Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,410,240 | Δ1 bp | intergenic (+289/‑40) | prmA → / → dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,410,240 | 0 | T | . | 93.3% | 240.3 / 14.5 | 60 | intergenic (+289/‑40) | prmA/dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base . (34/22); total (37/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 |
GTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACGAGATGGGAGCCGGAT > NC_000913/3410096‑3410385 | gtgtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑Acgccgc < 2:8261/151‑1 (MQ=255) gtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCt > 1:1071610/1‑151 (MQ=255) gtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCt < 1:295586/151‑1 (MQ=255) 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aaTATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCAtt < 2:768930/149‑1 (MQ=255) aaTATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCAt < 2:561646/148‑1 (MQ=255) aaTATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTc > 2:720389/1‑151 (MQ=255) atgatgATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTa < 1:518469/151‑1 (MQ=255) gatgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAAc > 2:174946/1‑151 (MQ=255) gatgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAAc > 2:630622/1‑151 (MQ=255) atgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAAc < 1:85295/150‑1 (MQ=255) atgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACt > 1:486487/1‑151 (MQ=255) atTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCAt > 1:500756/1‑151 (MQ=255) ttATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATgcgc > 1:602448/1‑151 (MQ=255) 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ccacGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTc > 1:806295/1‑151 (MQ=255) gCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGa > 1:595210/1‑150 (MQ=255) gCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGa > 1:537055/1‑150 (MQ=255) aTTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCg < 1:861425/151‑1 (MQ=255) ttttAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGc > 1:380027/1‑151 (MQ=255) aaTGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCAGAt < 2:378047/151‑1 (MQ=255) ttCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAgcg > 1:924050/1‑151 (MQ=255) ttCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAgcg > 1:665302/1‑151 (MQ=255) tttGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGccc > 2:319892/1‑151 (MQ=255) ttGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGccc > 1:1001495/1‑151 (MQ=255) 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ggATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTacag < 2:1124970/151‑1 (MQ=255) gATTAGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTac > 2:113099/1‑148 (MQ=255) ttGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTacagac > 1:791470/1‑150 (MQ=255) aaGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCAt < 1:381599/127‑1 (MQ=255) aaGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCAt > 2:381588/1‑127 (MQ=255) tttGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCg > 1:555502/1‑151 (MQ=255) tttGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCg > 2:206395/1‑151 (MQ=255) ggCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGAc < 1:203372/151‑1 (MQ=255) cTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGtt > 2:373864/1‑151 (MQ=255) tttCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTtg > 2:758247/1‑151 (MQ=255) ttCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTtg < 2:1098304/150‑1 (MQ=255) cATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTtgtg < 2:271507/150‑1 (MQ=255) cATCTCGCGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCAGGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTtgtg > 2:271529/1‑150 (MQ=255) aTCTCGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCt > 1:449670/1‑151 (MQ=255) tcGTGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACg > 1:211337/1‑151 (MQ=255) tGCAAAAAATGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACg > 2:1041919/1‑148 (MQ=255) aaaaaaTGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACGAGATgg < 2:602434/151‑1 (MQ=255) aaaaaTGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACGAGATggg > 1:972929/1‑151 (MQ=255) aaaaaTGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACGAGATggg > 2:407895/1‑151 (MQ=255) aaTGCGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACGAGATGGGAGc > 2:93285/1‑151 (MQ=255) cGTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTAGGACGTTGTGCTACGAGATGGGAGCCg > 2:939258/1‑149 (MQ=255) gTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACGAGATGGGAGCCGGAt > 2:149547/1‑151 (MQ=255) gTAATA‑ACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACGAGATGGGAGCCGGAt > 1:1089149/1‑151 (MQ=255) | GTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCGCCCATGGCTGGCATTACAGACAGACCTTTTCGGACGTTGTGCTACGAGATGGGAGCCGGAT > NC_000913/3410096‑3410385 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |