| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,911 | 0 | G | A | 40.0% | 46.1 / 19.1 | 41 | intergenic (‑122/+199) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/3); new base A (0/16); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGC > NC_000913/2001763‑2002059 | acCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAGa > 2:658576/1‑150 (MQ=255) ccTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAGaaa < 1:302448/151‑1 (MQ=255) ataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAGAAAAAAACCccgcc > 2:15791/1‑151 (MQ=255) ataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAGAAAAAAACCccgcc > 1:145093/1‑151 (MQ=255) agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAGAAAAAAACCCCGCCGGTg > 2:346284/1‑151 (MQ=255) gAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCg > 2:401547/1‑151 (MQ=255) aaaaaCGGCCCTGCTTTATATGAGTTAGCGGCATGTTTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAAGCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGTTTATTGGGGGGTTAAAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCa < 2:477292/148‑1 (MQ=255) aaacgccctggctttATATGATTTATCGGGATGTTTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTAAATCTGACGTTTAGTGGGTAAAAGGAGGGGTTATTGGGGGGTTAAAGG‑AAATT‑CCC‑GGACAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc < 1:516297/136‑1 (MQ=255) 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ggggtttaaagaaaaTT‑CCCGGG‑CAAAAAAACCCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAAt < 1:360697/133‑1 (MQ=25) ggggTTACAGGTAAATC‑CCA‑GG‑AAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACtt < 2:481829/151‑1 (MQ=255) ggttaaaaGGAAAATC‑CCA‑GG‑AAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 1:553801/144‑1 (MQ=25) gtttACAGGAAAATT‑CCG‑GG‑CAAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGt < 2:320318/149‑1 (MQ=255) ttACAGGTAAATT‑CCA‑GG‑CAGAAAAAAACCCCGCCGGAGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGAGCTTTATGTTGCCGGAAGCGGCGCAAACGCCTTATCCGGCCTGCAAAAATGTGCAAATTGAATAAATTGCAATTCAAc > 1:520384/1‑145 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |