Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,258,974 | 0 | T | G | 52.2% | 49.4 / 69.6 | 47 | G411G (GGT→GGG) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/14); new base G (24/0); total (33/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.12e-07 |
AACCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTG > NC_000913/4258824‑4259120 | aaCCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGt < 1:938310/151‑1 (MQ=255) cccAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGttt < 2:777754/151‑1 (MQ=255) tCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCG‑CCCCCGGgttt > 1:409160/1‑145 (MQ=255) cagcTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGc < 1:257543/151‑1 (MQ=255) tgACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGGGGCCC‑CCCCCTGGTTTATGCTGAATCTCCTTACg > 1:435760/1‑151 (MQ=255) aCCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCG‑CCGCAGGGTTTGCGCGGGCGCTCCTTACGc > 1:409089/1‑150 (MQ=255) ccGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCCGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGc > 2:935003/1‑149 (MQ=255) gCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCCCAGGGTTTGCGCCGACGCACCTTACGCTGcc > 1:519864/1‑151 (MQ=255) atcttatctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCG‑CCGCCGGGTTTGCGCTGGCGCTCCTTACGCTGcc > 2:724592/1‑148 (MQ=255) tatctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCt < 1:950617/150‑1 (MQ=255) atctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGcccggggtgg > 2:833824/1‑143 (MQ=255) ctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCC‑CCCCAGGCTTTTGGCGGACGCGCCTTACGCCGCCGGGGCTggg > 2:350253/1‑150 (MQ=255) ggTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCAt > 2:71708/1‑151 (MQ=255) tttGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCttt < 1:923004/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCGCCCCCGGGTTTTTCG‑TGACGCTCCTTTCGCTGCCCCGGGTGGGGAATCCTGttt > 1:317201/1‑146 (MQ=255) gCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCACAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGt‑gg < 2:565968/151‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGGTGGGGAATCATGCTTtgt > 1:720324/1‑147 (MQ=255) ggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCa < 1:328571/151‑1 (MQ=255) gtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCG‑CCGCCGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGGTGGGTAATCATGCTTTGt‑ggctgggct > 2:19342/1‑148 (MQ=255) tgTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCCTACGCTGCCGTGGGTGGGGAATCATGCTTTTT‑GGCGGGGATTAAcc > 2:380306/2‑151 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCCTACGCTGCCGTGGCCGGGGAATCATGCTTTGT‑GGTTGGCAtt > 2:754726/1‑147 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCG‑CCCCCGGGGTTGCGCTGACGCCCCTTTCGCTGCCGGGGGCGGGGGAACATACTTTTG‑GGCCGGGGTTAACCGCCttt > 1:344931/1‑144 (MQ=255) tgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTTCGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATTCTTTGT‑GGCTGGCATTTAACCTCTTTTTTGCGt > 1:205668/1‑150 (MQ=255) tgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAAACATTCTTTTT‑GGGTGGCCTTAACCGTCTTTCTGGCGtt > 1:289804/1‑148 (MQ=255) ggACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCC‑CCGCAGGTTTTTCGCTGACGCCCCTTATGCCGCCGTGGCTGGGGAATTATGCTTTGT‑GGGTGGCCTTTAACGGCTTTTTTGCGtt > 2:426406/1‑147 (MQ=255) gACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGcgcg < 2:697777/151‑1 (MQ=255) gCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGGGCTGAAGCCCCTTACGCCGCCGGGGCTGGGGAATCATGCTTTGT‑GGCTGGGGTTAAACCGCTTTTTTGCGTTTGGCggg > 1:372400/1‑149 (MQ=255) aTGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGGCGCTCCTTACCCTGCCGGGGCTGGGGAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCGTTAAACGTCCTTCTGGGGGTGCGCGGGGttt > 2:336024/1‑151 (MQ=255) gTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGACGCCCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtct > 2:320396/1‑151 (MQ=255) taGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGGCG‑CCGCAGGGTTTTCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGGGGCGGGGGAATCATGCTTTTT‑GGGCGGGATTAAACGGCTTTCTTGCGTTGTGCGGGGTTTttc‑ttgg > 1:664262/1‑148 (MQ=255) gcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTa < 2:48472/151‑1 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTggcg < 1:121799/151‑1 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTtgcg > 2:661305/1‑151 (MQ=255) gCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTTGGCG‑CCGCACGGTTTTCTCTTACGCTTCTTTTGCCGCCGTGGCTTGGTATAGCTTCTTTGT‑GGCTGGTTTTAAACCGCTTTCTTGGGGTGCGGCGGCGTTCTC‑TTGCGGGGATCt > 2:473462/1‑145 (MQ=255) cACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGt < 1:19064/151‑1 (MQ=255) cGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCAc < 2:518251/151‑1 (MQ=255) cGAAATGCGTAACAGTATGGCGGGGGGCG‑CCCCAGGGTTTTCGCTGACGCCCCCTTCGCTGGCGGGGGTGGGGGAATATTCTTTTT‑GGGTGGGGTTTAACCCCTTTTTTGGGGTGCGCGGGGGTTTTC‑TGGCGGGGATCttggggggggcc > 1:224864/1‑140 (MQ=255) gAAATGCGTAACAGTATGGCGGGGGGCC‑CCGCAGGGTTTGCGGTGACGCTCCCTAAGCCGCCGGGGGTGGGGAAACATGCTTTGTGGGGGGGCATAAACCG‑CTTTTTTGCGGTGGGCGGGGTTTCTC‑TTGCGGGTATCTGGGGGCGGCAc > 1:443578/1‑150 (MQ=255) gAAATGCGTAACAGTATGGCGGGGGCCG‑CCCCCGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTTCGCTTCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTTT‑GGCTGGCAATAACCGCCTTTTTGGCGGTGCGCGGGCTTTTTCTTGGCGGC‑ATTTggcggggcccc > 1:163440/1‑144 (MQ=255) aaTGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGTCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCCCTgg < 1:466860/151‑1 (MQ=255) aTGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCC‑CCGCCGGGTTTTCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTTT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTTGCGGTGCGCGGGCCTTCTC‑TTGCGGCTATCCGGCGGCGGCAc > 1:959313/1‑147 (MQ=255) gCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGgcgc < 1:761193/151‑1 (MQ=255) gTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGGGCTGACGCTCCTTAAGCTGCCGTGGGTGGGGAATCATGCTTTGT‑GGGTGGCATTAAACGGCTTTTTGGCGGTGGGCGGGCTTTTTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTg > 1:432386/1‑145 (MQ=255) aaCAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATg < 2:409191/151‑1 (MQ=255) cAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGGTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCCTTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGGTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATgg > 1:426356/1‑150 (MQ=255) cg‑ccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGc > 1:148039/1‑150 (MQ=255) ccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAAc > 1:137493/1‑151 (MQ=255) cgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACg > 1:633812/1‑151 (MQ=255) gcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACg > 1:902533/1‑150 (MQ=255) cAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTg < 2:566088/151‑1 (MQ=255) | AACCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCG‑CCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGT‑GGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTC‑TGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTG > NC_000913/4258824‑4259120 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |