| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 49.0% | 72.8 / 14.5 | 51 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/1); new base C (0/25); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGG > NC_000913/4378657‑4378948 | tCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑accgcc > 2:602256/1‑151 (MQ=255)tCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑ATTACCC‑T‑GATAAATT‑accgcc > 2:759644/1‑151 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑accgcc > 1:499622/1‑150 (MQ=255) gCAATAGCGTCGCCACCAACCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑accgccacc < 2:972362/150‑1 (MQ=255) cAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑accgccaccgc > 2:683396/1‑151 (MQ=255) gTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATAccc > 1:814009/1‑151 (MQ=255) gTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATAccc > 2:734220/1‑151 (MQ=255) gTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATAccc > 1:391647/1‑151 (MQ=255) tCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCg > 2:141746/1‑151 (MQ=255) ccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCt > 2:204777/1‑151 (MQ=255) cgcaataaattGTTTTGCTGCCCGACCCAAACAAAAACAATTTTTGTTGTGTGAGGGTTTGTTTTTGGGGGTTGCCCGCATA‑CCCCCGG‑TAAAAGAAAAAAG‑TTTCCCCTT‑AAAAAATC‑CCCCCCCCCGCCATACCCGGGATCTTttgtt < 1:783327/140‑1 (MQ=255) ccccATTAATTTTTTCGCTGCCCAACCCAAACAAAAAAAGCGTTGGTTGTGTGCGGGGGTTTTTTTTGGCGATCCCCGCACGCCCCCAGA‑AAAAGAAATAGGT‑TTTCCCG‑T‑AATAAATA‑CCCGCCCCCGCCATACCCGGGATCTTttgttg < 2:692850/149‑1 (MQ=255) cGCCAATAATTTTTTTCCTGCCCGAACATACCTCAAAAAACTTTTGCTGTGTGACGGGTTTTTTTTGGGCGATCTCCGCATCGCCCAAGA‑TAAAGTAA‑AAGG‑TTTTCCCTT‑AATAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCtttt < 1:387525/147‑1 (MQ=255) 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gtgtgCCGGGCTTTTTTTTGGCGATGCCCGCATACCCCCAGG‑‑AAAATAAAAAGGTTTTCCCC‑T‑AATAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgt < 1:6009/149‑1 (MQ=255) tgtgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCAGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGCAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg > 2:774400/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgc > 2:595069/1‑151 (MQ=255) tttttGGCGATGTCCCCACACCCCGAGT‑AAAAGTAATATGT‑TTTCCCT‑A‑AATAAATC‑CCCGCAACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAt < 1:583530/150‑1 (MQ=255) ttttgGGGGATGTCCGCATACCCCCAGT‑AAAAGAAAAAAGT‑TTTCCCC‑T‑AAAAATTT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCaa < 1:123504/148‑1 (MQ=255) tgggCGAGGCCCGAAAACCCCCAGA‑AAAAGTAATAGGT‑TTTCCCA‑T‑AAAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtgtg < 1:869698/148‑1 (MQ=255) cGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGc > 2:90673/1‑150 (MQ=255) cGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGc > 1:269511/1‑150 (MQ=255) tGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCa > 1:514181/1‑148 (MQ=255) tCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAgg > 2:796283/1‑151 (MQ=255) 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tttACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGtt > 2:239765/1‑151 (MQ=255) ttACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGttt > 2:133969/1‑151 (MQ=255) tttcccttaaTAATTT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtcg < 2:813928/140‑1 (MQ=255) tACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGtttt > 2:539597/1‑151 (MQ=255) t‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAAc > 1:158114/1‑150 (MQ=255) 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TCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑T‑GATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGG > NC_000913/4378657‑4378948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |