Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,363,421 | 0 | T | C | 44.2% | 50.7 / 10.9 | 43 | G71G (GGA→GGG) | yfaY | inactive PncC family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/6); new base C (0/19); total (18/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCCGCTTGTTTACGGTTGCTCGGTGCCATTACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGAAAAAATCGGCCAGCCAGG > NC_000913/2363275‑2363563 | tCCGCTTGTTTACGGTTGCTCGGTGCCATTACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑ccc > 1:401161/1‑150 (MQ=255) tACGGTTGCTCGGTGCCATTACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGtt > 2:236497/1‑151 (MQ=255) aCGGTTGCTCGGTGCCATTACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGtt > 1:868308/1‑150 (MQ=255) cGGTTGCTCGGTGCCATTACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTa > 1:648956/1‑150 (MQ=255) ccATTACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATc > 1:37266/1‑151 (MQ=255) ttccTCGTCCACGTTCGTGAAAATGGCGTTCCTTCTTTTGGAGCCGGGCTTCATGCACCACCAGCCCTCCACTTTTTGCTGTCGCGGCGGCGAGTGCGTTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATc < 1:404492/145‑1 (MQ=255) cccGTCCACGTTCGTGAAAATAGCTTTCCATCTTTTTGAGCCAGGCTTCATGCACCACCAGGCCTTCCCCTTTTGCTGTCGCGGGGGCGAGGGCGATAAAAT‑CACCGCTGGCCGGC‑CCCGGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTg < 2:678404/149‑1 (MQ=255) cGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCt > 2:147019/1‑151 (MQ=255) ttCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGt > 2:54300/1‑151 (MQ=255) gggaaaaTAGCGTCCCTTCTTTGGGGGCCAGGTTTCAGCCAGCCCCGGCCCTTCCCTTTTTGCTGTCGCGGGGGCGGGTGCGCTAAAAC‑CGCCGGTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTa < 1:12967/141‑1 (MQ=255) gTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTc > 2:615605/1‑150 (MQ=255) ggAAATAGCTTTCCATCTCTTGGAGCCAGGCTTCATGCACCACCAGGCCTTCCCCTTTTGCTGTCGCGGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTc < 2:816018/148‑1 (MQ=255) aaaTAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCACCCCCAGCCCTTCACTTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGTTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTcgcg < 2:541886/149‑1 (MQ=255) aatggcttcccATCTTTTGGCGCCGGGCTTCATGCACCACCGGCCCTCCCCCTTGTGCGGCGGCGGGGGGGGGTCCGTTAAAAT‑CACCGCGGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCgaag < 1:308415/142‑1 (MQ=255) aatggcttcccACCTCTTTGGCCCAGTTTCCACCCAGCCCCGGGCCTCCCCCTTTGGCTGTCGCGGGGGCGTGTGTTTTTAATT‑CACCGCGGGCCGTC‑CCCACCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCgaag < 1:336320/142‑1 (MQ=255) gTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATg > 1:707652/1‑149 (MQ=255) aTCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGAc > 2:753614/1‑149 (MQ=255) tctcTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTa > 1:763048/1‑150 (MQ=255) aGCAAGGTTCCACGCAGCACCAGCCCTTCCCCTTTTGCTGTCACGGCGGCGAGTGCCCTTAAAT‑CATCGCGGGTCGGC‑CCCGGACCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTa < 2:649291/142‑1 (MQ=255) ccgatctttCAGGCACCCCCAGGCCTTCCCTTTTTGCTGCCGCAGCGGCGAGTGCGCTAAAAT‑CATCGCTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGtcatca < 1:314425/142‑1 (MQ=255) cctgccTTCACGCAGCCCCAGTCCTTCACCTTTTCCTGGCCCAGCGGCGAGGGCGCTAAAAT‑CCTCGCCGTCCGTC‑CCCTGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGtc < 1:671149/139‑1 (MQ=255) ttaaTGCACCCCCAGCCCTTCCCTTTTGGCTGTCGCGGCGGGGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTAt < 2:320487/146‑1 (MQ=255) ttCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGtcatca > 2:314472/1‑142 (MQ=255) ttCATGCAGCACCAGCCCTTCCCTTTTTGCTGCCGCAGCGGCGAGGGCGCTAAAAT‑CATCGCTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTa < 1:436648/148‑1 (MQ=255) ttCAGGCAGCACCAGGCCTTCCCCTTTTGCGGTCGCGGGGGCGGGTGCGCTTAAAT‑CTGCGCGGGTGGGT‑CCCACCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTAt < 2:487584/149‑1 (MQ=255) ccccAGGCCTTCCCTTTTTGCTGTCGCGGGGGAGATTCCGTTTAACC‑CTTCGCGGGTCGGC‑CCCACCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTAt < 1:92617/138‑1 (MQ=255) acccggcccTCCACTTTGTGCTTGCGCAGCGGCGAGTGCGATAAATC‑CTTCGCGGTTGGCT‑CCAAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGt < 2:130744/143‑1 (MQ=255) ccAGCCCTCCCCTTTTGGCTGCCGCGGGGGGGAGTGCCATAAAAT‑CCCCGGGGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTAtt < 1:259189/151‑1 (MQ=255) ccTTCCCTTTTTGCTGCCGCAGGGGCGAGTGCGCTAAAAT‑CACCGCTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTAtt < 2:486361/146‑1 (MQ=255) cTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTgcggcg > 1:2347/1‑151 (MQ=255) ttCCCCTTTTGCTGTCGCGGCGGCGAGTGCTCTTAAAC‑CATCGCTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTgc < 2:754436/146‑1 (MQ=255) tCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTgcggcg > 1:155954/1‑149 (MQ=255) ttttGCTGTCGCGGGGGCGAGTGCCCTAAAAT‑CATCGC‑GGTCCGTCCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCgaga < 1:194773/147‑1 (MQ=255) tttGCTGTCGCGGCGGGGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAAt < 2:380470/150‑1 (MQ=255) tGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGGCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATgg > 1:377944/1‑150 (MQ=255) aGCGGCGAGTGGGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTTACGATCAGCACATCGGCGTGGTGACTACCTTTGCGAAAAATGGTGACTAAGGCATTAAGGGTATTCCCCACCGGATTGGGGCGAGATAAATGCAACCCCtg > 1:456843/1‑150 (MQ=255) tgcgttAAATCCACCGCTGCTCGCC‑CCCCCCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATgaaag < 1:77827/144‑1 (MQ=255) cgtttAAAT‑CATCGGTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGaaaaa < 2:189655/148‑1 (MQ=255) cgcTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGaaaa > 2:126506/1‑150 (MQ=255) tAACT‑CATCGCTGGTCGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGAAAAAATc < 2:734965/150‑1 (MQ=255) aaaacctcGCGGGTGGGC‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATgaaagaa < 1:826939/137‑1 (MQ=255) catcGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGAAAAAATCGgcca < 2:150431/150‑1 (MQ=255) gcgggccggc‑cCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGAAAAAATCGgccagcca < 1:648591/144‑1 (MQ=255) cTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGAAAAAATCGGCCAGCCAgg > 2:23492/1‑151 (MQ=255) | TCCGCTTGTTTACGGTTGCTCGGTGCCATTACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAAT‑CATCGCTGGTCGGT‑CCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGAAAAAATCGGCCAGCCAGG > NC_000913/2363275‑2363563 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |