCTAATTTTTTTTTACATCATTTAGCata > 2:39786/1‑149 (MQ=255) tttCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGCCGCCTTTTTGAATTAAAAAAAAAGCAACCACAAATATCAAAA‑TCGCCCACTTTTTTTTAAcatctctaaa > 1:186816/1‑136 (MQ=255) ccTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATatcatcat < 2:52214/150‑1 (MQ=255) aTTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTGGAATGAAAGAAAAAAAAAGCAAAAATATAAAAA‑AGGGCTCAATTCTTTTTACATCATTAAGAATAACATCATCCTc > 2:247688/1‑150 (MQ=255) ttATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTTTGAATGAAAAAAAAAACAAGCAATAATATAATAA‑TTGCCTAATTTTTTTTTAAATCATTAAACATATCATCATCg > 2:61184/1‑147 (MQ=255) ataAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTaat < 1:30069/151‑3 (MQ=255) ataAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTAtt < 2:96663/151‑1 (MQ=255) taAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTTTTTTTTGGAAAGAAAAAAAAAGCAAACAATAAAATAATAA‑ATGGCTAATTTTTTTTTAAATCATTTAACAAATCATTATCCTCTAttt > 2:175536/1‑151 (MQ=255) aaaTCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTGGGATTAAAAAAAAAACAAACAAAAATATAATAA‑AGGGCTAATTTTTTTTAAAAACATTAAAAAAATCATCAATGTCTAtttt > 2:27942/1‑150 (MQ=255) tgtACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATAAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATcc < 1:510264/147‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAAt < 2:108018/151‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGGTTTTTTGAATGCAAGAAAAAGAAAGCAAAAAAAAAATAATTGGCCT‑ATTTTTTTGTAAATAAATTAACAAATCATCATCCTCTATTTGCCAGTAttcctggattcat > 1:652531/1‑136 (MQ=255) aTTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCTTTTTTGAATGAAAGAAAAAGCAAGCAAAAATATAATAA‑AAGGCTAATTTTTTTTAACAACATTAAACATATCATCATCGTCTATTTTTCAGAATACGTCGACTTATaa > 2:457807/1‑150 (MQ=255) ccTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTGGGATGAAAGAAAAAACAAGCCAAAATATAAAAA‑ATGCCTAATTTTTTTTAAAATCATTAAACATATCATCATCGTCTATTTTCCCGAAACCGTCCACTTATAAttacc > 2:446232/1‑146 (MQ=255) tAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCGTTTTTGAATGAAAAAAAAAACAAGCAAAAAAATAATAA‑AAGGCTAATTTTTTTGAAAATCATTAAACAAATAATCATCGTCTATTTGCCAGAAACCGTTGCCTTATAAAAACCAGaaa > 1:21646/1‑146 (MQ=255) aTGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTTGAATTAAAAAAAAAGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCCAATTTTTTTTAACATCATTTATAATATCATCATCGTCTATTTTTCCGAATCCGTCGCCTTATAAACACCACAAAgg > 2:674274/1‑147 (MQ=255) gcgcCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCatat < 2:196613/150‑1 (MQ=255) cgcCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCa < 2:367813/151‑1 (MQ=255) gCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCtgt < 1:342232/151‑1 (MQ=255) aGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGccc > 2:281695/1‑150 (MQ=255) aGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCa < 1:144273/151‑1 (MQ=255) agaaaATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTCAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTcc < 1:471498/151‑1 (MQ=255) gaaaATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTcc > 2:17638/1‑150 (MQ=255) aaaaTGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCa < 1:39785/150‑1 (MQ=255) aaTGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCAGTa < 2:289178/151‑1 (MQ=255) | GTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAA‑TGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCAGTA > NC_000913/4536062‑4536360 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |