Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,326,450 | 0 | T | G | 43.4% | 90.3 / 15.9 | 53 | G114G (GGT→GGG) | atoB | acetyl‑CoA acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/27); new base G (23/0); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGAAA > NC_000913/2326303‑2326598 | ggCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATg < 1:749058/151‑1 (MQ=255) gcgTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGaa < 2:547329/151‑1 (MQ=255) aCTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGAAAATATGAg > 1:399575/1‑150 (MQ=255) gTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTa < 2:754753/151‑1 (MQ=255) gTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTCCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAAAATGAGttt > 1:804562/1‑150 (MQ=255) aaGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAAAATGAGGTTTGccccc > 2:978926/1‑151 (MQ=255) gggCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCtact < 2:892944/151‑1 (MQ=255) tGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAATATGAGTTTAGCCCCCtacttact > 1:789291/1‑151 (MQ=255) cAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGTAAAAATGAGTTTTCCCCCCtacct > 1:596148/1‑143 (MQ=255) gAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTAAGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATg < 1:206035/151‑1 (MQ=255) aaCGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCa < 1:43571/151‑1 (MQ=255) ggTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCaaaa < 1:162572/151‑1 (MQ=255) gtgtGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCATGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAg < 1:569670/151‑1 (MQ=255) tgCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAAAATTAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCaaaa > 2:870845/1‑147 (MQ=255) ggATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGAAAAAATGAGTTTAGCCCCCTACATAATACATGCAAAAAAACGc > 2:286565/1‑150 (MQ=255) gATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGAAAATATGAGGTTAGCCCCCCACTTACTCGATGCAAAAACACGctc > 2:241345/1‑151 (MQ=255) cACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTgg < 2:333594/150‑1 (MQ=255) aCGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAAAATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGtt > 1:682511/1‑151 (MQ=255) ggTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGAAAAAAAGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAACACGCCCTGGTTAt > 1:583776/1‑151 (MQ=255) tCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAATATGAGTTTAGCCCCCCACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCg > 1:228815/1‑151 (MQ=255) cAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCg < 2:433414/150‑1 (MQ=255) cAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGAAAATATGAGGTTAGCCCCCCACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCg > 2:2150/1‑150 (MQ=255) aTAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGGTGGAAAAAATTAGTTTATCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAACACGCCCCCGGTATCGTCt > 2:242209/1‑151 (MQ=255) aTAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAATAAGGGTTTAGCCCCCTACCTACTCGACGCAAAAACACGCCCTGGTTATCGttt > 1:666905/1‑149 (MQ=255) aaaGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCtt < 1:281982/150‑1 (MQ=255) aaaGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTg < 2:925468/151‑1 (MQ=255) aGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAATATGAGTTTAGCCCCCTCCTTACTCGATGCAAAAACACGCCCTGGTTTTCGTCtt > 1:914199/1‑148 (MQ=255) tATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGGTGGGAAATATGAGGTTAGCCCCCCACTTAACCGAAGCAAAAACACGCCCTGGGTATCGt > 2:871471/1‑143 (MQ=255) ttCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGGTGGAAAAAAAGAGGTTAGCCCCCCACTTACTCGATGCAAAAACACGCCCTGGTTATCGTCTTGGGGACgg > 2:671690/1‑147 (MQ=255) ggTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGttt < 2:412663/151‑1 (MQ=255) tAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGa < 2:893909/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAAt < 1:645103/151‑1 (MQ=255) ggtgcTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTg < 1:226306/148‑1 (MQ=255) gcgcTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTgc < 1:1000624/151‑1 (MQ=255) tGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGGTGGGAAATATGAGGTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGGGAAGGACAGGGTTATGACGTAATCCTGcgcggt > 2:376804/1‑149 (MQ=255) ccgccCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATgg < 2:771707/151‑1 (MQ=255) ccAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAATATGAGTTTTGCCCCCCACCTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGGTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATTACGTAATTCTGCGCGAAGGcc > 1:265433/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGAAAAAATGGGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGAACGCCCTGGTTATCGTCTTGGAGAAGGACAGGGTTATTAAGTAATCCTGCGCGGTGGCCt > 2:198444/1‑150 (MQ=255) cAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGa < 1:154383/151‑1 (MQ=255) aGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGAt < 1:563396/151‑1 (MQ=255) aGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGAt < 2:372304/151‑1 (MQ=255) gCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGAtgt < 2:471729/151‑1 (MQ=255) aTTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGGAAATATGGGTTTAAGCCCCTACTTAATCCATGGAAAAGCACGCCCTGGTTATCGTCCTGGAGACGGAGAGGGTTATGACGTAATCCTGCGCGGTGGGCTGGTGTgcg > 1:208515/1‑151 (MQ=255) caggTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCa < 2:78873/151‑1 (MQ=255) caggTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGAAAAAATGGGGTTAGCCCCCCACTTACTCGATTCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGGGACGGACAAGGTTATTACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTTCGCCAccc > 2:329289/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGGATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTTCTCGATGCAAAAACACGCTCTGGTTATCGTCTTGGGGACGGACAGGGTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATg > 1:381920/1‑151 (MQ=255) gcgcAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATc < 2:774608/151‑1 (MQ=255) gcAGAGCATTGTGGCGGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCa < 2:838487/151‑1 (MQ=255) gCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATggg < 1:671765/151‑1 (MQ=255) ggggggTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTAccgcc > 1:129602/1‑151 (MQ=255) gggTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGaa < 1:376848/151‑1 (MQ=255) agTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGaa > 2:983037/2‑150 (MQ=255) gTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGaaa > 2:585258/1‑150 (MQ=255) | GGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGC‑GGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGAAA > NC_000913/2326303‑2326598 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |