| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,776,263 | 0 | T | G | 43.1% | 96.6 / 15.7 | 58 | V226G (GTG→GGG) | ydiF | putative acetyl‑CoA:acetoacetyl‑CoA transferase: alpha subunit/beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/28); new base G (25/0); total (30/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.35e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGCGATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCACCCTTG > NC_000913/1776116‑1776412 | aaGCGATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCa < 1:651217/151‑1 (MQ=255) gCGATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGGATTTTGATGATGCAGGGGccg > 2:333112/1‑148 (MQ=255) gATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGCA‑Gaa > 2:831644/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATg < 2:681070/150‑1 (MQ=255) aGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGTTGATTCAGGGGCA‑GAAAATgggt > 2:588597/1‑146 (MQ=255) gCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGcc < 2:697840/150‑1 (MQ=255) gCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCa < 2:957012/151‑1 (MQ=255) ccTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCAc < 2:553774/151‑1 (MQ=255) cATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCt < 1:395608/150‑1 (MQ=255) aTTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGGATTTTGATGGTGCAGGGGGA‑GAAAATGGGTaaaaaa > 1:717467/1‑141 (MQ=255) gcgcTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGGATTGTGATGATGCAGGGGGA‑GAAAAAGGGTTAAAAAACCACGCCGCCTcc > 1:264694/1‑151 (MQ=255) gcTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTa < 1:204894/151‑1 (MQ=255) tACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGTTGATGCAGGGGGA‑GAAAAAGGGTAAAAAAAACACGCCGGATCCCaa > 1:516859/1‑150 (MQ=255) gACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGGTGGTGCAGGGGCA‑GAAAAAGGGTAAGAAAACCACGCCGCATACCAAAACTTTCCGt > 2:685919/1‑150 (MQ=255) aCAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGCA‑GAAAATGGGTAAGAAAACCACGCTGCATCCTAAATCTGTcc > 2:749566/1‑147 (MQ=255) gTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTcc < 1:264981/151‑1 (MQ=255) tGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGATGCAGGGGCA‑GGAAATGGGTAAGAAAACCACGCTGCATccgatccg > 1:906588/1‑132 (MQ=255) tGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATc < 2:906603/131‑1 (MQ=255) ggCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATTATTGAGGGGCC‑GGAAATGGGTAAAAAAAACACGCTGCCTCCTAAAATTGTTCGTG‑TTTCggg > 1:734427/1‑149 (MQ=255) tACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTGGATGAAGGAAGGGCA‑GGAAAAGGGTTAGAAAAGCACGGCGCCTCCCAAATCTTTCCCGA‑TTTCggggttt > 1:747203/1‑146 (MQ=255) gCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGCC‑GAAAATGGGTAAGAAAGACACGCTGCATCCTTAATCTGTTCGTA‑TTCCGGGGTATCtg > 1:478235/1‑150 (MQ=255) gCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCA‑GAAAAAGGGTAAGAAAACCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCt > 2:741793/1‑149 (MQ=255) ccACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGCAGCAGGGGCA‑GGAAATGGTTAAGAAAGCCACCCTGCATCCTAAAACTTTCCGGA‑TTCCggggtttc > 2:763633/1‑142 (MQ=255) ttGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGata < 2:608188/150‑1 (MQ=255) tGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTTATGATGGAGGGGCA‑GAAAAAGGTTAAGAAAGACACGCTGCATCCTAAAACTTTCCCTG‑TTTCGGGTTATTtggggg > 1:547730/1‑146 (MQ=255) tGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCA‑GAAAATGGGTTAGAAAACCACGCCGCCTCCTAAATCTGTCCGTC‑TTTCGGGGTTTCTGGTGGGTAtt > 1:889565/1‑151 (MQ=255) gAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGGTGATGCAGGGGCC‑GAAAAAGGGTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTTTCCGTA‑TTCCCGGGTTTCTGGGGGGTAtt > 2:236526/1‑150 (MQ=255) gAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATtg < 1:17921/151‑1 (MQ=255) aaGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGCATTTTGATGATTCAGGTGCA‑GAAAATGGGTAAGAAAACCACGCTTCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATAtttt > 2:223170/1‑149 (MQ=255) gATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGGTTGAGGGGCA‑GAAAATGGTTAAAAAAGACACGCCGCATCCTAAAACTTTTCCTA‑TTTCGGGGTTTTTTGTGGGTAtttt > 1:507886/1‑147 (MQ=255) gATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTgtgg < 2:626572/151‑1 (MQ=255) gATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGa < 2:736515/150‑1 (MQ=255) gTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCg < 1:763616/151‑1 (MQ=255) cGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCa < 1:801055/150‑1 (MQ=255) gACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTTTTGTGATGATGGAGGTGCC‑GAAAAAGGGTAAAAAAGCCACGCTGCATCCTTAATCTTTTCGTA‑TTTCGGGGTATCTGGTGGGTATTTTGGTGGTCGAT‑CCGGCTCaa > 1:314100/1‑150 (MQ=255) gACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTGGATGATGGAGGGGGC‑GAAAAAGGGTAAGAAAACCACGCTGCATCCTAAATCTTTCCGTA‑TTTCGGGGTTTCTTGTGGGTATTGTGGGGGGCGCT‑TCGGATCaa > 1:905240/1‑150 (MQ=255) cGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCA‑GAAAAAGGTTAAGAAAACCACGCTGCATCCTAAAACTGTCCGGA‑TTTCGGGGTTTCTGGGGGGTATTGTGGTGGGCGAT‑CCGGATCAAAcc > 2:660873/1‑151 (MQ=255) aTTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCaa < 1:870829/151‑1 (MQ=255) tGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTTTTGTGATGATGCAGGGGCA‑GAAAAAGGGTAAGAAAGCCACGCCGCATCCTAAATTTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGGTATTGTGGGGGTCGGT‑CCCGGTCAAAcccca > 2:18691/1‑147 (MQ=255) ggTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGGATTGTGATGATGGAGGGGCAGGAAAAGGGTTAAAAAAG‑CACGCCGCATCCTAAAACTTTTCGCATTTCCGGGTT‑TTTGGGGGATATTGTGGGGGGGGGTCCCGGATCAAACCCa > 1:659794/1‑148 (MQ=255) ttATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGGTAAGAAAACCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGGTATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGt > 2:833588/1‑150 (MQ=255) cccAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCgg < 2:814076/151‑1 (MQ=255) cccAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCgg < 2:240440/151‑1 (MQ=255) gTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGCA‑GAAAAAGGGTAAAAAAAACACGCTGCATTCTAAATCTTTTCGTA‑TTTCGGGGTATCTGGTGGGTATTTTGGTGGGCGAT‑CCGGGTCAAACCCCACTTTTTGGCGGGGGA‑cccg > 1:943837/1‑149 (MQ=255) gCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGCA‑GAAAAAGGTTAAAAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTTCGGGGTATCTGGTGGGTATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGGTCAAACCCCACTGTATGGCGGGGGA‑CCgg > 1:103832/1‑149 (MQ=255) gCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGt < 2:951529/150‑1 (MQ=255) aTAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCg < 2:406423/151‑1 (MQ=255) aTAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGGA‑GAAAAAGGTTAAGAAAGCCACCCTGCCTCCTAAATCTGTCCGTA‑TTTCGGGGTTTTTGGTGGGTATTGTTGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCCACCGTATGGGGGGGCACCCGGTTAAc > 1:818267/1‑150 (MQ=255) aaCGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCt < 2:478245/151‑1 (MQ=255) aCGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCtt < 1:714123/151‑1 (MQ=255) cggTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTAtt < 2:30965/151‑1 (MQ=255) cggTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTAtt < 1:833572/151‑1 (MQ=255) ggTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTAttt > 2:215788/1‑151 (MQ=255) gatgatGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGAc < 2:473209/151‑1 (MQ=255) gatgCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACtt < 2:516870/150‑1 (MQ=255) atgCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTc > 2:821560/1‑150 (MQ=255) gTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCACCCTtg < 2:620834/151‑1 (MQ=255) gTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCACCCTtg < 1:18692/151‑1 (MQ=255) | AAGCGATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCA‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTA‑TTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGAT‑CCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCACCCTTG > NC_000913/1776116‑1776412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |