| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 51.1% | 37.6 / 74.6 | 45 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/3); new base A (0/23); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-09 | |||||||||||
TTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGG > NC_000913/29347‑29645 | ttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAatat > 2:489701/1‑150 (MQ=255) gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaa < 2:798582/150‑1 (MQ=255) aaaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATc > 1:416374/1‑151 (MQ=255) tttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCg < 2:65160/150‑1 (MQ=255) tttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGc > 2:600533/1‑151 (MQ=255) tttGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAg > 1:268928/1‑150 (MQ=255) tCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACt > 1:357300/1‑151 (MQ=255) tttttCTCCTTTTTTTTTTTTCATGCAATTTTTTTGCGGCAAAGGCTTTTCCAAAAAAAGTTTAAATGATTTTTTTTTCATTAAATGCTTGA‑AAAACATGCATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg < 1:697536/150‑1 (MQ=255) tGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATACCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat > 1:31695/1‑151 (MQ=255) tATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGa > 1:153646/1‑150 (MQ=255) tttCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATg > 2:912259/1‑151 (MQ=255) gCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGccgccg > 1:823408/1‑151 (MQ=255) cttcttGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGc > 1:3486/1‑151 (MQ=255) tttttGCTGCGCAAGCTTTTACAAAAACAGGTAAAATTATTTTTTTGTCTTTTAATGCCTAA‑AAAAAATGCATGACCCAAAAAATAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccgcc < 1:518551/141‑1 (MQ=255) gccgcgaAAGCTTTTTCCAAAAAGGTTTAGTTAATTTTTTTGCCG‑TTAAGGCCTTTAAAAACTTGAAGGAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGaa < 1:122465/147‑1 (MQ=255) gcAGGCTTTTCCCAAAACAGGTTAGATGTTTTTTTTGTCGTTTAATGCCTGA‑AAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCa < 2:210793/142‑1 (MQ=255) aaGCTTTTTCAAGAACAGTTTAAATTATTTTTTTGTCGTTTAATGCTTAA‑AAAACATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcg < 1:385747/148‑1 (MQ=255) aaGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgtcg > 2:488450/1‑151 (MQ=255) 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aaCAGGTAAGATAATTTTTTTTTCTCTTAATCCTTAT‑AAAACATGATTGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAttt < 1:842319/150‑1 (MQ=255) gttaagttgatTTTTTTGTGGTTTAAGGCGTGA‑AAAACATGCATGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 2:876911/142‑1 (MQ=255) gTTAGAAGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCAGTTTGCCAGaaa > 2:933968/1‑126 (MQ=255) ttAGATGTTTTTTTTGTCGTTAAATGCTTGA‑AAAACATGCATGACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 1:409301/147‑1 (MQ=255) atgatCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAttt > 2:704531/1‑150 (MQ=255) 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aaaaTAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACATTTAGCACCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGAGAGTGAATAtt > 2:604265/1‑150 (MQ=255) aaaaTAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtga < 2:3485/141‑1 (MQ=255) aaaTAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAACAAAGTGAGTGAATATtct > 1:677069/1‑151 (MQ=255) ataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAgg > 2:133648/1‑151 (MQ=255) ataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAgg > 2:98350/1‑151 (MQ=255) | TTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGG > NC_000913/29347‑29645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |