Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 54.2% | 55.3 / 106.0 | 59 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 family putative periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/2); new base T (0/32); total (25/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-14 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.55e-09 |
AAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGG > NC_000913/4111599‑4111886 | aaGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑gtttgtt > 2:354492/1‑151 (MQ=255) aGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑gtttgtt > 2:576758/1‑150 (MQ=255) gctttgctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGttttt > 2:587286/1‑151 (MQ=255) ctttgctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTc > 2:349790/1‑151 (MQ=255) ctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCccgc > 1:504535/1‑151 (MQ=255) aTTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTtagt > 2:381521/1‑149 (MQ=255) tttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGc > 2:697945/1‑151 (MQ=255) aTTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:542742/1‑151 (MQ=255) tCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTg > 2:694714/1‑151 (MQ=255) aacccTACAACCGATTCAGATAGCCCCTGTTTAACCGGTTCAACAGGAAGGGCCACCCCCTTTCCGCTGTTGCCCGCAACAACATACCCCA‑GTCCCCCTTCTGGCTCGGTGAAATACG‑GTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGc < 1:104612/147‑1 (MQ=255) aaaCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGc > 2:957653/1‑150 (MQ=255) aaGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTc > 1:359172/1‑151 (MQ=255) cGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgg > 1:765802/1‑151 (MQ=255) cGATTCAGATACCGCCTTTTTAATCGGAACAACAGCGAAGGTCACCCCTTTGCCGCGGTTGTCCGCAACAACATAACGCA‑GTGCCCTTTCTTCCTCGGTTAAAAAAC‑GTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtttt < 1:375334/145‑1 (MQ=255) ttaaGATAGCCCCAGTTTAATCGTTCAAACAGCGAGGGTCACCCCTTTTTCGCCTTTGCCCGCGACAACATACCGCA‑GTGCCCTTTCTGTCTCGGTTTAATACC‑GTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGc < 1:222666/146‑1 (MQ=255) aGATAGCGCCAGTTTAATCGGTTCAACAGCGAGGGCCACCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACCCA‑GTGCCCCTTCTGTCCCGGTGAAATAAT‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCttt < 2:411756/149‑1 (MQ=255) aaaGCGCCAGCTTAATCGGTCCAACAGCGAAGTTCCCCCCCTTTCCGCCTTTGCCCGCAAAAAAATAACGCA‑TTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgtg < 2:955463/148‑1 (MQ=255) cgcCAGCTTAATCGGTCCAACAGCGAAGGTCACCCCCTTTCCGCCTTTGCCCGCGACAACATAACGCG‑GTGCACCTTTTGTCTCGGTTTAATAAC‑GTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTg < 1:74379/151‑1 (MQ=255) ctagattAATCCGTCAAACAGCGGTGGTCCGCCCCTTGTCGCGTTTTCCCGAGACAA‑AAACAGCACGTGCACCTTTTCCCGCGGTAAAATATG‑GTTTTTTTCTCTCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGc < 1:584487/133‑1 (MQ=255) ccAGCTAAATCGGTTCAACAGCGAAGGCCACCCCCTTTCCGCCGTTGCCCGCGAAAACATACCGCA‑GTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATACC‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTgg < 2:255194/150‑1 (MQ=255) agtttAATCGTTTCAACAGCGAAGGCCCCCCCCTTTTCGCCGTTGCCCGCGACAACATACCGCA‑GTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACC‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTc < 2:24984/147‑1 (MQ=255) aaTCGTTCCAACAGCGAAGGTCACCCCTTTTCCGCCGTTGCCCGCAACAACATACCGCA‑GTCCCCCTTCTTTCTGGGTTTAATACT‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAt < 1:3365/151‑1 (MQ=255) aaTCGTTACAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGAAAACATAACGCG‑GTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt < 2:301344/148‑1 (MQ=255) aaTCGGTTCAACAGCGAAGGTCACCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCAACAACATAACGCA‑GTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTa < 2:266226/149‑1 (MQ=255) gttcaaaCAGCGAAGGTCACCCCTTTTCCGCCGTGGCCCGCGAAAAAATACCGAT‑GTCCCCTTTCTGTCTGGGGTTATTATT‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATggg < 1:328687/145‑1 (MQ=255) ggTCCAACAGCGAGGGTCACCCCCTTTTCGCCGTTGCCCGCGAAAAAATAACGCG‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAGG‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATggg < 2:440225/150‑1 (MQ=255) ggTACAACAGCGAAGGTCACCCCCTTTCCGCCGTTGCCCGCGAAAACATAACGCA‑GTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAAT‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgggg < 1:255386/151‑1 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTg > 2:748215/1‑150 (MQ=255) aaCAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAgt > 2:815985/1‑151 (MQ=255) aaCAGCGAAGGTCACCCCCTTTCCGCCGTTGCCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACC‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGa < 2:563506/149‑1 (MQ=255) agtccccccttgttgcGCCGTTGTCCGGGACACCTAAACGCA‑TTGCTCCTTCTGTGTGGGTGTAATACT‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGa < 1:435559/135‑1 (MQ=255) aGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCCTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGAt > 1:97756/1‑151 (MQ=255) ggTCATCCTTTTATCCCCTTTGTCCGCAACAACAAACCCCA‑GTCCCCCTCCGTTCAAGGT‑TAATAACGGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGa < 2:906073/149‑1 (MQ=255) cacccccTTTTCGCCTTTGTCCGCGACAACATACCGCA‑GTGCCCCTTCTGTCTCGTTGTAATACC‑GTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCAcc < 2:609568/148‑1 (MQ=255) cacccccTTTTCGCCTTTGCCCGCGAAAACATAACGCA‑GTCCCCCTTCTGTCTGGTTGTAATACT‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCa < 1:162541/146‑1 (MQ=255) aGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg > 1:358728/1‑151 (MQ=255) ccccTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCt > 1:696547/1‑151 (MQ=255) tttCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCAt > 2:80552/1‑151 (MQ=255) ttGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCt > 2:574936/1‑151 (MQ=255) ttGCCCGCGACAACATAACGCA‑GTCCCCCTTCTGTCTCGTTTTAATATT‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTcc < 2:926309/150‑1 (MQ=255) gTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTg > 1:806613/1‑150 (MQ=255) cccGCGAAAACAAAACGCA‑GTGCCCTTTCTCTTGCGTTGTAATACC‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTg < 2:48602/148‑1 (MQ=255) ccGCAAAAACATAACGCA‑GTCCCCCTTCTTTCTGGGTGAAATATT‑GTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAg < 1:302266/150‑1 (MQ=255) cgcgACAACATAACGCG‑GTGCCCCTTCTGTCTGGTTGTAATATT‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGa < 1:603003/148‑1 (MQ=255) cgcgACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgct > 1:569099/1‑151 (MQ=255) cgACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgcttt > 1:895441/1‑151 (MQ=255) tAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGctttcgctttcg > 1:20829/1‑151 (MQ=255) tAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGctttcgctttcg > 1:217916/1‑151 (MQ=255) 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cTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctc > 1:385222/1‑151 (MQ=255) tttgtttgtttgtAATATT‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct < 1:542733/138‑1 (MQ=255) ctcGTTGTAATACC‑TTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 2:103861/149‑1 (MQ=255) tttaaaacc‑GTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCt < 2:412656/139‑1 (MQ=255) tgaaataat‑GTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa < 1:40185/147‑1 (MQ=255) taataaC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATgg > 2:31316/1‑151 (MQ=255) aattcc‑GTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg < 2:129767/144‑1 (MQ=255) aataat‑TTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 2:261432/145‑1 (MQ=255) | AAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCA‑GTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAC‑GTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGG > NC_000913/4111599‑4111886 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |