| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,419,721 | (G)7→6 | intergenic (‑265/+44) | ydaG ← / ← racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,419,715 | 0 | G | . | 98.7% | 369.7 / ‑2.2 | 79 | intergenic (‑259/+50) | ydaG/racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base . (46/32); total (47/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGCTGCTATGTAGGC > NC_000913/1419567‑1419860 | gCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggg < 2:504568/151‑1 (MQ=255)gCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATggg > 2:295229/1‑151 (MQ=255) cGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAAt < 2:894980/149‑1 (MQ=255) cGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATaa < 1:961758/151‑1 (MQ=255) cGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATaa < 1:478336/151‑1 (MQ=255) cGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATa > 1:101102/1‑150 (MQ=255) cGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGGCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATaa < 1:943070/151‑1 (MQ=255) gAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAAc < 2:493345/151‑1 (MQ=255) gAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAAc < 2:611241/151‑1 (MQ=255) gAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAAc > 2:609071/1‑151 (MQ=255) gAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGCGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATaa > 2:1187183/1‑150 (MQ=255) aaGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACg > 2:177950/1‑151 (MQ=255) aGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACgg < 2:148995/151‑1 (MQ=255) aGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACgg > 1:174535/1‑151 (MQ=255) aTTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAAt < 2:710977/151‑1 (MQ=255) tGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATcc > 2:267999/1‑151 (MQ=255) tGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATcc > 1:170969/1‑151 (MQ=255) tGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATc < 2:373892/150‑1 (MQ=255) 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ggggCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTc < 2:902954/150‑1 (MQ=255) cGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGAcc > 2:667893/1‑151 (MQ=255) gtggtATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagt > 1:302486/1‑151 (MQ=255) gtggtATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagt > 1:635978/1‑151 (MQ=255) ggtATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGGGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCAAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttt > 2:1025317/1‑151 (MQ=255) tATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttta > 1:272618/1‑150 (MQ=255) tATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttta > 1:40078/1‑150 (MQ=255) tGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagtttaagt > 1:886851/1‑151 (MQ=255) gCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagtttaagtt < 2:1194586/151‑1 (MQ=255) cTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTc > 2:192551/1‑151 (MQ=255) tGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTcc > 1:22183/1‑151 (MQ=255) tGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTcc > 1:953827/1‑151 (MQ=255) ggAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTATCCTGATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGAGTTAAATAGCGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGGCCATAtaagtttaagtcc < 1:23379/149‑3 (MQ=255) ggAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCa < 1:341235/151‑1 (MQ=255) aaCTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGt < 1:413551/151‑1 (MQ=255) 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gattgTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCtttt < 2:392142/151‑1 (MQ=255) tCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGtt > 1:775683/1‑151 (MQ=255) cAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGtt < 2:888984/150‑1 (MQ=255) aaTAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTc > 2:1163227/1‑150 (MQ=255) aaTAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCa < 2:1117737/151‑1 (MQ=255) aTAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAg < 2:132351/151‑1 (MQ=255) tAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTc > 2:298377/1‑148 (MQ=255) tATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCa > 1:525673/1‑150 (MQ=255) aTGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAag < 2:84756/151‑1 (MQ=255) aTGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGGGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCa > 2:1037805/1‑149 (MQ=255) 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agcagAAAGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCgctgct > 2:527028/1‑150 (MQ=255) aaaGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTCTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGCTGCTATGTAg < 2:1166870/151‑1 (MQ=255) aGTGAT‑GGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGCTGCTATGTAGgc > 2:840060/1‑151 (MQ=255) | GCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGCTGCTATGTAGGC > NC_000913/1419567‑1419860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |