Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 32,653 | 0 | T | C | 43.1% | 68.5 / 15.9 | 51 | S613P (TCC→CCC) | carB | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/6); new base C (0/22); total (23/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTACGGCGGTCAGACCCCGCTGAAACTGGCGCGCGCGCTGGAAGCTGCTGGCGTACCGG > NC_000913/32505‑32797 | ggTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAGCCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTcc < 2:37359/151‑1 (MQ=255) gCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGa < 1:421420/150‑1 (MQ=255) cggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTAc > 1:703753/1‑151 (MQ=255) ggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACt > 1:443860/1‑151 (MQ=255) ccGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCg > 2:400156/1‑151 (MQ=255) aaCCGTACCGGTCAGGGTATCAAATTCGATTTCTGTTGCGTCCCCGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGTTTAACTGTACCCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACCCTCCCGACCGCCTCTACTTCGAg < 1:608147/150‑1 (MQ=255) gtacgggTCGGGTTATCAAATTCGACTATTGTGGCGAACCCGCCTGGCGGGCGCGGCGGGAAGCCGGTAACAAACCCATTATGTTTACCTGT‑ACCCGGAAACCC‑GCCCCCCCCGACTACAACCCTCCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGt < 1:601928/146‑1 (MQ=255) tATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGt > 1:630214/1‑150 (MQ=255) ggTCGGGGTTTGGAATCCGCCTTCTGTGGCGTCCTCACCGCGGTGGCGCTGCGCGAAGAGGGTTAGGAAACCTTTGTGTTAAACTATAACCCGAAAC‑CC‑CTCCCCCCCGACCCCGCCACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAAc < 2:924902/149‑1 (MQ=255) ggTCGGGGTATCGATTTCGCCTATTGTGGCGTCCCCGCCTCGCTGGCGCTGCGGGAAGCCGGTTACGAACCCTTTATGTTTAACTGTACCCCGAAAC‑CC‑GTCCCCCCCGACTACGACACTCCGGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTa < 2:334351/147‑1 (MQ=255) taggggTATCAATTCCCACTTCTGTTGCGTCCCCCCCTGGCTGGCGCTGCGCGAAGCCGGTTCCGAACCAATAATGTTTATCTGTAACCCGAAAC‑CC‑GCCCCCCCCGATTCCGACCTTCCCGCCCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAAct < 1:44825/145‑1 (MQ=255) tCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTg > 2:318718/1‑151 (MQ=255) aGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTgg > 1:334559/1‑150 (MQ=255) ggTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGa > 2:661162/1‑149 (MQ=255) attccGACTCCGGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTAACGAAACCTTTATGTTAAACTGTACCCCGGAAC‑CC‑GTCCCCACCGACTACGACACTCCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGa < 1:339697/141‑1 (MQ=255) aaTTCGACTATTGTTGCGTCCACGCCTCGCTGGCGCGGCGCGAAGCGGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGT‑ACCCGGAAACCC‑GTCTCCCCCGACTACGCCCCTCCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGAtgt < 2:123717/148‑1 (MQ=255) ttCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTgg > 2:335203/1‑151 (MQ=255) tcttGTTGCGTACCCGCCCCGCTGGCGCGGCGCGAAGCCGTTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTACCCCGAAAA‑CC‑GTCTCCACCGTCTACGACCCTCCCGCCCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGa < 2:104016/143‑1 (MQ=255) actGTTGCGTCCACCCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGTTTACAAAACCATTATGTTTAACTGAACCCCGAAAA‑CC‑CTCCCCACCGACTACGACCCTCCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTgg < 1:166586/144‑1 (MQ=255) ctGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTg > 2:113692/1‑151 (MQ=255) ttGCGTACACGCCTCGCTGGCGCGGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTACCCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACCCTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCg < 2:440255/146‑1 (MQ=255) gTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCg > 1:42964/1‑151 (MQ=255) ccTCGCTGGCGCGGCGCAAAGACGTTTACAAACCCATTATGTTTAACTGAACCCCGAAAC‑CC‑GTCCCCCCCGACTACGACCCTCCGGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGcc < 1:335176/151‑1 (MQ=255) ccTCGCGGGCGCTGCGCGAAGACGTTTACAAAACCTTTATGGTTACCTG‑AACCCCGAAA‑CCGGCCCCCCCCGACTACGACCTTCCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCg < 1:94433/144‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCg > 1:679972/1‑150 (MQ=255) cGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGa > 2:47816/1‑150 (MQ=255) ggtGGCGCGGCGCGAAGAGGGTTACGAACCCTTTAGGGTTACCTGTACCCGGAAAA‑CC‑GTCCCCACCGACTACGACCCTCCGGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCgaga < 1:417834/141‑1 (MQ=255) tGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGCGCGTATCGAGAAGCCGAAAgg > 2:62440/1‑151 (MQ=255) ggCGCTGCGCAAAGCCGTTTACAAACCCATTATTGTTACCTGTACCCCGAAAC‑CC‑GTCTCCCCCGACTACGACCCTCCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAgg < 2:586362/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGCGGGAAGACTGTTACAAAGCCATTATGTTTAACTGAAGCCGGGAAA‑CC‑ATCCCCACCATCTACTCCCCTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGaaa < 2:640810/148‑1 (MQ=255) gcgAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGt > 1:954513/1‑151 (MQ=255) aaGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTcc > 1:447616/1‑150 (MQ=255) atccgtttACAAAACCTTTATGGTTCATTGTACCCAGGAAT‑CC‑GCCTCCCCGGACCCCGCCCCTCCCAACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAg < 1:623308/145‑1 (MQ=255) cGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTAc > 2:701318/1‑151 (MQ=255) cGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTAc > 2:624326/1‑151 (MQ=255) tttACGAACCCTTTATGTTTAACTTTACCCCGAAAC‑CC‑TTCCCCCCCGACTCCGACCCTCCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTAc < 1:204525/148‑1 (MQ=255) ttACAAAACCTTTAGGGTAAACTGAACCCCGGAAA‑CC‑GTCCCCCCCGATTACGACTCTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTAc < 2:155912/148‑1 (MQ=255) tACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTAcggcg > 1:484688/1‑151 (MQ=255) 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cccccccGACTACGACCCTCCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTACGGCGGTCAGACCCCGCTGAAACTGGCGCGCGCGCTGGAAgct < 2:630267/146‑1 (MQ=255) cACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTACGGCGGTCAGACCCCGCTGAAACTGGCGCGCCCGCTGGAAgctg > 1:657533/1‑149 (MQ=255) gACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTACGGCGGTCAGACCCCGCTGAAACTGGCGCCCGCGCTGGAAGCTGCTGGCGTACCgg > 2:263509/1‑151 (MQ=255) | GGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAA‑CC‑GTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTACGGCGGTCAGACCCCGCTGAAACTGGCGCGCGCGCTGGAAGCTGCTGGCGTACCGG > NC_000913/32505‑32797 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |