| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,151,492 | (G)6→7 | intergenic (+88/‑123) | fabG → / → acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase/acyl carrier protein (ACP) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,151,486 | 1 | . | G | 98.1% | 199.9 / ‑2.6 | 52 | intergenic (+82/‑129) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase/acyl carrier protein (ACP) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (34/17); total (34/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
ATCCGACGAAGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATT‑GGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACTATCG > NC_000913/1151338‑1151627 | aTCCGACGAAGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATT‑gg > 1:538803/1‑151 (MQ=255) ccGACGAAGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATT‑gggg > 2:705779/1‑151 (MQ=255) ccGACGAAGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATT‑ggg < 2:912836/150‑1 (MQ=255) gacgaAGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATT‑gggggg < 1:884308/151‑1 (MQ=255) aaGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATT‑gggggggta > 2:17674/1‑147 (MQ=255) cagcTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGc < 2:573115/151‑1 (MQ=255) cTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTc > 1:524788/1‑151 (MQ=255) cTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTc > 2:939382/1‑151 (MQ=255) aCATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCaa > 1:452069/1‑150 (MQ=255) aTCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAAt > 1:26569/1‑151 (MQ=255) cACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATa < 2:598237/150‑1 (MQ=255) cGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACg > 1:409508/1‑151 (MQ=255) gTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTaa < 2:840108/151‑1 (MQ=255) 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gTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGAttt > 2:933747/1‑149 (MQ=255) tACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGt > 1:526572/1‑151 (MQ=255) tGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTg > 2:145506/1‑149 (MQ=255) tCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAAt > 2:507712/1‑151 (MQ=255) gACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAAtttt < 2:25359/151‑1 (MQ=255) gATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAAc > 1:685986/1‑150 (MQ=255) aTTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACAt > 2:842154/1‑151 (MQ=255) tttGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACAtt > 1:427951/1‑151 (MQ=255) acaAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTtat > 1:714164/1‑150 (MQ=255) aaaTGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATacac > 1:482832/1‑151 (MQ=255) aTGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACt > 1:821796/1‑150 (MQ=255) tGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTAc > 2:522934/1‑151 (MQ=255) tGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTAc > 1:191299/1‑151 (MQ=255) gCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACg > 1:593074/1‑151 (MQ=255) cATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGaaa < 2:705547/151‑1 (MQ=255) 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gATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACt < 1:924641/151‑1 (MQ=255) gATTTGCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACt < 1:43069/151‑1 (MQ=255) gCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACTATct < 1:923523/150‑2 (MQ=255) gCGTTATTGGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACTATCg < 1:564365/150‑1 (MQ=255) | ATCCGACGAAGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATT‑GGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACTATCG > NC_000913/1151338‑1151627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |