| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 89,556 | A→G | intergenic (+524/‑78) | cra → / → mraZ | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism/RsmH methytransferase inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,556 | 0 | A | G | 98.5% | 238.4 / ‑3.9 | 68 | intergenic (+524/‑78) | cra/mraZ | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism/RsmH methytransferase inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (36/31); total (36/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
TTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCG > NC_000913/89410‑89701 | tttAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCaa < 1:251763/150‑1 (MQ=255)tttAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCa > 1:284624/1‑149 (MQ=255) tAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGc < 1:244374/150‑1 (MQ=255) aaaCGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCCAGCttt 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ttGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGa < 1:988136/150‑1 (MQ=255) tGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGGAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAAt > 2:239481/1‑151 (MQ=255) cTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGGAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAAt > 1:990643/1‑149 (MQ=255) gTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAg < 1:785803/151‑1 (MQ=255) ggACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCCAGCTTTTCCCCAGCTCCGTAAACTCCCTTTCGTGGGGAAGTGTGGGGCCAAGGTGGGAGAAAgggggagg > 2:170076/1‑145 (MQ=255) 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aacaacGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTAGCAAGGTTTTCCTCAGCCCCGTAAAATCCTTTCAGGGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGGATAAGGGGTGAAGCTGTCATTTTcctg > 2:684214/1‑149 (MQ=255) caacGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCgggg < 1:1180944/151‑1 (MQ=255) gATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCaa < 2:835578/149‑1 (MQ=255) atTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTa < 1:816643/151‑1 (MQ=255) ttAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTa < 2:626098/150‑1 (MQ=255) 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cATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGa > 1:1023405/1‑150 (MQ=255) cATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGGGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGGGAGGCTGGCATGTTCCGGGGGGCAACGTTAGTCAATCTCg > 2:996550/1‑149 (MQ=255) tttttACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAg < 1:115455/150‑1 (MQ=255) cGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCCGCGGGGAATTTTGGGG‑CAAAGAGGGGATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGGGCAACGTTAGTCAATTTCGACAGCAAAGGGCGCTTATc > 1:435676/1‑151 (MQ=255) cGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTAt < 2:296701/150‑1 (MQ=255) cGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATc < 1:799552/151‑1 (MQ=255) aTGCCTTGTGACTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGt < 1:618071/150‑1 (MQ=255) tgtgACTGGCTTGGGAAGCTTTTCCTCAGCTCCGGAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTTAATATCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGGGCCTAcc > 2:1156254/1‑151 (MQ=255) aCTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGtt < 1:848457/151‑1 (MQ=255) cTGGCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGtt > 2:63259/1‑150 (MQ=255) ggCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTa < 1:967088/149‑1 (MQ=255) ggCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTAt < 2:421354/150‑1 (MQ=255) ggCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATc > 2:1027310/1‑151 (MQ=255) gCTTGGCAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCg < 2:1145467/151‑1 (MQ=255) | TTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGG‑CAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCCGTTATCG > NC_000913/89410‑89701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |