Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,472,600 | T→C | pseudogene (2084/3497 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,472,600 | 0 | T | C | 100.0% | 223.8 / NA | 60 | pseudogene (2084/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (29/31); total (29/31) |
GACTCGTTTGCATTTAGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGTAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAG > NC_000913/1472457‑1472746 | gACTCGTGTGCATGTAGCGTGCTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAGCGGCACGGTGGTGATTGCCGATCGGGTTAGGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATagca < 2:95088/151‑1 (MQ=255) cGTTTGCATTTAGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCg < 1:946420/150‑1 (MQ=255) cGTTTGCATTTAGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCg < 2:35680/150‑1 (MQ=255) gTTTGCATTTAGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGGTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGa > 1:892116/1‑150 (MQ=255) cATTTAGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTGACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGc > 2:848306/1‑150 (MQ=255) cATTTAGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCa < 2:783551/151‑1 (MQ=255) ttAGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGAGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGCAATGATCAAGCAGGGCGACAGCATCACTGTTGAAGGTATGAACGGCAACAACGACAACAGCAGCGAAGTGCAt > 1:796476/1‑149 (MQ=255) aGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATg < 2:533134/151‑1 (MQ=255) cGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGc < 1:46420/151‑1 (MQ=255) cTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACt > 1:387664/1‑151 (MQ=255) tACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACg > 1:343668/1‑151 (MQ=255) aCAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGt > 1:487254/1‑151 (MQ=255) aGTAGGTCATGTGGGTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTg > 1:209742/1‑151 (MQ=255) tAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGc > 2:205902/1‑150 (MQ=255) aGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGcc < 2:351445/150‑1 (MQ=255) tCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGAt > 2:659608/1‑151 (MQ=255) cATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGAt < 2:894401/150‑1 (MQ=255) aTGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGAtgt > 1:778715/1‑151 (MQ=255) ggTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCg < 1:743326/151‑1 (MQ=255) aacaacGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGATCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGc > 1:116109/1‑151 (MQ=255) caacGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGccc > 1:755726/1‑151 (MQ=255) acGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCa > 2:901251/1‑150 (MQ=255) cACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATAc > 2:242269/1‑150 (MQ=255) aCGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACgg > 1:891823/1‑151 (MQ=255) ggtggtGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGtt < 2:620654/151‑1 (MQ=255) gtggtgATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGtt > 2:999369/1‑150 (MQ=255) gtgATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAgtg < 1:897653/151‑1 (MQ=255) gCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGt < 2:521312/151‑1 (MQ=255) ccGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTc > 1:929278/1‑151 (MQ=255) cGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCg < 1:481711/151‑1 (MQ=255) ttACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGtg > 2:254277/1‑150 (MQ=255) aCGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCAACAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGtgatg < 2:275071/151‑1 (MQ=255) cGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGtgatga < 1:646908/151‑1 (MQ=255) gggTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAg < 1:60016/151‑1 (MQ=255) ttCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCt > 2:325847/1‑151 (MQ=255) tCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCtg > 2:836894/1‑151 (MQ=255) ggACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCtggtg < 1:878779/151‑1 (MQ=255) gACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATTCGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCtgg < 2:175310/148‑1 (MQ=255) gACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCtggtgg < 1:926743/151‑1 (MQ=255) gACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCtggtgg > 1:74724/1‑151 (MQ=255) gACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCtggtgg > 1:647172/1‑151 (MQ=255) cTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGgc > 2:457316/1‑150 (MQ=255) tCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGgcagca < 2:298341/150‑1 (MQ=255) aaGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATg > 1:251052/1‑150 (MQ=255) gACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTc > 1:225517/1‑150 (MQ=255) aCAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCaa < 2:778634/151‑1 (MQ=255) aTCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCt < 1:568942/151‑1 (MQ=255) cAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTAt > 1:930654/1‑151 (MQ=255) gTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATgtcg < 2:759626/151‑1 (MQ=255) gTATGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTAc < 1:576886/151‑1 (MQ=255) aTGAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCa < 1:457369/151‑1 (MQ=255) gAACGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCaa < 2:985527/150‑1 (MQ=255) aCGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGt < 2:776191/151‑1 (MQ=255) aCGATAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAAc < 2:486838/149‑1 (MQ=255) cGGTAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGtt < 1:572219/151‑1 (MQ=255) tAACAACGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAAc > 1:331326/1‑151 (MQ=255) aacaacGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACg > 2:683827/1‑151 (MQ=255) aacaacGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACg > 2:681216/1‑151 (MQ=255) aacaacGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACg < 1:581069/151‑1 (MQ=255) acGGCAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAg < 1:159928/151‑1 (MQ=255) | GACTCGTTTGCATTTAGCGTACTGGGTACAGTAGGTCATGTGGTTAACAACGGCACGGTGGTGATTGCCGATGGGGTTACGGGTTCTGGACTGATCAAGCAGGGCGACAGCATCAATGTTGAAGGTATGAACGGTAACAACGGTAATAGCAGCGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAG > NC_000913/1472457‑1472746 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |