| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,665,669 | A→G | T79A (ACA→GCA) | csiE → | stationary phase inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,665,669 | 0 | A | G | 98.6% | 268.0 / NA | 70 | T79A (ACA→GCA) | csiE | stationary phase inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (38/31); minor base T (1/0); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTACAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACC > NC_000913/2665525‑2665815 | gCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGc > 1:1184852/1‑151 (MQ=255) caccaTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCtt > 2:687215/1‑151 (MQ=255) caccaTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCtt < 2:1107700/151‑1 (MQ=255) caccaTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCtt < 1:243761/151‑1 (MQ=255) ccaTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTa > 1:878575/1‑150 (MQ=255) ccTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGttt < 2:112024/151‑1 (MQ=255) cAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTtgtg < 1:781124/150‑1 (MQ=255) aGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGtt > 2:1218408/1‑151 (MQ=255) 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ttAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTc > 1:786514/1‑150 (MQ=255) ggTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTgg < 1:196225/150‑1 (MQ=255) gtgtGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCt > 1:247912/1‑151 (MQ=255) gtgGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTa < 1:1155171/150‑1 (MQ=255) gtgGATGATGAGATTTCCAGTGTTGATATCAGCGAAACAGGACTGGAGAGCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGTCGACTGGTTATGACTGTAGCTACCGGGTTGAATGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTgg < 2:800189/147‑1 (MQ=255) tgGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTacg > 2:196323/1‑151 (MQ=255) gatgatgatATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTacgac < 1:389882/151‑1 (MQ=255) atgatgatATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTacgacg > 1:460896/1‑151 (MQ=255) gatgatATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTg < 2:832913/151‑1 (MQ=255) gatATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGtt > 1:1048610/1‑151 (MQ=255) atatTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGtt < 2:1206525/150‑1 (MQ=255) atTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTcc < 1:776357/151‑1 (MQ=255) ttcccAGTCTTGATATCAGCGAAACAGCACGTGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACCACTGGCTAAGAAGGTAGCTACCGGGATGATGGAGCAGCTCTTCACAAACGTTTGCGTTTATTTCACTGACTACGACGTGGTTTCCg > 2:403159/4‑151 (MQ=255) ttGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCg > 1:100251/1‑151 (MQ=255) ccAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCt < 2:966517/151‑1 (MQ=255) cAGTCTTGATATCAGCTAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCt > 1:303386/1‑150 (MQ=255) aGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCtgt < 2:1087053/151‑1 (MQ=255) tGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTcc < 2:878570/150‑1 (MQ=255) tGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCg > 2:4089/1‑151 (MQ=255) cAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCAttt < 1:487345/151‑1 (MQ=255) 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aCAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCa < 2:609563/151‑1 (MQ=255) cAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTAcc > 1:1163926/1‑149 (MQ=255) gACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTACGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCacc > 2:228378/1‑147 (MQ=255) cGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAAt > 2:613890/1‑151 (MQ=255) gagaTCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCa < 2:1079518/151‑1 (MQ=255) 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tATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGCTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAAtt < 1:764247/150‑1 (MQ=255) aGCTACCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGTGCGTAAc > 2:888192/1‑150 (MQ=255) aCCGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACtttt < 2:981567/150‑1 (MQ=255) ccGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTac < 1:687225/151‑1 (MQ=255) cGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTacg < 2:1115585/151‑1 (MQ=255) cGGGTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTacg > 1:91223/1‑151 (MQ=255) cGGCTTGAAGGTTCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTACCGTCCGTGTCCGTCATTTCTTACCATCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACtttt > 2:912772/1‑148 (MQ=255) gTTGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTacga > 1:766724/1‑149 (MQ=255) tGAAGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGAt > 1:763871/1‑151 (MQ=255) gAAGGTGCAGTGCTTAACCAACTTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGAt < 1:971658/150‑1 (MQ=255) aaGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATAc > 2:951254/1‑151 (MQ=255) aGGTGCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATAcc > 2:890033/1‑151 (MQ=255) | GCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCGGGTTGAAGGTACAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACC > NC_000913/2665525‑2665815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |