| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,832,456 | C→T | intergenic (‑167/‑20) | norR ← / → norV | anaerobic nitric oxide reductase DNA‑binding transcriptional activator/anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,832,456 | 0 | C | T | 98.6% | 263.8 / ‑5.9 | 72 | intergenic (‑167/‑20) | norR/norV | anaerobic nitric oxide reductase DNA‑binding transcriptional activator/anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (43/28); total (43/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTGATTTTCACGGCACGGAATATAAAACGCTGCGCGGCAGCAGCTACAATAGCTACCTCATCCGCGAA > NC_000913/2832309‑2832601 | tGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGTTg < 1:533107/150‑1 (MQ=255) aCTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGTTGAAt < 2:595834/151‑1 (MQ=255) aCTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGTTGAAt > 2:1129415/1‑151 (MQ=255) 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TGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTGATTTTCACGGCACGGAATATAAAACGCTGCGCGGCAGCAGCTACAATAGCTACCTCATCCGCGAA > NC_000913/2832309‑2832601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |