| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,237 | 0 | C | T | 42.5% | 49.7 / 20.8 | 47 | S64L (TCG→TTG) | lsrD | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/18); new base T (20/0); total (29/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAA > NC_000913/1604091‑1604387 | cGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGttt < 2:1174539/151‑1 (MQ=255)cGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGt < 2:1138932/149‑1 (MQ=255) tATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATA‑TTTTGttt > 2:346471/1‑148 (MQ=255) aTTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGtt < 2:207430/151‑1 (MQ=255) gaTTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGGTGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCAGCA‑TTTTGTTTTGTTCTAcc > 1:871472/1‑151 (MQ=255) tGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGACATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATA‑TTTTGTTTTGTTCGAccccc > 2:551607/1‑148 (MQ=255) cGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCgg < 2:21642/150‑1 (MQ=255) gCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGcc < 2:364050/151‑1 (MQ=255) cATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTGTTTGGTTTGACCCTCCGcc > 1:57389/1‑150 (MQ=255) ttGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTTCAAT‑TTTTGTTTTGGTCGAACATccggccct > 2:509022/1‑143 (MQ=255) cAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATA‑TTTTTTTTTGTTCGACCATCCGCCTCTGCGcc > 2:849467/1‑149 (MQ=255) tAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTA‑TTTTGTTTGGTTTGTCCCTCGGCCCCTTCGCcctttc > 2:685747/1‑148 (MQ=255) gcgAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTATTTTTGTTTGG‑TCGGCCAACCGCCCCCGCGCCcttggcttgg > 2:405330/1‑149 (MQ=255) aaTGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGCTCGATA‑TTTCGTTTTGTTTGACCACTGGCCCCTGCGCCATTGCATTggggg > 1:1170963/1‑147 (MQ=255) gTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACt < 1:438032/150‑1 (MQ=255) ttAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAACGATA‑TTTCGTTTGGTTCGCCCAATCCCCTCTGCGCCCTTGCATTGGGGGTGCTGt > 2:1111635/1‑151 (MQ=255) aTCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTGTTTTGTTCGACCATCCGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGGGGACTGttt > 2:444018/1‑149 (MQ=255) tctcAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTGTTTTGTTCGACCATCCGCCTCCGCGCCCCTTCATTGGGGGGGCTGttt > 2:233333/1‑148 (MQ=255) ctcAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTTGGTA‑TTTTGTTTTGTTTGACCAACGGCCTCTGCGCCCTTGCATTTGGCGTTCTGttttta > 2:448788/1‑147 (MQ=255) ctcAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTGTTTTGTTCGACCATCGGCCCCTGCGCCCTTGCATTGGGCGTACTGTTTTaa > 1:323744/1‑150 (MQ=255) cAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTc < 1:1089902/146‑1 (MQ=255) cTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTCTTTTGGTGGGCCACCCGCCCCTGCGCCATTGCCTTTGGCGTACTGTTTTAAAGTGGGGTGcc > 1:193604/1‑149 (MQ=255) gTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGa < 1:212979/149‑1 (MQ=255) tCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAACGAAA‑TTTCGCTTGGTTTTACCATCCGCCTCTGCGCCCTTGCATTTGGGGTACTGTTTTAAAGGGGGGTGGCGATGcc > 1:894575/1‑151 (MQ=255) cAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAGTGTTA‑TTTTTTTTTGTTCGACCATCGGCGCCCGCGCCCCTGCATTGGGCGGTCTGTTTTCAAgtgggggggcgctg > 2:905627/1‑138 (MQ=255) cACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTTCATTTGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCg > 2:690750/1‑148 (MQ=255) gTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGAt < 1:792193/151‑1 (MQ=255) gACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATa < 1:662485/150‑1 (MQ=255) tATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTTTTTTGTTTGTCCCTCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGGGTACTGTTTTTAAATAGGGTGCCGGTGCCGCCGGCGGTACTcc > 2:381205/1‑149 (MQ=255) gcattggcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCtt < 2:916315/151‑1 (MQ=255) gcattgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTTGGCCATCGGCCTCTGCGCCCTTGCATTGGGGGTACTGTTTCAAAGTGGGGTGCCGATGCCGCTGGCGATAATCCTGAACTTACTGCt > 1:810038/1‑151 (MQ=255) tgTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCgg < 1:509036/150‑1 (MQ=255) gCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTGTTTGGTTTGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTGCATTGGGGGGACTGTTTTAAAGAGGGGGGCCGGTGCCGCTGGCGGTACTCCTGACCCTACTGCTCGgcg > 1:378680/1‑148 (MQ=255) 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cTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTTGGTA‑ATTCGTTTTGTTTGACCATCGGCCTCTCCGGCCCTGCATTTGGGGTACCGTTTTCAAATGGGGGGGCGATGCCGCTGGCGGAACTCCCGCCCTTTCTGCCCGGCGGCTTGTGggggg > 2:1151453/1‑150 (MQ=255) cTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTTTTTTGTTCGACCATCGGCCTCTTCGCCCATTCCTTGGGCGGACTGTTTTTAAGTGGGGTGGCGATGCCGCTGGCGGTACTCCTGACCTTTCTGCTCGGCGCGCTGTTCggg > 2:658724/1‑150 (MQ=255) aaCGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGc < 2:785248/149‑1 (MQ=255) aTTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTTGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGGGGACTGTTTTAAAGTGGGGTGCCGATGCCCCTGGCGGTACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGGTGGTCAACGcc > 2:260105/1‑150 (MQ=255) cAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGatt < 1:543539/150‑1 (MQ=255) tGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGattaatt > 2:871593/1‑151 (MQ=255) aTCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCtata < 2:1065226/151‑1 (MQ=255) tCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATAc > 1:193942/1‑151 (MQ=255) tCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGtt > 2:444465/1‑150 (MQ=255) cGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTaa < 1:307813/151‑1 (MQ=255) | CGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATA‑TTTCGTTTGGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTGCATTGGGCGTACTGTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCCTGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGATCAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAA > NC_000913/1604091‑1604387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |