| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,536,197 | 0 | A | T | 43.6% | 35.4 / 41.0 | 39 | intergenic (+166/+417) | yjhR/nanS | pseudogene, helicase family; putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/17); new base T (17/0); total (22/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCC > NC_000913/4536063‑4536345 | taAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTGTAATTGAaaaaaa > 1:518380/1‑149 (MQ=255) cATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaagcaa < 2:130571/151‑1 (MQ=255) tttACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTTGTATTAAAAAAAATgcaaaaaaaaa > 1:319066/1‑142 (MQ=255) gTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATg < 1:730660/150‑1 (MQ=255) gACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTTGTATTAAAAAAAAAAAAAACAATGATATAAT‑AAAAGTCT‑AAttt > 1:56524/1‑151 (MQ=255) aCTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTc < 2:468075/151‑1 (MQ=255) tttCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTTCTTTTTGGAATGAAAGAAAAATGAAGCCAAAATAAAAT‑AAAAGCCTCAATTTCt > 2:773992/1‑151 (MQ=255) tttCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCTTTTTTGGATGAAAAAAAAAGCCAACAATAATATAAT‑AAATGGCT‑AAtttttt > 2:86952/1‑151 (MQ=255) cGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGaa < 1:906677/151‑1 (MQ=255) aTTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAAcatcat < 2:607894/151‑1 (MQ=255) aTTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAAcatcat < 2:10277/151‑1 (MQ=255) cGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTTGAATTAAAAAAAAAGCAAACAATAAAATAAA‑AAAAGGCT‑AATTTTTTTTAACATCATTaa > 1:155199/1‑150 (MQ=255) cGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCCTTTTTGTATGTAAAAAAAAACAAGAAAAAATATAAA‑AAAAGGCC‑AACTTCtttttaca > 2:109908/1‑138 (MQ=255) cTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTTGAATGAAAAAAAAAGCAAGCAATAAAATAAA‑AAAAGGCT‑AATTTTTTTTTAAATCATTAAGAata > 1:255657/1‑147 (MQ=255) ccTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTTTGAATTAAAAAAAAAACAAGCAATAATATAAA‑AAAAGCCT‑AATTTTTTTTTAAATAATTAAACata > 1:822387/1‑143 (MQ=255) ccTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATatcatcatc < 1:905191/151‑1 (MQ=255) ccTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATatcatcatc < 1:13180/151‑1 (MQ=255) ccTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATatcatcat < 1:840260/150‑1 (MQ=255) tataAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTa < 1:557222/150‑1 (MQ=255) tCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCTTTTTTGTATGAAAAAAAAAAAAAACAATAAAATAAT‑AATTGCCT‑AATTTTTTTTTAAATCATTAAGCATATTATCATCGTCTAttttt > 1:407012/1‑147 (MQ=255) tATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCa < 1:623179/148‑1 (MQ=255) tGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATc < 1:596818/150‑1 (MQ=255) ttACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGt < 1:759615/150‑1 (MQ=255) aCCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTTTGAATGAAAAAAAAAGCAAGCAATAATATAAT‑AATAGCCT‑AATTTTTTTTAAAATCATTAAACATAACATCATCGTCTATTTTCCAGAATCCGTc > 2:397758/1‑149 (MQ=255) tttCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTGGAAAGAAAGAAAATGCAAGCAATAATAAAAA‑AATAGCCC‑AATTTTTTTTAACATAATTAAGACTATCATCATTGACTATTTGCCAGAATCCGTCGACCTATaa > 2:684757/1‑148 (MQ=255) tttCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGCTTTTTTGAATTGAAGAAAAAGCAAAAAATAAAATAAA‑AAAAGACT‑AATTTTTTTTTAAAACATTAAGAAAATAATCATCGTCTATTTTTCACAATCCTCCGACtttt > 1:523783/1‑144 (MQ=255) tCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGGTTTTTTGGATTGAAGAAAAAACAAGCAATAAAATAATAAATGGCTT‑ATTTTTTTTTAA‑AACATTTAAAAAAATATCATCGTCTTTTTTTCAAAATTCGTCGACTTTTaa > 1:329407/1‑146 (MQ=255) tGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGGGTTTTTGGAATGGAAGAAAAAGGAAGCAAAAATATAAT‑AATAGCCT‑AATTTTTTTTTAAAACAATAAACAAATTATCATCCTCTATTTTTCAGAATCCGTCGGCTTATAATAGcccaaa > 1:438021/1‑146 (MQ=255) ccTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTTGAATGAAAGAAAAAGCAAGAAAAAAAATAAT‑AAAAGGCT‑AATTTTTTTTAACAACATTAAACATATCATTATCGTCTATTTTTCAGAAACCGTCGACTTATAAAATCCCGAAAGGCATATCAgg > 1:181642/1‑151 (MQ=255) ccTGGGATTAATGGCGGGTGGTTTTTTGAAAGAAAAAAAAAGCAAGAAATAATATAAA‑AAAAGCCT‑AATTTCTTTTAAAATCATTAAACAAATCATCACCGTCTTTTTTCCAGAATCCCTCGACTTATAAACCCCAAAACGGCGTATc > 2:118851/1‑148 (MQ=255) gggATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGa < 2:550177/149‑1 (MQ=255) tAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGtgc < 1:109910/150‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCg > 2:107928/1‑151 (MQ=255) gggTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACg > 1:434479/1‑151 (MQ=255) ggTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGc < 2:255660/151‑1 (MQ=255) tGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCtg > 2:68285/1‑151 (MQ=255) gCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCtg < 2:319072/150‑1 (MQ=255) tttAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGc > 2:476517/1‑151 (MQ=255) ttAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGcc > 2:89288/1‑151 (MQ=255) | TAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCC > NC_000913/4536063‑4536345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |