Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 46.5% | 64.9 / 10.8 | 44 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/0); new base C (0/20); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCTG > NC_000913/4378655‑4378952 | ccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑acc > 2:324732/1‑150 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑accgcc < 1:833257/150‑1 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑accgcca‑‑c > 2:348276/1‑151 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑accgcca‑‑c > 1:98257/1‑151 (MQ=255) aGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑accgcca‑‑cc < 1:137838/151‑1 (MQ=255) ccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCt > 1:226238/1‑151 (MQ=255) cccGCAAGTAATTTTTTTGCTGCCCGAACCTAACTCAAACAACTTTTGTTGTGTGACGGGCTGTTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATACCCCCAGGAAAAGTAATAAG‑T‑TTTCCCTT‑A‑ATAAA‑TT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCtttt < 1:725077/147‑1 (MQ=255) aCGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTttgtt > 2:815626/1‑151 (MQ=255) aCGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTttgtt > 2:520265/1‑151 (MQ=255) gCTGACCGACCCAACCACAAACACCGTTTGCTGTGTGACGGGCTGTTTTTGGGCGAT‑GCCCGCATACCCCCAGAAAAAGTAAAAAG‑T‑TTTCCCCT‑A‑AAAAA‑TT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGt < 1:658752/150‑1 (MQ=255) gACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TC‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAtt > 2:755746/1‑151 (MQ=255) aacaaaacaaaaaCAACTTTGGCTGTGGGGGGGGTTTTTTTTGGGCGTT‑GCCCGCAACCCCCCAGGAAAAATAAT‑AG‑G‑TTTTCCCA‑GAAAAAA‑TT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAtt < 1:520255/136‑1 (MQ=255) ccaaaccaaaaCAAGTTTTGGTGGGTGAGGGGTTG‑TTTTTGGGGATGGCCCGCA‑AGCCCCAGGTAAAATTAAAAA‑G‑TTTTCCCT‑T‑AAAAA‑TTCCCCCCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGa < 1:758358/142‑1 (MQ=255) accaaaaaCAATGTTGGTGGTGTGGGGGGCTGTTTTTGGGGGAT‑GCCCGCATACCCCAAGTAAAATTAATAAG‑G‑TTTACCTT‑A‑AAAAA‑TT‑CCCCCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATg < 2:982993/144‑1 (MQ=255) tCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca > 1:91137/1‑150 (MQ=255) aaaaaaCTTTTGCGGTGGGCCGGGTTGTTTTTGGGGAAT‑GCCCGATTCCCCCCAGAAAAAGTAA‑AAA‑G‑TTTGCCCTAA‑AAAAA‑TT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAata < 1:261911/151‑1 (MQ=255) aaaCATCTTTGGCTGTGGGAGGGTCTTTTTTTGGGCGTT‑GCCCGCATCCCCCAAGGTAAAGTAATAGT‑T‑TTTCCCCT‑A‑ATAAT‑TC‑CCCCCAA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat < 2:494319/150‑1 (MQ=255) acaacGTTTGTTGTGGGACGGGCTTTTTTTGGGCGAT‑GCCCGCATACCCCGAGG‑AAAATAAAAAG‑G‑TTTTCCCT‑T‑AAAAATTT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATc < 1:736618/151‑1 (MQ=255) aacGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGt > 2:60943/1‑151 (MQ=255) cGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTg > 2:182684/1‑151 (MQ=255) tttGTTGTGTGGGGGGTTTTTTTTTGGCGAT‑GCCCGCATGCCCCCAGTTAAAGAAAAAGG‑G‑TTTCCCCT‑A‑AAAAT‑TC‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTg < 1:620548/149‑1 (MQ=255) tgtgtgACGGGTTGTTTTTTGGCGTT‑GCCCGCATACCCCCAGTAAAATTAAAAAT‑T‑TTTCCCCT‑A‑AAAAA‑TT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttg < 1:406731/149‑1 (MQ=255) gtgtgACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGAGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgtt > 2:788094/1‑150 (MQ=255) tgtgACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg > 1:675147/1‑150 (MQ=255) tgACGGGTTTTTTTTTGGCAAT‑GCCCCCACCCCCCCAGATAAAGTAATATT‑T‑TTTCCCCT‑A‑ATAAA‑TT‑CCCCCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGCGCGATGCACAATATCGTTGAttt < 2:230613/144‑1 (MQ=255) gtggggTTGTTTTTGGGGGAT‑CCCCGCCTACCCCCAGAAAAAGAAAGAGG‑T‑TTTCCAGT‑A‑ATAAT‑TC‑CCCGCAA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAg < 2:964039/146‑1 (MQ=255) gcggggtttttttttGGCGAT‑GCCCGAACA‑CCCCAAGTAAAATTAAAAGTT‑TTTCCCCT‑A‑ATAAT‑TT‑CCCCCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttg < 2:1015578/134‑1 (MQ=255) gaggggTTGTTTTTTGGCGAT‑GCCCGAATCCCCCCAGGAAAAGTAATAAG‑T‑TTTCCCAT‑A‑AAAAA‑TT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg < 1:1111064/144‑1 (MQ=255) ctTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAt > 2:573839/1‑151 (MQ=255) ctTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAt > 2:591202/1‑151 (MQ=255) ttttGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg > 2:557534/1‑150 (MQ=255) ccacacacccccGGGTAAAGAAATAGG‑T‑TTTTCCAT‑G‑AAAAT‑TC‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCaa < 2:286908/138‑1 (MQ=255) cGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCCCAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCg > 2:777782/1‑151 (MQ=255) 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ccccAGGAAAAGTAATAAG‑T‑TTTCCCTT‑G‑ATAAT‑TT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaat < 1:843935/149‑1 (MQ=255) tAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAgg > 1:852816/1‑150 (MQ=255) aaaGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcg > 2:542334/1‑151 (MQ=255) aaaGTAATAA‑‑T‑TTCACCCT‑‑‑ATAAA‑TT‑TCCCCCCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAggt < 1:312340/150‑2 (MQ=255) ataaG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGc > 1:687028/1‑151 (MQ=255) aaG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcg > 1:610640/1‑150 (MQ=255) gttttCCCCT‑A‑ATAAT‑TC‑CCCCCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtc < 1:815601/148‑1 (MQ=255) gttttCCCCT‑A‑AAAAA‑TT‑CCCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtcg < 1:348268/149‑1 (MQ=255) tACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGtttt > 1:493055/1‑151 (MQ=255) cT‑G‑CTAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGCGCGATGCACAAAATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGAAATTAATAAGGGGCAGAGCGATGTTTTg > 2:889832/1‑148 (MQ=255) aa‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAggg > 2:287998/1‑151 (MQ=255) aaagaaccgccg‑‑ccgccATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAg < 1:324728/145‑1 (MQ=255) accgcca‑‑ccgccATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCTg > 1:717717/1‑151 (MQ=255) | CCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGAT‑GTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAG‑G‑TTTACCCT‑G‑ATAAA‑TT‑ACCGCCA‑‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCTG > NC_000913/4378655‑4378952 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |