Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,903,692 | 0 | C | A | 43.8% | 93.8 / 52.6 | 64 | intergenic (+318/+1055) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/33); new base A (28/0); total (31/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACG > NC_000913/2903542‑2903841 | gTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAAc < 1:9449/151‑1 (MQ=255) tatTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTG‑T‑TAAAACACCCATT‑AAcc > 2:282599/1‑149 (MQ=255) tACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑TAAAACACTCATT‑AACCTC‑aaaaaa > 2:612232/1‑148 (MQ=255) tCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTG‑T‑AAAAACACTCATT‑AACCTC‑AAAACaaaaa > 2:795674/1‑147 (MQ=255) cGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACa < 1:90445/150‑1 (MQ=255) tGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGATTTT‑T‑AAAAACACACATT‑ATTCCC‑CACACAAAAACaaaa > 1:877110/1‑149 (MQ=255) gTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACt < 2:519006/150‑1 (MQ=255) gTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACt < 1:66907/150‑1 (MQ=255) ttAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTc < 2:127303/148‑1 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑AAAAACACACATT‑AAACTC‑aaaaaaaaaaaaaaaattcaaa > 1:725165/1‑142 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑At < 1:735981/151‑1 (MQ=255) gAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑Att < 2:103100/151‑1 (MQ=255) aaTAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑AAAAACACCCACT‑ATGCTC‑CAAAAAAAAAAAAACATTC‑CG‑Attt > 2:427793/1‑151 (MQ=255) tAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATT‑T‑AAAAAAACACCTT‑AAACTC‑AAAAAAAAAAAAAAAATCC‑CG‑Attt > 1:564201/1‑149 (MQ=255) gACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTG‑TAAAAAAAACTCATT‑A‑ACTC‑AAAACAAAAAAAAAccttcaaacttt > 1:674713/1‑134 (MQ=255) gACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATT‑T‑AAAAACACCCATT‑AACCTC‑AAAAAAAAAAAAAAATTCC‑AC‑ATttatt > 2:851488/1‑147 (MQ=255) aaTACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑TAAAACACACATT‑TTCCTCTAAAAAAAAAAAAAACTTcctagtttttaattaa > 1:341404/1‑136 (MQ=255) aaTACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAAc < 2:674335/151‑1 (MQ=255) aaTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑AAAAAAAAACATT‑ATCCTC‑AAAAAAAAAAAAAAAATTC‑AA‑ATTTATTTCTTAAACa > 1:387590/1‑147 (MQ=255) aaTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGa < 2:373648/151‑1 (MQ=255) tCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑TAAAACACACATT‑ATCCTC‑AAAAAAAAAACAAAAATTC‑AG‑ATTTTTTTATTAAACAATGaa > 2:431305/1‑150 (MQ=255) cGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATT‑T‑TAAAACACCCCTT‑AACCCC‑AAAAAAAAAAAAAAAATCC‑CGAATTTTTTATTTAACCaaaaa > 2:821272/1‑146 (MQ=255) cAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTa < 2:698205/150‑1 (MQ=255) aTTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTaaaa < 1:478618/151‑1 (MQ=255) tttCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑TAAAACACACATT‑TACCTC‑AAAACAAAAAAAAAAATCCAAA‑ATTTTTTATTTAACAAATAaaaaaaaaaataaaaa > 1:488503/1‑142 (MQ=255) cACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAatat < 2:903321/151‑1 (MQ=255) tAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATT‑T‑TAAAACACTCATT‑AACCTC‑AAAAAAAAAAAAAAAATCC‑CA‑ATTTTTTTCTTTAACAAAAAATAAAAAAATTaaaaaaaaaaat > 1:885437/1‑144 (MQ=255) aaGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTG‑T‑AAAAACACCCATT‑AATCTC‑AAAAAAAAAAAAAAACTCC‑CG‑ATTTTTTATTTTACCAATGAAAAAAAAACTTtaaaaaaaaaatttt > 2:207427/1‑142 (MQ=255) 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ggATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTG‑T‑AAAAACACACATT‑TTCCTC‑CAAAAAAAAAAAAAAATCC‑AC‑ATTTTTTTTTTTAACAAAAAAAAAAAAACTTAAAAAAAATAATG‑TTATTTTaaaaa > 2:732619/1‑148 (MQ=255) gATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑TAAAAAAAACATT‑TTCCTC‑AAAAAAAAAAAAAACTTTC‑CA‑ATTTTTTTCTTTAACAAAAAAAAAAAAACTTAAAAAAAATAATG‑Ttttttttaaaaa > 1:400188/1‑142 (MQ=255) gATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGaaa < 1:584951/151‑1 (MQ=255) atatCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑TAAAAAAAACATT‑TTACTC‑AAAAAAAAAAAAAAAATTC‑CG‑ATTTTTTTTTTAAACAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAAACTG‑TTTTTTTAaaaaaa > 1:845219/1‑150 (MQ=255) atatCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGaaaa < 1:427782/151‑1 (MQ=255) ttATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTa < 1:178917/150‑1 (MQ=255) aaGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑AAAAACACCCATT‑AGCCCC‑CAAAAAAAAACAAACTTTC‑AG‑AATTTTTTCTTTAACAATGAAAAAAAAACTTAAAAAAAAAAATG‑TTTTTTTTAAAAAAAAAATAAAAAGCAtt > 2:47817/1‑151 (MQ=255) aaGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTT‑T‑AAAAAAACACCAT‑AACCCC‑AAAAAAAAAAAAAAAATTC‑CG‑AATTTTTACTTTAACAAAGAAAAAAAAAACTAAAAAAAAAAAAA‑TTTTTTTAAAAAAAAAAATAAAAAGCAtt > 1:830725/1‑151 (MQ=255) aaGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCAt < 1:795658/150‑1 (MQ=255) aGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATT‑T‑TAAAAAAAACATT‑TACCTC‑AAAAAAAAAAAAAACTTCC‑AG‑ATTTATTAATTTAACAAAGAAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAATG‑TTTTTTTAAAGAAAAAAATAAAAAGCAtt > 1:235485/1‑150 (MQ=255) 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aTTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCaa < 2:510039/151‑1 (MQ=255) tcatcaACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCCTT‑TAACTC‑AAAACAAAAAAAAAATTTC‑CG‑ATTTTTTACTTTAACAAAAAAAAAAAAACTTAAAAAAAATAATT‑TTTTTTTAAAAAAAAAAATAACAAGCATTTATTTaa > 2:148809/1‑149 (MQ=255) tcatcaACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAat < 2:281932/150‑1 (MQ=255) atcaACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATAtt < 2:351213/151‑1 (MQ=255) atcaACAGCGTATAGAGGCGGGTAAGTT‑AAAACCA‑TCCAT‑ATCCTC‑CAAAAAAAAAAAAAATTCC‑AG‑ATTTTTTTATTTAACAACGAAAAAAAAACCTAAAAAAAATAATGTTTTTTTTAAAAAAAAAATAAAAAGGATTTAAttaataat > 2:471608/1‑145 (MQ=255) 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cGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTaa < 1:821256/151‑1 (MQ=255) ggTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTaaa < 2:387601/151‑1 (MQ=255) aTG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAAtt < 1:851471/150‑1 (MQ=255) aaaaCCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCtt < 1:612217/150‑1 (MQ=255) aaaaCCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTa < 2:341411/151‑1 (MQ=255) aaaCCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTa > 1:396297/1‑150 (MQ=255) aCCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACg < 2:845236/151‑1 (MQ=255) | GTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATG‑T‑AAAACCACTCATT‑AGCCTC‑AAAACAAAGACAAACTTCC‑AG‑ATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACG > NC_000913/2903542‑2903841 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |