Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,333,757 | 0 | T | G | 47.4% | 80.3 / 15.6 | 57 | G16G (GGT→GGG) | ispB | octaprenyl diphosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/25); new base G (27/0); total (32/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATGCGC > NC_000913/3333613‑3333905 | cATTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGtt > 2:418949/1‑148 (MQ=255) aTTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAGCCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTa < 2:114150/148‑1 (MQ=255) tttCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCgg < 2:646164/150‑1 (MQ=255) ttCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTAAT‑TCgg > 2:460351/1‑149 (MQ=255) aaTCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTAT‑GTGGCAAACCtt > 2:424650/1‑149 (MQ=255) aaTCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GCgggcaaccttt > 2:905780/1‑141 (MQ=255) ccTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑ACGGCCAACCCTTagca > 2:768796/1‑148 (MQ=255) ccTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTcc < 2:942351/150‑1 (MQ=255) aaCCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTAT‑GTGGGAAACCCTTTTCAG‑CTTAAtttccac > 2:555554/1‑145 (MQ=255) cATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑TAGGCAAACCCTTGGCAG‑CCTaaattctcccgcc > 2:736052/1‑140 (MQ=255) aTAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GCGGCAATCCTTTAGCAG‑CTTAAtttccccggcc > 2:322364/1‑141 (MQ=255) ccTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGagca < 1:81485/127‑1 (MQ=255) aaGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGatc < 2:308344/149‑1 (MQ=255) aGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GAGGGCAACCTTCAGCAA‑CTCAATTTCTACGGCCCAATGa > 1:105288/1‑146 (MQ=255) ccTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTAT‑TCGGGGATCCCTTAGCAG‑CCTTATTTCCACGTCCCACTGATCCATCAAtt > 2:144099/1‑151 (MQ=255) tttGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTc < 1:298112/125‑1 (MQ=255) tttGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTAT‑TGGGGAAACCTTTTGCAG‑CTTTATTTCCACGTCCCACCTATCAAACAAtt > 1:848280/1‑149 (MQ=255) gTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGc < 1:122620/150‑1 (MQ=255) ttCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAAT‑GTGGCAAACCTTTTGGAG‑CGTAATTTCGACGGCCCAATTATCAATCAATTAgg > 2:305507/1‑148 (MQ=255) gTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTAT‑GCGGCAATCCTTTAGCAG‑CTTTATTTCCACGTCCCACAGATCAATCAATTAGGCGAtt > 2:764940/1‑147 (MQ=255) tAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GCGGGAATCCTTTTGCAG‑CTTTATTTCGACGGCCAAATGATCAAACAATTAGGCTATTACATAGt > 2:54620/1‑148 (MQ=255) aaTCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAg < 2:752060/150‑1 (MQ=255) aTCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgcg < 1:261068/151‑1 (MQ=255) tCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTAT‑GCGGGGAACCTTTTGCAG‑GTTTATTTCTGCGTCCCACCAatcaaaacattatggt > 1:791366/1‑124 (MQ=255) ggggCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgcggcg < 1:18388/151‑1 (MQ=255) gggCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAAT‑GGGGGGAACCCTTAGAAG‑CCTAATTTCCACGTCCCACTGATAAAACAATTAGGCTATTACATTATCAgcggcgg > 1:238427/1‑151 (MQ=255) cGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGcggcggcgg < 1:362516/151‑1 (MQ=255) cGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGGTAAT‑GAGGCAATCCCTTAGCAGCCTTAATTCC‑ACGCCCCCCAGATCTATCAAATAGGCTATTTCATACTCAGccgcggcgg > 1:187734/1‑151 (MQ=255) gAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAAT‑GCGGCAATCCTTTAGCAG‑CCTAAATTCCACGTCCCCCTCATCAAACATATAAGCTTTTTTAACTTCAGcggcggcgg > 1:843611/1‑150 (MQ=255) gAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAAT‑GCGGCAAACCTTGAGCAG‑GTTTATTTCCACGTCCCACTGATCAAACAGATAGGGTATTTAATCGTCAGcggcgggggg > 1:434554/1‑150 (MQ=255) gAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GAGGGAATGATTTGGGAG‑GCTAATTTTGACGACCCACTTATTAAACATTTATGGTTTTACATATTTAGcggtgggggg > 1:749192/1‑150 (MQ=255) aaaaGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GTGGCAAACCTTTTGCAG‑CTTTATTTTCACGTCCAACTTATCAATTAGTTAGGGTATTTAATTGTCAGcgggggggg > 2:588375/1‑149 (MQ=255) aaaGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGGTTAT‑GCGGGAAACCTTTTGCAG‑CCTTATTCCCACGTCCCAATGATTAAACAGTTAGGGTATTTCATCCTCAGcggcggcgg > 2:611714/1‑148 (MQ=255) aGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAAc < 2:40530/151‑1 (MQ=255) ggCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTATAGGGGCAA‑ATTTTTGCAG‑CGTTATTTTCACGTCCCACTCATCAAACAAATAGGGTATTTTATCGTCTGcggggggggg > 1:96992/1‑141 (MQ=255) ttttGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGGTGAT‑ACTGGAAAACTTTAAGAG‑CATAATTTCGACGTCCCACTTATCAATCAAGTAGGGCATTATATACTTAGcggcgggggg > 1:550627/1‑138 (MQ=255) tttGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GCGGCAAACCTTTAGCAG‑CTTTATTTCCACGGCCCACTCATCAATCAATTTGGGTATTAAATCCTCAGCGGCGGCGGGGAAAGTAtt > 2:59417/1‑147 (MQ=255) aTTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGc < 2:696883/151‑1 (MQ=255) aGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTa < 1:424639/151‑1 (MQ=255) gAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTAc < 1:219214/151‑1 (MQ=255) aaaaaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTAT‑TCGGCAAACCTTTTGCAG‑CTTTATTTCGACGGCCCACCGATCAAATAGTTTGGCTATTTCAACGTTAGCGGCGGGGGGAAAAGGAATCGTCCGGTGGTTTCtttt > 2:411920/1‑146 (MQ=255) aaaaaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑TCGGCGAACCTTTCGCAG‑CCTAATTTCCACGGCCAACAGATCAATCAGTTAGGATATTATATAGTCAGCGGCGGGGGGGAAAGGATTTGTTCCGTGATTGATGTaa > 2:882868/1‑149 (MQ=255) aaaaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GCGGCAAAACCTTAGAAA‑CTTAATTTTTACGGCCCACCGCTCAATTAATTATGCTATTTTAACGTCAGCGGCGGGGGGGAACGGAttttttcggtggtt > 1:811022/1‑130 (MQ=255) cAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGc < 2:152294/150‑1 (MQ=255) aGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTTT‑TCGGGCATCCTTTGGGCG‑GTTAATTTCCACGTCCCACTGATCAAACAGGTTGGGTATTTTATTCTCAGCCGCGGCGGGAAAAGCATTTTTCCCCTGGTTTCTGTAATGGCTGCACg > 2:906962/1‑148 (MQ=255) ttAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTTAT‑GGGGGAAACCTTGAGCAG‑CTTTATTTCGACGGCCAACAGATCAATCAATTTGGCTATTACATCTTCAGCGGCGGGGGGGAACGGATTTTTCCGAAGATTGTTGTACTGGGTGCCCGAGGTg > 2:654812/1‑151 (MQ=255) ccGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTgg < 1:418938/151‑1 (MQ=255) cgcgCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGc < 2:811038/151‑1 (MQ=255) gcgcAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCt < 1:768780/151‑1 (MQ=255) cgcAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTa < 2:849848/151‑1 (MQ=255) aGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAg < 2:364877/151‑1 (MQ=255) atGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGaa < 1:820633/151‑1 (MQ=255) atGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGaa < 1:305502/151‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGaa > 1:449436/1‑150 (MQ=255) ggCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAAt > 1:850897/1‑151 (MQ=255) gggTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATgc < 2:791382/150‑1 (MQ=255) ggTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATgcgc < 2:155114/151‑1 (MQ=255) | CATTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAT‑GCGGCAATCCTTGAGCAG‑CTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATGCGC > NC_000913/3333613‑3333905 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |