Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,536,495 | G→A | A248V (GCG→GTG) | pdxK ← | pyridoxal‑pyridoxamine kinase/hydroxymethylpyrimidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,536,495 | 0 | G | A | 98.8% | 317.6 / NA | 86 | A248V (GCG→GTG) | pdxK | pyridoxal‑pyridoxamine kinase/hydroxymethylpyrimidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (41/44); minor base T (0/1); total (41/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACGCCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTTTCTTCATTAC > NC_000913/2536348‑2536642 | tGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCt > 1:675142/1‑151 (MQ=255) cGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTcc < 2:434748/151‑1 (MQ=255) gAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTc < 1:502150/150‑1 (MQ=255) aaaaTGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGc > 1:1098491/1‑151 (MQ=255) aaaaTGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGc > 1:230406/1‑151 (MQ=255) aaTGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCa > 1:472452/1‑150 (MQ=255) ggCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGc < 2:382287/150‑1 (MQ=255) cATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACtgat > 2:699278/1‑151 (MQ=255) cATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACtgat < 1:150544/151‑1 (MQ=255) aTCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACtgatg > 2:252406/1‑151 (MQ=255) gcgcCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGAtgagct > 2:484488/1‑151 (MQ=255) gcCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGAtgagctga < 2:341899/151‑1 (MQ=255) ccATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGAtgagctgag < 2:423992/151‑1 (MQ=255) ccATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGAtgagctgag < 1:1128997/151‑1 (MQ=255) ttttttATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGAtgagctg < 1:146235/145‑1 (MQ=255) ttttttATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGAtgagct > 2:146271/1‑144 (MQ=255) ttATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACaaaa < 2:144699/150‑1 (MQ=255) ttATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAAc > 1:371937/1‑151 (MQ=255) tATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAAc < 2:575984/150‑1 (MQ=255) aTGTTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGATCGGTGCTCTGCATCGGTTAACTCCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACaaa < 1:552730/147‑1 (MQ=255) aTGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAAc > 2:305219/1‑149 (MQ=255) aTGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAAc > 1:127571/1‑149 (MQ=255) aTGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAg < 2:404980/151‑1 (MQ=255) aTGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAg < 2:230455/151‑1 (MQ=255) gCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGt > 1:14985/1‑151 (MQ=255) cTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTc > 2:589626/1‑151 (MQ=255) tCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTc < 1:834961/149‑1 (MQ=255) cGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCa < 1:1012311/151‑1 (MQ=255) cAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTc < 1:793504/151‑1 (MQ=255) cAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTc > 2:756524/1‑151 (MQ=255) aGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTcc > 2:1025931/1‑151 (MQ=255) gcggcgGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTccc < 2:545298/151‑1 (MQ=255) cggcggCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCt < 1:1052905/151‑1 (MQ=255) 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aaTTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGttt > 2:1104072/1‑151 (MQ=255) tCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGttttt < 1:834834/150‑1 (MQ=255) tCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGttttt < 2:466130/150‑1 (MQ=255) cATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTAc < 1:10522/151‑1 (MQ=255) ctctCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTg > 2:304619/1‑151 (MQ=255) 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aTGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATgg > 2:699721/1‑151 (MQ=255) tgctgGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGaa > 2:698404/1‑150 (MQ=255) gctgGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGaa < 2:1060347/149‑1 (MQ=255) ctgGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATg > 2:705681/1‑151 (MQ=255) tgGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATg > 2:738955/1‑150 (MQ=255) 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gCATCGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGAttt < 2:672973/150‑1 (MQ=255) cGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTttcttc < 1:76729/151‑1 (MQ=255) cGGTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTttcttc < 2:287938/151‑1 (MQ=255) ggTTAACACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTttcttc > 1:399206/1‑150 (MQ=255) aaCACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTTTCTTCATTa < 2:616697/150‑1 (MQ=255) aaCACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTTTCTTCATTa < 2:14985/150‑1 (MQ=255) aaCACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTTTCTTCATTAc > 2:802487/1‑151 (MQ=255) aaCACCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCCTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTTTCTTCATTa < 1:1149795/150‑1 (MQ=255) | TGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGCGCAACCCCGCTCGGTGCACTGCATCGGTTAACGCCTTCCCTTTCAGCAAGCCACTGATGAGCTGAGCACAAAACAGGTCGCCAGTCCCTTTCAGGTCGGTTTTTACCCGTGAATGGGAAATGACATTCACGCTGTCGGCAGTGACCACCACAACCTGCATCTCCTGATTTTCTTCATTAC > NC_000913/2536348‑2536642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |