Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 307,821 | 0 | G | T | 42.1% | 108.5 / 22.8 | 57 | Y504* (TAC→TAA) | ecpC | ECP production outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/27); new base T (24/0); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGATATATTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCG > NC_000913/307673‑307969 | cGATATATTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTTGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTa < 2:743312/151‑1 (MQ=255) gATATATTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAg < 2:141011/151‑1 (MQ=255) tatatTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCt > 1:809786/1‑151 (MQ=255) atatTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTg < 1:136785/151‑1 (MQ=255) tatTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGGCATTAATGttggt > 2:524775/1‑145 (MQ=255) atTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCt > 1:357148/1‑148 (MQ=255) atTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGAt < 2:372411/151‑1 (MQ=255) ccTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGa < 2:482104/151‑1 (MQ=255) gCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCa < 1:732616/151‑1 (MQ=255) gTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGc < 1:227687/151‑1 (MQ=255) tGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTTGGTGGTTCTGAAAGAGCCCCGcgt > 1:785825/1‑149 (MQ=255) cGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACca < 1:854847/151‑1 (MQ=255) gttgttATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCCTTTTATCTGATGCTGAATTTGCCCAGCCTCCACcacacg > 2:505843/1‑149 (MQ=255) ttgttATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGGCATCCTTTTTGGTGGTGGTGAATTTGCCCCGCCTTcaccaccatg > 2:376572/1‑147 (MQ=255) tgttATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTg < 1:885560/150‑1 (MQ=255) tgttATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGGCATCATTTTTGTTGGTGGTGAATGTGGCCAGCTTCGGcc > 1:117701/1‑144 (MQ=255) gAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTg < 2:340848/149‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAATGAGTTTAGGTTGAGGGTgccgcc > 1:324229/1‑151 (MQ=255) 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aCATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCTGATTCTGAATGTGCCCCGCTTCGACCACAATGGGGTTAGGGTGGGGGTGGCGCCG‑GATGCACGGGTT‑TCGGCAGCGCTACGTCGCGatt > 1:98436/1‑151 (MQ=255) aTTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAattga < 1:125264/151‑1 (MQ=255) ttttGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATTATTTTAGGTGATGGTGGAAGTGGCCACCTTCTACCACCGGGGGTTTTGGTTGGGTGTGGCGCCG‑ATTGCACGGGTG‑TTGGCCTCGCTTCGTCGCaaat > 2:561108/1‑146 (MQ=255) tttGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTTGCTGATGGTGAATGTGCCCCGCTTCGACCACAGTGAGTTCCGGGTTAGTGTGGCGCCG‑CTTGCACGGGTT‑TCGGCATCCCTACCGCGCAattgatt > 1:21734/1‑151 (MQ=255) aTAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTTGGGGATGGCGGATGTGGCCAGCCTCGACCCCAGGGAGTTTCGGTTGTGTGGGCCCCCG‑ATTGCCCGGTTG‑TCGGCGTCGCCACGGCGCCATTTATTGcc > 1:266338/1‑150 (MQ=255) aTAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTATCCGGTGCTGAAAGGGCCCCGCTTCGACCACAGTGGGGTTTGGGTGGGGGTGGCGCCC‑ATTGGACGGGTG‑TGGGGATCGCCCCGGCGCCattgatt > 2:305462/1‑147 (MQ=255) aGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCaa < 2:837804/150‑1 (MQ=255) aGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCaa < 2:374446/150‑1 (MQ=255) aGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGGCATTATTTTAGCCGGGGCTTGAAGTGGCCAACCTCGCCCACCGAGGGGTCCGGGTTAGTGTGGCGCCC‑ACTGGACTGTTGTTCGGC‑TCGCTACCTCTCAatttatt > 2:540616/1‑145 (MQ=255) tAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCTCGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATg < 1:460441/150‑1 (MQ=255) 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gtgtAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGtttttt < 1:313595/151‑1 (MQ=255) tgtAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGGCATCCTTTTTGGTGGTGTTGAAATTGGCCCGCTTTGACCACAGGGTGGTTTGGGTGGGGGTGGCCCCG‑GTTGTCCGGGTG‑GCGGGATCGCCACGTCGCCAATTATTGTCCATACGGGgttttt > 2:550728/1‑150 (MQ=255) ataatGGCTGTTGTAACGGCGGTTATTATTTTAACTGATGCTGAAAGTGGCCCGCTTCCAACACAGGGAGGTTAGGGTGAGGGTGGCGCCG‑GTTGCACGGGTG‑GGGGGAACGCTACGTCGCCAATTATTTGCAATGCGGGgttttt > 2:639869/1‑146 (MQ=255) ataatGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCTGATGCTGAATGTGCCCCGCTTCGACCACAAAGAGTTCAGGGTGAGTGTGCCGCCG‑GTTTCACGGGTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAAATTATTGCCAATGCGGGgttttttc > 1:997202/1‑146 (MQ=255) ataatGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCTGATGCTGAAAGTGGCCCGCTTCGACCACAGTGGGTTTTGGGTGAGTGTGCCGCCC‑ATTGCACGGGTG‑TTGGCATCGCCACGGTGCAAATTATTGCCCATTCGGGgttttt > 1:644363/1‑146 (MQ=255) aatGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGAtt < 1:985378/151‑1 (MQ=255) atGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTa < 2:905023/151‑1 (MQ=255) cTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCTGATGCTGAAAGTGCCCAGCTTCGGCCACAGTGAGGTTAGGGTGAGTGTGGCGCCG‑ATTGCACGGGTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGGTTGCCAATGCGGGGTTTTTTCTTATTAAacc > 2:844402/1‑151 (MQ=255) ggcggTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACt < 1:742221/151‑1 (MQ=255) gcggTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACt > 1:558810/1‑150 (MQ=255) cggTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTa > 1:634535/1‑150 (MQ=255) ggTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTaaa < 1:537142/151‑1 (MQ=255) ggTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTaa > 1:955186/1‑150 (MQ=255) tcatcaTTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGc > 2:806063/1‑151 (MQ=255) gTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCg > 2:756354/1‑149 (MQ=255) | CGATATATTTTCCTGTATTGGCGTTGCTGTCGCCGTTGTTATAGCGCTGAATACCGGCCCGCAGGCCAAGCGAACCAAAGGTACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCG‑ATTGCACGGTTG‑TCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCG > NC_000913/307673‑307969 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |