| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,862,504 | Δ1 bp | intergenic (‑75/‑267) | msrB ← / → gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,862,501 | 0 | A | . | 98.2% | 248.4 / ‑1.4 | 54 | intergenic (‑72/‑270) | msrB/gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (25/28); total (25/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
GATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGC > NC_000913/1862357‑1862637 | gATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAtttt < 2:353342/151‑1 (MQ=255) gCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCt < 2:540835/150‑1 (MQ=255) cGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTa > 1:295736/1‑150 (MQ=255) cACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAAc < 1:923036/150‑1 (MQ=255) cACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAAc < 1:303745/150‑1 (MQ=255) cGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTg < 1:147366/151‑1 (MQ=255) aaaaCTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCTCTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACCCCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGAtc < 1:515557/151‑1 (MQ=255) aaCTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGAtctc < 2:657538/151‑1 (MQ=255) cATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTcgacg > 1:673224/1‑150 (MQ=255) 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ttaGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGt > 2:294675/1‑151 (MQ=255) gCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAAt > 2:949296/1‑151 (MQ=255) gCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAAt < 1:950389/151‑1 (MQ=255) aTTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGc > 1:804751/1‑151 (MQ=255) ttGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGccc > 2:789412/1‑151 (MQ=255) tCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCttt > 1:188010/1‑150 (MQ=255) cacaTCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCttt < 1:337977/149‑1 (MQ=255) cacaTCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTaa < 2:155922/151‑1 (MQ=255) acaTCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTaaa < 2:6151/151‑1 (MQ=255) caTCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTaaa > 1:906055/1‑150 (MQ=255) caTCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTaaa > 2:792396/1‑150 (MQ=255) aTCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAAt > 2:467330/1‑151 (MQ=255) ctcACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTc > 2:360860/1‑151 (MQ=255) cACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGTAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTc < 1:444094/149‑1 (MQ=255) cACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAAt < 2:295702/147‑1 (MQ=255) tttAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGgc > 1:577526/1‑151 (MQ=255) ttAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCgggg < 2:270747/149‑1 (MQ=255) tAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAACCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGgcg < 1:68338/150‑1 (MQ=255) tGCTCACATTACGGGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTAGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAA‑TCGGGGGCCCGGcccc > 2:683904/1‑151 (MQ=255) tCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCAt > 2:979016/1‑151 (MQ=255) cacaTTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCAtg > 2:832225/1‑151 (MQ=255) acaTTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCAtgt > 2:881341/1‑151 (MQ=255) tACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGt < 2:224073/150‑1 (MQ=255) gTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCa < 1:467378/151‑1 (MQ=255) cTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGcc > 2:935153/1‑151 (MQ=255) ttCTAACAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCaa > 1:767830/1‑150 (MQ=255) aCAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAg < 1:310154/147‑1 (MQ=255) aCAAAACATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAag < 1:913697/151‑1 (MQ=255) cATTAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTg > 1:440032/1‑149 (MQ=255) tAACACCAACTGGC‑AAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGc < 2:577462/150‑1 (MQ=255) | GATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGC > NC_000913/1862357‑1862637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |