| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+615) | iraM ← / ← ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 98.4% | 209.1 / ‑3.4 | 61 | intergenic (‑77/+623) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (27/33); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
ATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTAT > NC_000913/1211930‑1212224 | atatTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTa < 2:532873/151‑1 (MQ=255) ttACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccc > 2:366323/1‑151 (MQ=255) aCCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑ccccc < 1:110578/151‑1 (MQ=255) 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gAGTATATTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAg < 1:718567/151‑1 (MQ=255) atatTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCtat < 1:557460/151‑1 (MQ=255) atatTAC‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCta < 1:420541/150‑1 (MQ=255) | ATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTAT > NC_000913/1211930‑1212224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |