| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,168,895 | C→T | intergenic (‑63/‑178) | ycfQ ← / → bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,168,895 | 0 | C | T | 96.2% | 272.6 / 1.1 | 79 | intergenic (‑63/‑178) | ycfQ/bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (19/57); total (20/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
GGCCTTATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGC > NC_000913/1168749‑1169042 | ggCCTTATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGt < 2:850665/151‑1 (MQ=255) tATCAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTcc > 2:1113325/1‑148 (MQ=255) cAAGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATcc < 1:91256/151‑1 (MQ=255) aaGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATccc < 1:765824/151‑1 (MQ=255) aGCGCGGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTCGTGACTGTGAATGATAGGTTATTATAAAAATAATCACCCCCGTTAATCAGTTCAGATcata < 2:1085704/151‑4 (MQ=255) gcgGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGACCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATaa < 1:481165/151‑1 (MQ=255) cgGCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATaa > 2:725478/1‑150 (MQ=255) ggCATCCCTGTCGAACACTTTTGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATaaa > 1:422069/1‑150 (MQ=255) 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tttGGGCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTAttt < 1:499407/149‑1 (MQ=255) ttGGGCGGCCACGGCTTTTTGTTACACATTGTGTTGAGTCAATTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCGCCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATGTa < 2:647368/149‑1 (MQ=255) gggCGGCCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTg < 1:498865/151‑1 (MQ=255) gcggcCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGaa < 2:12579/151‑1 (MQ=255) ggcCACGGCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAAt < 2:172232/151‑1 (MQ=255) ggCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAg < 2:956515/151‑1 (MQ=255) gCTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTaa > 1:323868/1‑148 (MQ=255) cTTTTTTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTaa > 2:73544/1‑147 (MQ=255) tttttttACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGAttt > 1:263275/1‑151 (MQ=255) tttttACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGAttttt > 2:619528/1‑151 (MQ=255) ttttACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGAttttt < 2:764371/150‑1 (MQ=255) acccaTTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCCCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAaat < 1:38264/147‑1 (MQ=255) cacaTTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAaatt > 1:244811/1‑150 (MQ=255) caTTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAaattaat < 1:582390/151‑1 (MQ=255) caTTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAaattaat > 2:1008041/1‑151 (MQ=255) 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ataAAAATAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTatcg < 1:634400/151‑1 (MQ=255) taAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTatcg > 1:509377/1‑150 (MQ=255) aaaaaTAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTatcgat < 2:725015/151‑1 (MQ=255) aaaaaTAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTatcga < 2:477317/150‑1 (MQ=255) aaaaTAATCACCTCCGTTCATCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTatcgatc < 1:158776/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |