Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	802,118	0	A	C	51.0%	56.5 / 73.8	49	T78P (ACC→CCC)	ybhI	putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (19/5);  new base C (0/25);  total (19/30)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-09
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.02e-07

CGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGT  >  NC_000913/801981‑802264                                                                                                                                          |                                                                                                                                                      cGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTAtt                                                                                                                                        >  1:1006356/1‑151 (MQ=255)    gggTGTTTTTTGTTATTTTCCTGGGGGCTATTGGGGGGGTGGTTATAATCCTTTTCCCGGACCTTGTCGTATTTTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGTTAGTTAATTTATCCGCGGTTGGTTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTaa                                                                                                                                      <  2:44079/150‑1 (MQ=255)    gggTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTTTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTAtt                                                                                                                                        <  2:101892/148‑1 (MQ=255)      gtgtTTTTTGTTATTTCCCTGGCGGCTTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCTTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCCCATGGGTGGTGGTCTGTAACTTCTCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCg                                                                                                                                   <  2:605347/151‑1 (MQ=255)               ggTTTTTCCCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATAAACCTTTTCCGGGACCCTGTCGTATTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTActct                                                                                                                           <  2:9660/150‑1 (MQ=255)                         tGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTaccac                                                                                                               >  1:914202/1‑151 (MQ=255)                             ggcCATTGGGGGGCTGTTTATCAAGCTTTCCCCGGAACCTGTCTTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGTTAATTTATCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACctgg                                                                                                           <  2:605958/151‑1 (MQ=255)                                cATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACctggctg                                                                                                        >  2:40089/1‑151 (MQ=255)                                  ttGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGGCGATAACTTATCCGACGGTGGTTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACctggctg                                                                                                        <  1:188943/149‑1 (MQ=255)                                      ggggCTGTTTATCAGCCCTTCCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGGGTTCGGTAATTTATCCGACGGTGGGTTAAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGgtgt                                                                                                    <  1:766056/149‑1 (MQ=255)                                            ggTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTATTTGCCGTTGCTGCCTCATGGGGGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCgg                                                                                              <  1:275792/149‑1 (MQ=255)                                               tATCAAGCCTTCCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATGGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGTTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGtt                                                                                          <  1:894591/150‑1 (MQ=255)                                                   aaGCTTTCCCGGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTCCCTAAAGGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGAGGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGtt                                                                                          <  2:98784/146‑1 (MQ=255)                                                   aaGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCt                                                                                     >  1:351064/1‑151 (MQ=255)                                                        ttccccGGTCCCTGTGGTACTGTTAATGCCCGTTGCTGCCTCATGGGGGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGTTTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTaa                                                                                  <  1:680177/146‑1 (MQ=255)                                                         ttCCCGGAACTTGTCGTATTGTTAGTTGCCGTTGCTGCCTAAATGGGGGTGGTGGGGATTTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAg                                                                                 <  2:361106/149‑1 (MQ=255)                                                         ttCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcg                                                                               >  2:165840/1‑151 (MQ=255)                                                              ggAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgccgc                                                                           >  2:36777/1‑150 (MQ=255)                                                                   cTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgt                                                                     >  2:51515/1‑151 (MQ=255)                                                                        gTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacc                                                                 >  2:44239/1‑150 (MQ=255)                                                                            tGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGGGGTCGGTAACTTATCCGGCGGTGCGTTAAAAC‑CCCCC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCg                                                             <  2:887167/150‑1 (MQ=255)                                                                              ttAATTGCCTTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGCCGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGa                                                                   <  1:564880/142‑1 (MQ=255)                                                                                    gCCGTTGCTGCCCCAGTGGTGGTGGTCGTTATCTTGCCCGACGGGGATTTCAAAC‑CAACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCTTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt                                                     <  1:527005/150‑1 (MQ=255)                                                                                       gTTGCGGCCTCAATGGTGTGGGTCGGTAATTTACCCGCGGGTGCTTTAAAAC‑CCCCC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTaaa                                                  <  1:711659/150‑1 (MQ=255)                                                                                            agcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAtt                                            >  1:210029/2‑151 (MQ=255)                                                                                              ccTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGt                                               <  1:322525/146‑1 (MQ=255)                                                                                              ccTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAtt                                            <  1:52437/149‑1 (MQ=255)                                                                                                tCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCt                                        >  2:1088180/1‑151 (MQ=255)                                                                                                 cAATGGTGGTGGTCGGTATCTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCt                                        <  1:536325/150‑1 (MQ=255)                                                                                                 aaaTGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCTTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTa                                       <  2:985579/150‑1 (MQ=255)                                                                                                  aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGCCGGTGCTTTAAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCt                                        <  1:8350/149‑1 (MQ=255)                                                                                                   aTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATc                                     >  1:196652/1‑151 (MQ=255)                                                                                                     ggtggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATct                                    <  1:228569/150‑1 (MQ=255)                                                                                                     gggggtgttCGGTATTTTCCCCGGCGGT‑CGTTTAAAACCCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAtt                                            <  2:117789/139‑1 (MQ=255)                                                                                                        ggtggtCGTTAACTTACCCGCGGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctgct                                 <  1:922406/150‑1 (MQ=255)                                                                                                           ggtCGGTAACTTATCCGAGGGTGCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGAtt                             <  2:580658/151‑1 (MQ=255)                                                                                                           ggtCGGTAACTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGAt                              <  1:750797/150‑1 (MQ=255)                                                                                                                 tAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaa                        >  1:991133/1‑150 (MQ=255)                                                                                                                   aCTTCTCCGGCGGGGTGTTTAAAA‑CCACCGGCGGTATT‑AGCCGTTTCCCTTCCAGGTCCCA‑CTTGCCGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaaa                       <  2:914236/149‑1 (MQ=255)                                                                                                                   aCTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAAt                     >  2:1080214/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                      tATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCgg                  >  1:247310/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                            aCGGTGCTTTAAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAaca             <  2:509187/150‑1 (MQ=255)                                                                                                                            aCGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAacac            >  2:289793/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                            aCGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAacac            >  2:298467/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                            aCGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAacac            >  2:987725/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                              ggTGCTTTAAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAaca             <  2:952542/148‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 gCGTTTAAAC‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACg        <  2:206088/150‑1 (MQ=255)                                                                                                                                  cGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGct      >  2:144413/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                      tAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgggt  >  2:384768/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                          |                                                                                                                                                      CGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACC‑GCCGTATTAAGCGGTTACTCTT‑CAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGT  >  NC_000913/801981‑802264

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑