Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 307,821 | 0 | G | T | 46.2% | 41.7 / 20.9 | 39 | Y504* (TAC→TAA) | ecpC | ECP production outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/17); new base T (18/0); total (22/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCGATATATTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGT > NC_000913/307671‑307971 | agCGATATATTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGTCCCGCAGGCCAAGCGAACCTAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTg < 2:518577/151‑1 (MQ=255) gCGATATATTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGt < 1:390077/151‑1 (MQ=255) tatatTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCTGTCATCATTGTa < 1:150432/148‑1 (MQ=255) ccTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAACACCGGCCCGCAGTCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGACGGTCATCATTGTAGCt < 1:22510/143‑1 (MQ=255) cTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCCTTTTAgacggtggtg > 2:640699/1‑140 (MQ=255) ttGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATACTTTTAGcgggtg > 1:179264/1‑136 (MQ=255) gCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTc < 1:548166/151‑1 (MQ=255) cGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGGCATCATTTTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCtttcacc > 2:385285/1‑145 (MQ=255) ccGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGGTGGTGGTGGATGTGGCCAGCTTTGACcac > 2:140360/1‑150 (MQ=255) cGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCGTCATTTTAGCTGATGGTTAATGCGccccggcttggacac > 1:654204/1‑137 (MQ=255) ataGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCCTTTTAGCTGATTGTTAATTGGTCCAGCCTCGACcccaagggggtt > 2:668224/1‑143 (MQ=255) aaTACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGa < 1:560040/149‑1 (MQ=255) aaTACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCCTCGACCACAGTGAGTTCAGGGTGAg > 2:57536/1‑150 (MQ=255) aCCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGGGCTCATTTTTGCTGATTCTGAAAGTGGCCCCCCTCCACCCCACTGAggtttaggtgagt > 1:250318/1‑136 (MQ=255) gCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGtt < 2:195697/151‑1 (MQ=255) cGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTATCCGATGCTGGATGGGCCCCGCCTTGACCCCAATGGGTTCAGGGTTGGGGTGGCGCCGGTTGCAccg > 2:620814/1‑146 (MQ=255) aaCCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCTGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGATTGt < 1:718538/150‑1 (MQ=255) aGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATc < 2:241735/151‑1 (MQ=255) 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aGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAAt < 2:483941/151‑1 (MQ=255) aTCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCCTTTTAGCTGGAGCTTAATGTGCCCAGCCTCGACCACAATGAGGTCAGGGTGAGGGTGCCCCCCATTGCACGGGTGTCGGCATCCCTACGTCGCAATTTATTGCCAATGCgg > 2:621035/1‑151 (MQ=255) tCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCGTCAATGTTGCTGAGGGGGAATGTGCCCCCCATCTACCACAGAGAGGTCAAGGTGAGGGGGGCGCCGGGTTGACGGTTGTTGGCCTTGCCACGACGCCAATGAATGTCAATACggg > 2:336980/1‑151 (MQ=255) gCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCgg < 2:661247/147‑1 (MQ=255) cGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCCTTTTAGCTGATGCTGAATGTGCCCCGCTTCGACCACAATGAGGTCAGGGTGAGGGTGCCGCCGGTTGCACGGGTGTTGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGgtttt > 2:415152/1‑151 (MQ=255) cGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCTGATGCTGAAAGTGCCCCGCCTCGACCACAGTGAGGTCAGGGTGAGGGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCCATGCGGGgtttt > 2:711234/1‑151 (MQ=255) cGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGttttt < 2:371421/151‑1 (MQ=255) cGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGttttt < 1:627187/151‑1 (MQ=255) ataatGGCTGTTGTAACGGCGGTCAACCTTTTTGCTGGTGCTTAAAGTGCCCCGCCTTGACCACCGGGAGGTCAGGGTGAGTTGGCCGCCCATTGTACGGGTTGCGGGCTCCCTACCGCGCCAATGATTTGCACTGCGGGgttttt > 1:513923/1‑146 (MQ=255) atGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTa < 2:348073/151‑1 (MQ=255) tgtAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCcaca < 2:446811/150‑1 (MQ=255) gTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTaaa < 1:513090/150‑1 (MQ=255) gTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCgg > 2:102776/1‑150 (MQ=255) gTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCgg < 2:40032/150‑1 (MQ=255) gTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGt < 1:140324/151‑1 (MQ=255) | AGCGATATATTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGT > NC_000913/307671‑307971 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |