Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,813,272 | 0 | C | T | 43.4% | 37.9 / 31.0 | 54 | S181L (TCG→TTG) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenoylcysteine synthetase, FMN‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/24); new base T (23/0); total (30/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGT > NC_000913/3813129‑3813408 | cACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTc < 2:187808/151‑1 (MQ=255) cGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCaa < 2:635880/151‑1 (MQ=255) gcagcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTc < 2:704743/148‑1 (MQ=255) agcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAACg > 2:177550/1‑150 (MQ=255) tAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGAGCATTTTTTGCCCCTCAAcca > 1:465509/1‑145 (MQ=255) aaTTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTCCCCCTCAACGAcc > 1:472943/1‑148 (MQ=255) cttCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTTCCCCCCCACGACCTGAAACATCTGAAAATTAt > 1:418423/1‑151 (MQ=255) tCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAACGAACTGAAAAATCTGAACAtt > 2:718553/1‑147 (MQ=255) tCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTAt < 2:322843/149‑1 (MQ=255) tCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATg < 1:536610/150‑1 (MQ=255) cccGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCGTCAACGACCTGGAACATACGAACATTTTggt > 2:406628/1‑149 (MQ=255) cccGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGAt < 1:612638/151‑1 (MQ=255) gTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGGGCACTTTTTTCCCCGCAACGACCTGAAAAAACTGAACATTAt > 1:645302/1‑145 (MQ=255) tGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGGATTTTTTGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACAATATGATTAcc > 2:854671/1‑151 (MQ=255) tGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCCGCAACGACCCGAAACATCTTAACATTATGATTAcc > 2:67253/1‑151 (MQ=255) ggTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTAcc < 2:905474/150‑1 (MQ=255) tttGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCATTTTTGCCCGCCAACGACCTGGAACAACTGAACATTATGATTaacccc > 1:110684/1‑146 (MQ=255) tCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCCCCGGccc > 2:536707/1‑151 (MQ=255) tCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGCGCATTTTTTGCCCGCCAACGACCCGAAACATCTTAACATTATGATTACCGCCGGccc > 1:740727/1‑151 (MQ=255) aTCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCg < 2:422368/150‑1 (MQ=255) gggggCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGAc < 1:911948/148‑1 (MQ=255) gggCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTg < 2:127264/151‑1 (MQ=255) ggCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTCGCCCGCCAACGACCTGGAACATCTTGACATTATGATTACCGCCGGCCCGTCGCGTg > 2:555101/1‑150 (MQ=255) ggCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCCCCCGGCCACGACCTGAAACATCTGAAAATTATGATTACCGCCGGCCCgccccgcg > 1:41466/1‑143 (MQ=255) ccAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAGCATTATGTTTACCGCCGGCCCGACGCGTGAAc < 1:558244/151‑1 (MQ=255) tGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAACGACCCGAAACATCTGAACATTATAATTACCGCCCGCCCGCCCCGTGAAACGCCCg > 1:272788/1‑149 (MQ=255) cAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGGACTTTTTGCCCCGCAACAACCCGAAAAAACTGAACATTTTGATTACCGCCCGCCCGCCGCCCGAACCCCCCCATcc > 2:663949/1‑150 (MQ=255) aGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAACGACCTTAAACATCTTAACATTATGATTAACGCCGGCCCGCCGCGGGAACCGCCCCATCCgg > 1:484274/1‑151 (MQ=255) gTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGt < 2:296320/151‑1 (MQ=255) ggCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCGCCCACGACCCGAAAAAACTGAACATTTAGATTACCGCCGGCCCGACGCGGGAACCCCTCGATCCgggg > 1:315421/1‑146 (MQ=255) ttGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAAAATCTGAACATTATTATTACCGCCGGCCCGACGCGGGGACCGCTCGATCCGGTGCGGta‑t > 2:19230/1‑151 (MQ=255) ggtgATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAAAGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTAACGCCGGCCCCACGCGTGAACCGCCCGATCCGGTGCGTTA‑TAtct > 2:962999/1‑151 (MQ=255) ggtgATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TAtc < 1:422732/150‑1 (MQ=255) gtgATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGGGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TAtctc < 1:691965/151‑1 (MQ=255) gATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATg < 2:423117/99‑1 (MQ=255) ggTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAACCATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATcaca < 1:250331/151‑1 (MQ=255) cTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGc < 2:172936/149‑1 (MQ=255) tGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGGCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCCACGCGGGAACCGCCCGATCCGGGGCGTTT‑TTTCTCTAATCACAGCTcc > 2:934524/1‑151 (MQ=255) aaTGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAg < 2:839343/151‑1 (MQ=255) gCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGAt < 2:561321/150‑1 (MQ=255) gCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGAt < 1:704168/150‑1 (MQ=255) cGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATggg < 1:177550/150‑1 (MQ=255) gATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCCTCCAAGACCTGAAAAATCTGGACATTATGATTACCGCCGGCCCCACGCGTGAACCGCCCCATCCGGGGCGTTA‑TATTTCTAATCACACCTCCGGCCAGATggggt > 1:603949/1‑149 (MQ=255) tCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTTGCGCTTTTTTAGCACCGCAAAGAACTGGAAAAGCTGAACATTAAGATTAACTCCGGGCCGGCGCCGGAACCGCTCTATCCGGGGCCTTATTTTCTTTAA‑CACAGGGCCGGGAAGAGGGGgttt > 2:907798/1‑151 (MQ=255) tCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCCCCCACGACCTTAAACATCTTAACATTATGATTAACGCCGGCCCCACGCGGGAACCGCTCCATCCCGGGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCCAGATGGGgttt > 1:587908/1‑151 (MQ=255) cGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCCCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGgttt > 2:530893/1‑149 (MQ=255) ttAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGTCAACGACCTGGAAAATCTGAAAATTATGATTAACCCCGGCCCGACGCGTGAACCGCCCGATCCGGGGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGgttt > 1:462519/1‑147 (MQ=255) ttAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCCTCAACGACCTGAAAAATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGGGAAACGCTCGATCCGGTGCGTTT‑TATATCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGgttt > 1:624015/1‑147 (MQ=255) aaCCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATc < 1:401813/151‑1 (MQ=255) aCCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAAAGACCTGAAAAATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGGAACGCCCGATCCCGGGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCCAGATGGGGTTTTCTAt > 2:606266/1‑149 (MQ=255) tgGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATccccgccgc > 2:224024/1‑151 (MQ=255) ggCGGTAGCGCATTTTCCCCCCGTCAACGACCTAAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCt < 1:854654/148‑1 (MQ=255) gCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGccc > 2:7894/1‑151 (MQ=255) ggTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCcgt < 1:67254/151‑1 (MQ=255) | CACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTA‑TATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGT > NC_000913/3813129‑3813408 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |