Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 775,709 | 0 | T | C | 42.3% | 62.7 / 19.9 | 52 | I186T (ATC→ACC) | tolQ | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/12); new base C (0/22); total (18/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.81e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCC > NC_000913/775561‑775854 | aGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTAt > 1:523772/1‑149 (MQ=255) cccGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCg < 2:756625/151‑1 (MQ=255) atatTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGt < 2:634466/151‑1 (MQ=255) atTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGtt < 1:229938/150‑1 (MQ=255) atTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCGTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTa < 1:206142/151‑1 (MQ=255) tGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTAt < 2:623735/150‑1 (MQ=255) gTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TAc > 2:799869/1‑151 (MQ=255) ggTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAAcc < 1:138683/151‑1 (MQ=255) ggTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAAcc < 1:908237/151‑1 (MQ=255) tCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTc > 1:528817/1‑149 (MQ=255) tCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCCATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTc > 1:884092/1‑149 (MQ=255) cGCTTTTATCGCCCTGGGGGGGGAAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTACCGCAGAAGCGTTGATGGCGACTGCAATTGGTCTGTTGGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTa < 1:945377/145‑1 (MQ=255) tttATCGCCCTGGGGGCGATAAAAAAAACAACACTTAAAATGTTTCCGCCC‑GGTTCCCGAGAGGGGTTGATTGCTCCTGCATTTGGTCTGTTTGCCGCAACCCGGGCAGTTAGGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTg < 1:129010/150‑1 (MQ=255) tttATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTgg > 1:774003/1‑151 (MQ=255) tttATCCCCCTGGGGGCGGTAAAACAAGCAACCCTGCAATTGTTTGCCCCC‑GTTACCGCAGACGTTTTGATTCCCACTGCAATTGGTCTTTTGCCCGCTACCCCGCCTTTTAGGCCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTaaacaaac < 1:53695/148‑1 (MQ=255) ttACCGCCCTGGGGGAGTTAAAACACACAACCAGGAAAGTGTTGGCGCCC‑GGTATCACAGAAGCCTTGTTTGCATATGCATTTGGTGTTTTGCCCGTTACCCCGGCAGTTAGGGCC‑TAAAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTgg < 1:93643/150‑1 (MQ=255) cGCCCTGGGGGCGGTAAAACAAGCACCACGGAAAATGGTTGCCCCC‑GGTATCGCAGAGGGGTTGATTGCGCCTGCAATTGGTTTTTTTGCCGTTACCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACt < 1:395402/150‑1 (MQ=255) ccgcgggggagaaaaaaaAGAAACACTGCAAATGG‑TCCGCCCGGGTACCCCAGAAGCGTTGATTGCGATTGATGTTGTTCTGTTTCCCGTAACCCCGATAGTTATGCCC‑AACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAAt < 1:272449/139‑1 (MQ=255) ggggggtaaaaaCAAGCAACCCTGAAAATGGTTGCGCCC‑GGTACCGCAGAAGCTTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTACCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTAc < 2:36522/142‑1 (MQ=255) cGGAAAAACAAACATCCCGGCAATTGTTTGCGCCC‑GTTTTCGCAGAAGCGTTGTTTGGGACTGCATTTGGTTTGTTCCCCTTTCCCCCGTTAGTTTTGACC‑TAAAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACaa < 1:764290/151‑1 (MQ=255) ggTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAAc > 2:362610/1‑151 (MQ=255) cAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATgg > 1:651263/1‑151 (MQ=255) tGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTAc > 1:667202/1‑151 (MQ=255) aaaTGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACcgc > 1:517949/1‑151 (MQ=255) aaaTGGTGGCCCCC‑GGTACCGCAGAGGCGTTGATGGCGCCTCCAATTGGTCTTTTTGCCGCTACCCCGGCAGTTTTGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACcg < 2:627137/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCC‑GGTCTCGAAGAAGCTTTGTTTGCGCCTGAATTTGGTCTTTTTGCCGCTACCCGGGAGGTTAGGCCC‑TAAAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGa < 1:345387/149‑1 (MQ=255) ggTTGCCCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTTTTTGCCGCTATCCCGGCATTTATGGCC‑TAAAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGAtt < 2:353119/151‑1 (MQ=255) gcgcCC‑GTTATAGCAGAAGGGTTGTTTGCGACTGCATTTGGTCTTTTGCCCGCTACCCCGGAAGTTATGGCT‑TAAAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGc < 1:326979/151‑1 (MQ=255) ccccc‑GGTGCCGCAGAAGGGTTGATCGGGACTGAAATGGGTCTTTTTGCCGCTACCCCGGGAGTTATGCCC‑AACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGCCAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCt < 2:619282/146‑1 (MQ=255) ccccc‑GGTATCGCAGAGGCTTTGATTGCGACTGCATTTGTTCTGTTTGCCGCTATCCGGGAATTTATGCCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCt < 1:27686/146‑1 (MQ=255) c‑GGTATCACAGAAGCGTTTATTGCGACTGAAATTGGTTTGTTTGCCCCTACCCCGGCAGTTATGTCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCt < 1:807047/144‑1 (MQ=255) ggTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGcc > 2:600755/1‑151 (MQ=255) ggTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGcc > 2:631767/1‑151 (MQ=255) tATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGcc > 2:605363/1‑149 (MQ=255) cGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCg > 1:329358/1‑151 (MQ=255) aaGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTAc > 1:624840/1‑151 (MQ=255) gtgTTGATTGCGACTGCATTTGTTTTGTTTGCCGCTACCCCGGCGTTTATGGCC‑TAAAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTAcc < 1:946855/148‑1 (MQ=255) gtgTTGATTGCGACTGAATTGGGTCTGTTTCCCGTTACCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCg < 2:867737/149‑1 (MQ=255) ttGCGACTGCAATTGGTTTGTTTGCCGCTACCCGGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGc < 2:46308/149‑1 (MQ=255) ttGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCg > 1:40432/1‑150 (MQ=255) gACTGAAATTGGTCTGTTGGCCGCTACCCCGGCAGTTAGGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCga < 2:474686/147‑1 (MQ=255) aCTACAATTGGTCTTTTCGCCGCTACCCCGGTATTTAGGGCC‑AACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCga < 2:841825/146‑1 (MQ=255) aaTTGTTCTTTTGCCCCCTACCCCGGCAGTTATGCCC‑TACACCCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGcaaca < 2:756287/149‑1 (MQ=255) aaTTGGTCTTTTTCCCCCTACCCCGGAATTTATGCCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGcaaca < 2:651278/149‑1 (MQ=255) ttGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAggg > 2:628991/1‑151 (MQ=255) ttGGTCGTTTTGCCGCTACCCGGGCATTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGcaacaa < 1:799853/148‑1 (MQ=255) tgggTTTGTTGCCCGCCCTCCGGGAAGTAATGGCA‑AACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAgg < 1:511187/148‑1 (MQ=255) tGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAgggg > 2:262986/1‑151 (MQ=255) ggTCTTTTTGCCGTTTTCCCGGATTTTTGGGCC‑TAAAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAgggg < 2:528828/150‑1 (MQ=255) ggTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGt > 2:653578/1‑151 (MQ=255) tttttttGCCGTAACCCGGGCTGTT‑TGGCCATACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAgggg < 2:523783/144‑1 (MQ=255) tGTTTGCCGCTACCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTa < 2:175555/148‑1 (MQ=255) cTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGcc > 1:486361/1‑149 (MQ=255) | AGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCC‑GGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCC‑TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCC > NC_000913/775561‑775854 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |