Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,350,844 | 0 | A | C | 45.6% | 86.8 / 18.1 | 57 | L728V (TTA→GTA) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/4); new base C (0/26); total (27/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGG > NC_000913/3350701‑3350978 | ggCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTGCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACt < 2:851748/151‑1 (MQ=255) acccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgccg > 2:402693/1‑151 (MQ=255) cTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCttt > 1:597846/1‑151 (MQ=255) cAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAtt > 1:784430/1‑151 (MQ=255) aCTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt > 1:707433/1‑151 (MQ=255) aCTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt > 2:388290/1‑151 (MQ=255) ttCTACGTCGTGCCCCCCCTCTTCTTTCATCTCTTCAACCCATCCCCCGCCTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGATTTTGCTGCCCC‑AGTTTTTGCAGATGCCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt < 1:358961/149‑1 (MQ=255) aCGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt > 1:359814/1‑151 (MQ=255) cgtcgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTCAAACCCATCCCCCGACGTTATCTCCCCAGGCGGGAAGGTCAGGAGACTAAATTGGCTGCCCC‑AGTTGTTGAAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc < 2:204441/151‑1 (MQ=255) gtcgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc > 1:814445/1‑151 (MQ=255) gtcgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc > 1:814431/1‑151 (MQ=255) tcgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTCAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct > 2:321383/1‑151 (MQ=255) gtGACCCCCCTCTTTTTTCATCTCTTCAACCCATCCCCCGCCGTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct < 2:187836/149‑1 (MQ=255) tGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTca > 1:208182/1‑150 (MQ=255) cccccctctTCTTCCATCTCTTAAACCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGATTTTGCGGCCCC‑ATTTGTTGAAGATGGCATACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaacaa < 1:717187/146‑1 (MQ=255) ccccctctTTTTTCATCTTTTCAATCCATTCCCCGACTTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGATTTTGCTGCCCC‑AGTTGTTGAAGATGGCGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt < 1:316948/147‑1 (MQ=255) cctctctTCTTTCATCTCTGCAATCCATCCCCCGAGTTTATCCCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGATTAATTTTCCTACCCC‑ATTTGTTGGAGATGGCATACCCCCACAGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt < 2:158235/147‑1 (MQ=255) cccttcttctTTCACCTCTACAACCAATCCCCCACCTTTATCTCCCCAGGCGGGAAGGTGAGGAGACTAATTTTGCTGACCT‑AGTTGTTGCAGAGGGCATACCCCCACGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATg < 1:366559/147‑1 (MQ=255) cccctctTCTTTAATCTCTCCAACCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCGGGCGGGAAGGTCGGGAGACTAAATTTGCTGACCC‑GCCTGTTGCAGAGGGCGTACCCCCCCTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTca < 2:380875/142‑1 (MQ=255) ttcttTCATCTCTTCAACCCATTCCCCGCCTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTAAATTTGCTCCCCA‑AGTTTTTGCAGATGGCGTACCCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttt < 1:406783/150‑1 (MQ=255) ctctCCAACCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAGGGTCAGGAGACTAAATTTGCTGCCCC‑AGTTGTTGCAGATGCCGAACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATcc < 2:589672/148‑1 (MQ=255) ctcaaacccATTCCCCGACGTTATCTCCCCGGGCCGGAAGGTCAGGAGACTCAATTTGCTCACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTCACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTgc < 1:321338/142‑1 (MQ=255) ctTCACCCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGCCGGGAAGTTCAGGAGACTGATTTTCCTCACCC‑TTCTGTTGCAGTGGGCTTAACCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTAt < 1:455618/144‑1 (MQ=255) ctTAAACCCATCCACCGACGTTTTCTTCCCAGGCGGAAAGGTCAGGAGCTTGATTTTGCTGACCC‑AGTTGTTGAATGTGGCGAACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt < 2:775446/147‑1 (MQ=255) aacccATCCCCCGCCTTTTTCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTg < 2:329860/141‑1 (MQ=255) aaTCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTc > 1:710202/1‑151 (MQ=255) aaTCCATCCCCCGACGTTTTCTCCCCAGGCGGGAAGGTCAGGAGACTGATTTTGCTGCCCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGcc < 2:749972/148‑1 (MQ=255) ccATCCCCCGACGTTATCTCCCCGGGCGGGAAGGTAAGGAGACTGATTTTGCTGCCCC‑AGCTTTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGt < 2:176372/147‑1 (MQ=255) aTTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGAtt > 1:593425/1‑151 (MQ=255) aTTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGAtt > 2:704060/1‑151 (MQ=255) ccccgcctttATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTAAATTTGCTGCCCC‑AGTTTTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGa < 2:177756/138‑1 (MQ=255) ccccGACTTTATCTCCCCAGGCGGGAAGGTCGGGAAACTAAATTCGCCACCCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGAACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGa < 2:452812/144‑1 (MQ=255) ccccGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTCACCC‑AGTTGTTGAAGATGGCGTAACCCCCCGCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg < 1:47640/148‑1 (MQ=255) aCCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGAc > 2:526526/1‑151 (MQ=255) ccGGCGTTTTCTCCCCGGGCCGGAAGGTCAGAAAACTAATTTGGCTCCCCT‑AGCTTTTCAGGATGGTGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGAc < 2:637857/150‑1 (MQ=255) gACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTcc > 1:179473/1‑151 (MQ=255) gACGTTATCTCCCCAGGCGGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCC‑AGTTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTc < 2:483999/150‑1 (MQ=255) gTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGc > 2:145401/1‑151 (MQ=255) tATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCAc > 2:480644/1‑151 (MQ=255) ccAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGAc > 1:523185/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACAt > 2:380832/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACAt > 2:79295/1‑150 (MQ=255) gcgcGGAAGGCCAGGACACT‑AATTTGCTTCCCCAAGTTTTTGCAAGTGGCTTACCCCCCTCCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACAt < 1:155335/146‑1 (MQ=255) ccGGAAGGTCGGGAGACTGATTTTGCTGCCCC‑AGTTGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATa < 2:623400/148‑1 (MQ=255) ccGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACACTGACATAGcc > 2:344160/1‑151 (MQ=255) aaGGTCAGGAGTCTGAATTGGCTGCCCC‑ATCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCgg < 1:371127/150‑1 (MQ=255) aGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGc > 2:224779/1‑150 (MQ=255) gTCAGGAGACGGATTTTCCTGCCCC‑TGTTTTTGCAGATGGCCTACCCCCCCGCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGc < 1:567921/148‑1 (MQ=255) cAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGcatcat > 2:87837/1‑151 (MQ=255) gagaCTGATTTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGAGGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCAtctt < 2:870259/151‑1 (MQ=255) gAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCaa > 2:549749/1‑150 (MQ=255) attttGCTGCCCC‑AGTTGTTGCAGATGGCATACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCa < 1:622702/146‑1 (MQ=255) tGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCg > 2:590360/1‑151 (MQ=255) tGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCt > 2:874320/1‑150 (MQ=255) ccc‑AGCTGTTGCAGAGGGCGAACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTaa < 1:310633/149‑1 (MQ=255) tGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCgg > 1:626888/1‑151 (MQ=255) tGTTGCAGAGGGCATACCCCCCCGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCC‑TTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCg < 1:425239/149‑1 (MQ=255) | GGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCC‑AGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGG > NC_000913/3350701‑3350978 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |