| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,168,895 | C→T | intergenic (‑63/‑178) | ycfQ ← / → bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,168,895 | 0 | C | T | 96.4% | 198.1 / ‑1.1 | 56 | intergenic (‑63/‑178) | ycfQ/bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (20/34); total (21/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
CCTTATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACAC‑ATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTT > NC_000913/1168751‑1169040 | ccTTATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACAC‑ATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTcc > 2:44680/1‑151 (MQ=255)ccTTATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACAC‑ATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTcc > 1:146892/1‑151 (MQ=255) tATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACAC‑ATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTcc > 2:686261/1‑148 (MQ=255) tATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACAC‑ATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCa < 2:821433/149‑1 (MQ=255) tATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACAC‑ATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAg < 1:480721/150‑1 (MQ=255) aTCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACAC‑ATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGa < 2:930393/150‑1 (MQ=255) aGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTT‑CACAATTGGGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCAGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATcc > 2:747129/1‑149 (MQ=255) cgGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACAC‑ATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATaaa < 2:689220/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |