Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 43.3% | 79.0 / 34.3 | 60 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/5); new base A (0/26); total (29/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCAT > NC_000913/752982‑753274 | cATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATc > 1:608012/1‑151 (MQ=255) cATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATc < 2:420370/151‑1 (MQ=255) tAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCa > 1:271583/1‑150 (MQ=255) gTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCg > 2:88735/1‑151 (MQ=255) aTGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATg > 1:338611/1‑151 (MQ=255) tGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATg > 1:148396/1‑150 (MQ=255) tGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATg > 1:339061/1‑150 (MQ=255) tACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAcggcg > 2:152448/1‑151 (MQ=255) ccATGAATTTTTTAATTAAAAGTATTGGTTTGCTGATATTTTGGGCTTTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGTTTTTATTTTTAAAATTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAAcggcgg < 1:791109/150‑1 (MQ=255) ccATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCggg > 2:32863/1‑151 (MQ=255) cATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCggg > 1:409312/1‑150 (MQ=255) agtaattttttAATTGAAAGTTTTGGGTTGCTAATAATTTGGGTTGTTCTTTTTTTTTTAAATATCAATATAGTTCTTTAATTGAATTTTATTTTAACAATTTTTTGTGTTTAGAAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCggg < 1:159477/143‑1 (MQ=255) aattttttAATTGAAATTTTTGGTTTGCTGATAATTTGAGCTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTTTATATAGGTTTTTTAATGGTTTTTTTTTTTACAATTTTTTGTGTTTGGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTa < 2:675688/146‑1 (MQ=255) 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aTTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAAAATTTACAACTTAGCAATCAAACATTaaag > 2:794948/1‑147 (MQ=255) tttGAGCTTTTTTTTTTTTTTTAAATATTTATATAGGTCTGTAAATGGTTTTTTTTTTTACATTTTTTTTTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAAc < 2:897294/147‑1 (MQ=255) tGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCtt > 2:303042/1‑149 (MQ=255) gttttttttttCTTTTAAAATATTTATATAGGTTTTTTAATGTATTTTTTTTTTACATTTTTTTTGGTTGAGACTAAAAAAACACACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGatat < 1:742979/142‑1 (MQ=255) cTGTTTTATTTTTTTAAAATATTTAAATAGTTTTGTTAAGGGATTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTTTTAAGACATAAAAAAATAAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGat < 2:8546/148‑1 (MQ=255) 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CATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCAT > NC_000913/752982‑753274 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |