| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 43.6% | 147.6 / 56.4 | 101 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/10); new base A (0/44); total (47/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTA > NC_000913/3665558‑3665849 | caaCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGGGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAc > 2:532449/2‑151 (MQ=255) aCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc > 1:608205/1‑150 (MQ=255) aTGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCAcc > 2:964218/1‑151 (MQ=255) gaagaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCg < 1:488311/150‑1 (MQ=255) aaCTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCAtt > 2:1190897/1‑150 (MQ=255) ttttttATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAGTACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTaa > 1:493088/1‑149 (MQ=255) tttATGTGCATGAAGTTTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑ATTTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATa < 1:84420/150‑1 (MQ=255) tATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCg > 1:1095898/1‑151 (MQ=255) tATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCg > 2:315570/1‑151 (MQ=255) aTGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCg > 2:17570/1‑150 (MQ=255) tgCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCG‑AATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGatat > 1:266647/1‑151 (MQ=255) cATGAAGTTTTAATCCCTCCTCTTTGAGCATGGGGAAAAAAAAAGAAGGCGTGTCCTTTGACACAAATAAAAATTTTTCACCACTCTTATCTACTCA‑ATTTTGCTTTGCATCCGAAAAAACCGGGTCTCCGCCATTAAAATAGCGATATTc < 1:814248/151‑1 (MQ=255) ataaaGATTTAATCCCCCCTCCTTGAGCATGGGGAAAAAAAATAAAGGCGTTCCCTTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACTCACTTATCTCCCCC‑AATTTGCTTCCCACCCGAAAAAACCAGTTCCCCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 2:542315/146‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |