| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,646,854 | C→T | intergenic (+117/+320) | flxA → / ← intK | Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,646,854 | 0 | C | T | 98.7% | 294.1 / ‑6.7 | 77 | intergenic (+117/+320) | flxA/intK | Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (40/36); minor base A (1/0); total (41/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CCGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATT > NC_000913/1646709‑1646998 | ccGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGATGCACt < 2:73421/151‑1 (MQ=255) cGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGATGCACTc > 2:1152415/1‑151 (MQ=255) tGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGATGCACTccc > 1:638858/1‑150 (MQ=255) 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aGTAATGGATGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGAc < 2:180599/151‑1 (MQ=255) aGTAATGGATGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGAc > 1:72255/1‑151 (MQ=255) aGTAATGGATGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGAc < 1:520924/151‑1 (MQ=255) aGTAATGGATGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGAc > 1:1144298/1‑151 (MQ=255) aaTGGATGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACAtt < 2:667517/151‑1 (MQ=255) 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> NC_000913/1646709‑1646998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |