| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 42.7% | 169.4 / 12.4 | 89 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/6); new base C (0/38); total (45/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCA > NC_000913/2001771‑2002067 | cGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cc < 1:281105/150‑1 (MQ=255) tataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCAGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCccgc > 2:840460/1‑151 (MQ=255) taGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCccgccg > 1:260950/1‑151 (MQ=255) taGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCccgccg > 2:1024409/1‑151 (MQ=255) taGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCccgccg > 1:924979/1‑151 (MQ=255) gagTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATAGGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCccgccg < 2:433974/149‑1 (MQ=255) agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATACGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTg > 1:1257283/1‑151 (MQ=255) ttCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCgggg > 2:477262/1‑151 (MQ=255) cacaaaaaccAGCCTGGCGTTATATGAGTTATGGGCATGATTTTCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGTTTGGTGGGTGAAATGGGGGGTTTTTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGaa < 2:568281/142‑1 (MQ=255) aCGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGa > 1:513374/1‑149 (MQ=255) aaaaaCGGCCCTGCGTTATATGATTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGGGGGGTTATTGGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc < 1:602848/149‑1 (MQ=255) aTAACCACCCCTGGTTTATATGAGTTATCGGTATAATTATCCGTTTCCGATGGGTTTTAAATCGGATATTTGGTGGGTGAAAAGAGGGGTT‑TTTGGGGG‑TT‑T‑CAAGGT‑AAATCCCGGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAg < 1:291236/148‑1 (MQ=255) aaaCAGCCCGGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGAGGATTAGGGGGTAAAAGGGGGGGTTATTGGGGGG‑TT‑A‑A‑AGGA‑AAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACg < 2:378106/150‑1 (MQ=255) aaaCACCCCTGCGTTATATGATTTATCGCATTTATTATCTGTTTCTGCAGGGTTTTAATTCGGACGATAAGTGGGTAAAAGGGGGGGTTATTGGGGGT‑TT‑A‑A‑AGGT‑AAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCa < 2:850674/148‑1 (MQ=255) aGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCTGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCt > 2:1364336/1‑151 (MQ=255) gctttATATGATTTATCGAAATAATTATCCTTTTCGGCAGGTTTTTTAATCGGACGTTTAGTGGGTAAAAGGGGGGTTTATTGGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGA‑AAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa < 1:1142034/146‑1 (MQ=255) gTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 1:596634/1‑151 (MQ=255) ttATATGAGTTATCGGCATGTTTTTCCTTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGAGGATTAGTGGGGAAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGA‑AAATTCCGGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa < 1:1113609/148‑1 (MQ=255) tataTGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgc > 2:341337/1‑151 (MQ=255) tatGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:1024081/1‑150 (MQ=255) gAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTGGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcgc < 1:884256/148‑1 (MQ=255) gAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt > 2:134138/1‑151 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAAGGGGGGTTTATTGGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGA‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt < 2:375418/149‑1 (MQ=255) ttttCGGAATGATTATCCTTTTCTGCGGGGTTTTTAAGCGAACAATTAGGGGGGAAAATGGGGGTTTATTGGGGGT‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt < 1:1354048/145‑1 (MQ=255) ttATCGGAATGATTATCCTTTTCGGCGGGGTTTTAAATCGGACGATTGGTGGGTAAAATGGGGGTTTATTGGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGA‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTa < 1:792538/149‑1 (MQ=255) tATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt > 1:181863/1‑151 (MQ=255) tCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTg > 1:1190337/1‑151 (MQ=255) gCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCg > 1:855354/1‑151 (MQ=255) aTGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCgg > 1:1150227/1‑150 (MQ=255) aTTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 2:991335/1‑150 (MQ=255) ttttCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGTTTGGTGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGTT‑AATTTCCAGCAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc < 2:931114/147‑1 (MQ=255) ttATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcg > 2:582703/1‑151 (MQ=255) aTCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcgg > 2:814957/1‑150 (MQ=255) aTCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcgg > 2:1282828/1‑150 (MQ=255) ccGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTGGTGGGTGAAATGAGGGTTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggcg < 2:569233/150‑1 (MQ=255) ccGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGt > 1:1278609/1‑151 (MQ=255) tttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa > 1:420484/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc > 1:688273/1‑151 (MQ=255) aGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:295058/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 2:700017/1‑151 (MQ=255) tttttAAGGGGAAGATAAGGGGTTAAAAGGAGGTGTTATTGGGGGT‑TA‑A‑C‑TGAT‑AATTTCCAGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt < 2:1063872/146‑1 (MQ=255) ttttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCgg > 2:780373/1‑151 (MQ=255) tttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc > 2:1379426/1‑151 (MQ=255) ggaggataggTGGGTAAATTGAGGGTTTATGGGGGGG‑TT‑A‑A‑GGGT‑AAA‑TCCAGGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 1:633409/140‑1 (MQ=25) ggaggaTTGGGGGGTAAAATGGGGGGTT‑TTTGGGGG‑TT‑A‑A‑AAGTAAAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa < 2:1403056/150‑1 (MQ=25) ggACGATTGGGGGGTGAAATGGGGGTTTTTTGGGGGG‑TT‑A‑C‑GGGA‑AAATCCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa < 2:1142738/150‑1 (MQ=37) ggACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTTTTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa < 2:395826/150‑1 (MQ=255) ggacgatggggggTGAAAATGGGGGTTTTTTGGGGG‑TT‑T‑A‑AAGT‑AAAATCCAGGCAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 2:1180403/139‑1 (MQ=25) aCGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa > 2:815371/1‑150 (MQ=255) aCGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa > 2:1039451/1‑150 (MQ=255) gATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg > 2:166958/1‑151 (MQ=255) aTTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg > 1:1207380/1‑150 (MQ=255) ttAGTGGGGGAAAGGGGGGGTTTTTGGGGGT‑TT‑A‑C‑AGGA‑AAATCCCGGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgt < 1:638426/150‑1 (MQ=25) ttAGGGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTGGGGGG‑TT‑A‑C‑AGAT‑AATTCCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt < 2:39351/148‑1 (MQ=25) aGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc > 1:783240/1‑150 (MQ=255) gggggTAAAATGGGGGTTTTTTGGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgtg < 1:75998/146‑1 (MQ=37) gggggaaaaaggggggTTTTTTGGGGG‑TT‑AGC‑AGGA‑AAATCCCGGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg < 1:1282856/134‑1 (MQ=25) ggggaaaaaTGGGGGGTTATTGGGGGT‑TT‑A‑C‑AGGA‑AAATTCGAGCGAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgtg < 1:850950/141‑1 (MQ=37) gggaaaaaTGAGGGTTTATTGGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCaaa < 1:436352/145‑1 (MQ=38) ggTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAtt > 2:1207073/1‑151 (MQ=255) ggTGAAAAGGGGGGTTTTTTGGGGGTTT‑A‑A‑AGTA‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc < 2:662362/147‑1 (MQ=25) tGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTc > 1:483701/1‑150 (MQ=255) aaaggggggGTATTTTGGGG‑TTAA‑C‑AGTA‑AAATCCAAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt < 2:138356/146‑1 (MQ=25) gAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAt > 2:362132/1‑151 (MQ=255) gggtTTTTTTGGGGT‑TA‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTg < 2:924958/151‑1 (MQ=25) ggggTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AATTCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt < 2:762434/150‑1 (MQ=255) gggTTTTTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGA‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGc < 1:352210/151‑1 (MQ=37) ggTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGc > 2:924465/1‑150 (MQ=255) ttATTTGGGGT‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCa < 1:796370/149‑1 (MQ=255) tttttGGGGGTTT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCaa < 1:1238714/148‑1 (MQ=37) tATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAAtt > 2:954341/1‑151 (MQ=255) tttGGGGT‑TT‑A‑C‑ATGT‑AAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc < 1:1367581/150‑1 (MQ=255) ttgggggg‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATCCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc < 1:367280/147‑1 (MQ=255) ttgggggg‑TT‑A‑A‑AGGA‑AAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc < 2:244217/147‑1 (MQ=37) g‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGt > 1:370268/1‑150 (MQ=255) t‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAgg > 1:1117485/1‑151 (MQ=255) t‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAgg > 2:143227/1‑151 (MQ=255) t‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAg < 1:134144/150‑1 (MQ=255) taaatgccataaaaaaaaaac‑CCCCGCCGTTGTCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCt < 2:1257255/134‑1 (MQ=25) aattcccAGCCAAAAAAACC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 2:1025827/145‑1 (MQ=25) aaaTTCCAGGAAAAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 1:1176619/150‑1 (MQ=255) aaaTCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 1:1132009/150‑1 (MQ=255) aaatCCAGGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAg < 2:260943/140‑1 (MQ=255) aaTTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATa > 2:1395926/1‑150 (MQ=255) aaTCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATaa < 1:991936/151‑1 (MQ=255) ttCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagc > 1:978365/1‑151 (MQ=255) caaGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcg < 1:1395011/148‑1 (MQ=255) cAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgc > 1:517350/1‑150 (MQ=255) gcaaaaaaaaac‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgca < 1:840480/144‑1 (MQ=255) cAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgcagcgc > 2:393621/1‑151 (MQ=255) cAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgcagcgc > 1:66690/1‑151 (MQ=255) aaaaac‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCa < 1:970436/151‑1 (MQ=255) aaaaaa‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATc > 2:1189439/1‑150 (MQ=255) aaac‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAgg < 2:596621/151‑1 (MQ=255) aaaa‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAgg > 1:624465/1‑151 (MQ=255) a‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCa > 1:867990/1‑150 (MQ=255) | CGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑A‑C‑AGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCA > NC_000913/2001771‑2002067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |