Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 45.6% | 126.4 / 50.0 | 92 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/7); new base A (0/42); total (43/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-19 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATT > NC_000913/752976‑753275 | cATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCAtata < 1:746025/151‑1 (MQ=255) aTTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaa < 1:959905/151‑1 (MQ=255) ttttCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaa > 1:15128/1‑150 (MQ=255) tttCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaa > 1:617067/1‑150 (MQ=255) cATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATc < 1:568550/151‑1 (MQ=255) aTAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATc > 2:21489/1‑150 (MQ=255) gggTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc < 2:447360/151‑1 (MQ=255) gTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCg > 2:847755/1‑151 (MQ=255) taAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCat > 2:1396295/1‑151 (MQ=255) taAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCat > 2:790627/1‑151 (MQ=255) aaTTCGACTACCATGAAGTTTTTAATGGAAATTATTGGTTTGC‑TGATAATTTGATCTTTTCTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTTTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCatat < 2:1120611/151‑1 (MQ=255) aTGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATg > 2:256330/1‑151 (MQ=255) tGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGC‑TGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATg > 1:747772/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |