Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,903,692 | 0 | C | A | 43.1% | 85.0 / 44.2 | 58 | intergenic (+318/+1055) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/27); new base A (25/0); total (31/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
ATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTT‑CCAGATTTATT‑ACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTC > NC_000913/2903555‑2903835 | atatTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTT‑AAAAACAC‑CC‑Atttgac > 1:770766/1‑146 (MQ=255) ttAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTT‑AAAAACAC‑CC‑ATTAGcc > 1:125742/1‑147 (MQ=255) cTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAAACAC‑TC‑CTTAAACTC‑aaaaa > 1:935892/1‑149 (MQ=255) cacTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACaaa < 2:413766/150‑1 (MQ=255) cacTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAg < 2:445027/151‑1 (MQ=255) cGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAGACaa < 1:663626/151‑1 (MQ=255) cTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTT‑TAAAACAC‑CC‑ACTAACCCC‑CAaaaaaaaaaaaaaatcc > 1:445318/1‑146 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTT‑CCAGa < 2:295780/150‑1 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTT‑CCAGAt < 1:971843/151‑1 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAAACAC‑CC‑ATTAGCCCC‑CAaaaaaaaaaaaa > 1:471563/1‑142 (MQ=255) aGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTT‑TAAAACAC‑CC‑ATTAACCTC‑CAAAAAAAAAAAAAAAT‑CCCGATttatt > 1:519443/1‑148 (MQ=255) gACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTT‑CCAGATTTATT‑ACtt < 2:617586/151‑1 (MQ=255) aCGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTT‑CCAGATTTATT‑ACTTATCCaa < 2:838805/151‑1 (MQ=255) 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tCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCTGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTT‑CCAGATTTATT‑ACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAat < 2:263744/150‑1 (MQ=255) tAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑TAAAACAC‑TC‑ATTAGCCTC‑CAAAAAAAAACAAAAAT‑CCCGATTTTTT‑TATTAAACAAAGAATAAAAAACTTaaaaaaaa > 1:13377/1‑144 (MQ=255) aaaGTATGAACTGGAAATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGCTTTGTAAAAAACAT‑CA‑ATTGGCCCC‑AAAA‑AAAAAAAAAAAT‑CCACAATTATT‑AATTAACAAAAGGAAAAAAAACTTAAAAAATATACttt > 1:464785/1‑149 (MQ=255) tATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTT‑TAAAAAAC‑AC‑ATTAACCTC‑AAAAAAAAAACAAAAAT‑CCCCAATTTTT‑TATTAAACAAAGAAAAAAAAACTTAAAAAAAATACTGTtttt > 2:933507/1‑151 (MQ=255) tATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTT‑AAAAACAC‑CC‑ATTAACCTC‑AAAAAAAAAAAAAAAAT‑CCCGATTTATT‑TATTTAACAAAAAAAAAAAAACTTAAAAAAaataattttttt > 1:10250/1‑143 (MQ=255) 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ATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGT‑AAAACCAC‑TC‑ATTAGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTT‑CCAGATTTATT‑ACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTC > NC_000913/2903555‑2903835 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |